PubTator MCP 服务器

🔍 基于PubTator3的生物医学文献注释与关系挖掘服务器，通过MCP接口提供便捷的访问。

PubTator MCP 服务器通过模型上下文协议 (MCP) 为 AI 助手提供对 PubTator3 生物医学文献注释系统的访问，允许 AI 模型以编程方式搜索科学文献、获取注释信息并分析实体关系。

🤝 贡献 • 📝 报告问题

✨ 核心功能

• 🔎 文献注释导出：支持多种格式导出 PubTator 注释结果✅
• 🚀 实体 ID 查找：通过自由文本查询生物概念的标准标识符✅
• 📊 关系挖掘：发现实体之间的生物医学关系✅
• 📄 文献检索：支持通过关键词、实体ID检索文献✅
• 🧠 批量处理：支持批量导出搜索结果的注释信息✅

🚀 快速入门

要求

• Python 3.10+
• FastMCP 库

安装

通过史密斯里

使用Smithery自动安装 PubTator Server：

克劳德

光标

粘贴到设置 → 光标设置 → MCP → 添加新服务器：

• Mac/Linux

风帆冲浪

克莱恩

手动安装

1. 克隆存储库：
   git clone https://github.com/JackKuo666/PubTator-MCP-Server.git cd PubTator-MCP-Server
2. 安装依赖项：
   pip install -r requirements.txt

📊 使用方法

直接运行服务器

启动 MCP 服务器：

该服务器现在支持 stdio 和 TCP 传输。默认情况下，它使用 TCP 传输。您可以配置以下环境变量：

• MCP_TRANSPORT ：设置为“tcp”表示 TCP 传输，或设置为“stdio”表示 stdio 传输（默认为“tcp”）
• MCP_HOST ：要绑定的主机（默认为“0.0.0.0”）
• MCP_PORT ：监听的端口（默认为 8080）

使用自定义设置启动服务器的示例：

该服务器实现了延迟初始化和适当的错误处理。它将优雅地处理关闭信号（SIGINT 和 SIGTERM），并记录启动或运行期间发生的任何错误。

使用 Docker

我们提供了 Dockerfile 以便于部署。要使用 Docker 容器，请执行以下操作：

1. 构建 Docker 镜像：
   docker build -t pubtator-mcp-server .
2. 运行 Docker 容器：
   docker run -p 8080:8080 pubtator-mcp-server

这将在 Docker 容器内启动 PubTator MCP 服务器，并将其公开在端口 8080 上。

故障排除

如果您在启动服务器时遇到任何问题：

1. 检查控制台输出的错误消息。
2. 确保安装了所有必需的依赖项（请参阅“要求”部分）。
3. 验证环境变量是否设置正确。
4. 如果服务器启动失败，请尝试以更高的详细程度运行它：

这将提供更详细的日志信息，以帮助识别任何问题的根源。

使用 Docker 时，您可以使用以下命令检查日志：

配置

Claude桌面配置

添加到claude_desktop_config.json ：

（Mac 操作系统）

（视窗）

CLine配置

要使用 TCP 传输，请按如下方式修改配置：

🛠 API 功能

PubTator MCP 服务器提供以下核心功能：

1. 导出出版物（export_publications）

导出指定 PMID 文献的 PubTator 注释结果：

2. 实体ID查找（find_entity_id）

通过自由文本查询生物学概念的标准标识符：

3. 关系查询（find_related_entities）

查找与指定实体相关的其他实体：

4.文献检索（search_pubtator）

搜索 PubTator 数据库：

5.批量导出（batch_export_from_search）

检索并批量导出文献注释：

注意：实际的函数调用可能因您的实现而异。这些示例基于我们最近的测试，可能需要进行调整以匹配您的具体 API。

⚠️ 使用限制

• API请求速率限制：每秒最多3个请求
• 批量导出时，使用合理的batch_size，避免请求超时
• 对于关系查询，实体 ID 必须以“@”开头，例如“@DISEASE_COVID-19”

📄 许可证

该项目已获得 MIT 许可。

⚠️ 免责声明

此工具仅供研究之用。请遵守 PubTator 的服务条款并负责任地使用此工具。