Integrations

Enables searching for and retrieving metadata about bioRxiv papers using their DOI identifiers

bioRxiv MCP 서버

🔍 AI 보조원이 간단한 MCP 인터페이스를 통해 bioRxiv 논문을 검색하고 접근할 수 있도록 합니다.

bioRxiv MCP 서버는 모델 컨텍스트 프로토콜(MCP)을 통해 AI 어시스턴트와 bioRxiv의 프리프린트 저장소를 연결합니다. AI 모델이 생물학 프리프린트 자료를 검색하고 프로그래밍 방식으로 메타데이터에 접근할 수 있도록 지원합니다.

🤝 기여 • 📝 버그 신고

✨ 핵심 기능

🔎 논문 검색: 키워드 또는 고급 검색으로 bioRxiv 논문을 검색하세요 ✅
🚀 효율적인 검색: 종이 메타데이터에 대한 빠른 액세스 ✅
📊 메타데이터 액세스: 특정 논문에 대한 자세한 메타데이터 검색 ✅
📊 연구 지원: 생물학 연구 및 분석을 용이하게 합니다 ✅
📄 논문 접근: 논문 내용을 다운로드하고 읽어보세요 📝
📋 논문 목록: 다운로드한 모든 논문 보기 📝
🗃️ 로컬 스토리지: 더 빠른 접근을 위해 문서가 로컬에 저장됩니다. 📝
📝 연구 주제: 논문 분석을 위한 전문화된 주제 모음 📝

🚀 빠른 시작

필수 조건

파이썬 3.10+
FastMCP 라이브러리

설치

저장소를 복제합니다.지엑스피1
필요한 종속성을 설치하세요:
pip install -r requirements.txt

Smithery를 통해 설치

Smithery 를 통해 Claude Desktop에 bioRxiv 서버를 자동으로 설치하는 방법:

클로드

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"

커서

설정 → 커서 설정 → MCP → 새 서버 추가에 다음을 붙여넣습니다.

맥/리눅스

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}" 

윈드서핑

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"

C라인

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"

Claude Desktop과 함께 사용

claude_desktop_config.json 에 다음 구성을 추가하세요.

(맥 OS)

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"]
      }
  }
}

(Windows 버전):

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "biorxiv-mcp-server"
      ]
    }
  }
}

Cline과 함께 사용

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/biorxiv_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

📊 사용법

MCP 서버를 시작합니다.

python biorxiv_server.py

🛠 MCP 도구

bioRxiv MCP 서버는 다음과 같은 도구를 제공합니다.

search_biorxiv_key_words : 키워드를 사용하여 bioRxiv에서 기사를 검색합니다.
search_biorxiv_advanced : 여러 매개변수를 사용하여 bioRxiv의 기사에 대한 고급 검색을 수행합니다.
get_biorxiv_metadata : DOI를 사용하여 bioRxiv 기사의 메타데이터를 가져옵니다.

논문 검색

다음과 같은 쿼리를 사용하여 AI 비서에게 논문을 검색하도록 요청할 수 있습니다.

Can you search bioRxiv for recent papers about genomics?

논문 세부 정보 얻기

DOI를 받으면 더 자세한 내용을 요청할 수 있습니다.

Can you show me the metadata for the paper with DOI 10.1101/123456?

📁 프로젝트 구조

biorxiv_server.py : FastMCP를 사용한 주요 MCP 서버 구현
biorxiv_web_search.py : bioRxiv 검색을 위한 웹 스크래핑 로직을 포함합니다.

🔧 종속성

파이썬 3.10+
패스트MCP
비동기
벌채 반출

🤝 기여하기

기여를 환영합니다! 풀 리퀘스트를 제출해 주세요.

📄 라이센스

이 프로젝트는 MIT 라이선스에 따라 라이선스가 부여되었습니다.

⚠️ 면책 조항

이 도구는 연구 목적으로만 사용됩니다. bioRxiv의 서비스 약관을 준수하고 책임감 있게 사용해 주시기 바랍니다.

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quality - not tested