PubTator MCP サーバー

🔍 PubTator3 に基づく生物医学文献の注釈および関係マイニングサーバー。MCP インターフェイスを介して便利なアクセスを提供します。

PubTator MCPサーバーは、モデルコンテキストプロトコル（MCP）を介してAIアシスタントにPubTator3生物医学文献アノテーションシステムへのアクセスを提供します。これにより、AIモデルはプログラムによって科学文献を検索し、アノテーション情報を取得し、エンティティ関係を分析できるようになります。

🤝 貢献する • 📝 問題を報告する

✨ コア機能

🔎 文献注釈のエクスポート: PubTator 注釈の結果を複数の形式でエクスポートできるようになりました ✅
🚀 エンティティID検索: フリーテキストで生物学概念の標準識別子を検索 ✅
📊 関係性マイニング: エンティティ間の生物医学的関係性を発見する ✅
📄 文献検索: キーワードとエンティティIDによる文献検索をサポートします ✅
🧠 バッチ処理: 検索結果からの注釈情報のバッチエクスポートをサポート ✅

🚀 クイックスタート

要件

Python 3.10以上
FastMCPライブラリ

インストール

スミザリー経由

Smitheryを使用して PubTator Server を自動的にインストールします。

クロード

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client claude --config "{}"

カーソル

設定 → カーソル設定 → MCP → 新しいサーバーの追加を貼り付けます。

Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client cursor --config "{}" 

ウィンドサーフィン

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client windsurf --config "{}"

Cライン

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client cline --config "{}"

手動インストール

リポジトリをクローンします。
git clone https://github.com/JackKuo666/PubTator-MCP-Server.git cd PubTator-MCP-Server
依存関係をインストールします:
pip install -r requirements.txt

📊 使用方法

サーバーを直接実行する

MCP サーバーを起動します。

python pubtator_server.py

サーバーはstdioとTCPの両方のトランスポートをサポートするようになりました。デフォルトではTCPトランスポートを使用します。以下の環境変数を設定できます。

MCP_TRANSPORT : TCPトランスポートの場合は「tcp」、stdioトランスポートの場合は「stdio」に設定します（デフォルトは「tcp」です）
MCP_HOST : バインドするホスト（デフォルトは「0.0.0.0」）
MCP_PORT : リッスンするポート（デフォルトは8080）

カスタム設定でサーバーを起動する例:

MCP_TRANSPORT=tcp MCP_HOST=127.0.0.1 MCP_PORT=8888 python pubtator_server.py

サーバーは遅延初期化と適切なエラー処理を実装しています。シャットダウンシグナル（SIGINTおよびSIGTERM）を適切に処理し、起動時または操作中に発生したエラーをすべてログに記録します。

Dockerの使用

簡単にデプロイできるよう、Dockerfileを提供しています。Dockerコンテナを使用するには、以下の手順に従ってください。

Docker イメージをビルドします。
docker build -t pubtator-mcp-server .
Docker コンテナを実行します。
docker run -p 8080:8080 pubtator-mcp-server

これにより、Docker コンテナ内で PubTator MCP サーバーが起動し、ポート 8080 で公開されます。

トラブルシューティング

サーバーの起動中に問題が発生した場合:

コンソール出力でエラーメッセージを確認します。
必要な依存関係がすべてインストールされていることを確認します (要件セクションを参照)。
環境変数が正しく設定されていることを確認します。
サーバーの起動に失敗した場合は、詳細度を上げて実行してみてください。

python -v pubtator_server.py

これにより、問題の原因を特定するために役立つ、より詳細なログ情報が提供されます。

Docker を使用する場合、次のコマンドでログを確認できます。

docker logs <container_id>

構成

クロードデスクトップ構成

claude_desktop_config.jsonに追加:

（Mac OS）

{
  "mcpServers": {
    "pubtator": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubtator-mcp-server"]
      }
  }
}

（ウィンドウズ）

{
  "mcpServers": {
    "pubtator": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
      "args": [
        "D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubTator-MCP-Server\\pubtator_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

CLine構成

{
  "mcpServers": {
    "pubtator": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubtator/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubtator_server.py"
      ],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT": "stdio"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

TCP トランスポートを使用するには、次のように構成を変更します。

{
  "mcpServers": {
    "pubtator": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubtator/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubtator_server.py"
      ],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT": "tcp",
        "MCP_HOST": "127.0.0.1",
        "MCP_PORT": "8888"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

🛠 API 機能

PubTator MCP サーバーは、次のコア機能を提供します。

1. 出版物のエクスポート (export_publications)

指定された PMID 文献の PubTator 注釈結果をエクスポートします。

result = await export_publications(
    ids=["32133824", "34170578"],
    id_type="pmid",
    format="biocjson",  # Supported: pubtator, biocxml, biocjson
    full_text=False     # Whether to include full text
)

2. エンティティID検索（find_entity_id）

自由テキストを通じて生物学概念の標準識別子を照会します。

result = await find_entity_id(
    query="COVID-19",
    concept="disease",  # Optional: gene, disease, chemical, species, mutation
    limit=5             # Optional: limit number of results
)

指定したエンティティに関連する他のエンティティを検索します。

result = await find_related_entities(
    entity_id="@DISEASE_COVID_19",
    relation_type="treat",    # Optional: treat, cause, interact, etc.
    target_entity_type="chemical",  # Optional: gene, disease, chemical
    max_results=5       # Optional: limit number of results
)

4. 文献検索（search_pubtator）

PubTator データベースを検索:

results = await search_pubtator(
    query="COVID-19",
    max_pages=1     # Optional: maximum number of pages to retrieve
)

5. バッチエクスポート（batch_export_from_search）

文献注釈の検索と一括エクスポート:

results = await batch_export_from_search(
    query="COVID-19",
    format="biocjson",
    max_pages=1,
    full_text=False,
    batch_size=5
)

注: 実際の関数呼び出しは実装によって異なる場合があります。これらの例は最近のテストに基づいており、実際のAPIに合わせて調整する必要がある場合があります。

⚠️ 使用制限

API リクエストレート制限: 1 秒あたり最大 3 リクエスト
バッチエクスポートの場合は、リクエストのタイムアウトを回避するために適切なbatch_sizeを使用してください。
関係クエリの場合、エンティティ ID は「@」で始まる必要があります（例：「@DISEASE_COVID-19」）。

📄 ライセンス

このプロジェクトは MIT ライセンスに基づいてライセンスされています。

⚠️免責事項

このツールは研究目的のみにご使用ください。PubTatorの利用規約を遵守し、責任を持ってご利用ください。

PubTator-MCP-Server

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1. 出版物のエクスポート (export_publications)

2. エンティティID検索（find_entity_id）

4. 文献検索（search_pubtator）

5. バッチエクスポート（batch_export_from_search）

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1. 出版物のエクスポート (export_publications)

2. エンティティID検索（find_entity_id）

3. 関係クエリ（find_related_entities）

4. 文献検索（search_pubtator）

5. バッチエクスポート（batch_export_from_search）

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