gRNAde MCP Server

# High-Throughput RNA Design Configuration # For generating large numbers of designs with batch processing ################################## # Target Structure Configuration ################################## pdb_filepath: null target_sec_struct: null partial_seq: null ################################## # Design Mode Configuration ################################## mode: "3d" ################################## # High-Throughput Sampling Configuration ################################## # Large-scale generation parameters total_samples: 100000 n_samples: 128 n_pass: 10000 # Wider temperature range for diversity temperature_min: 0.05 temperature_max: 1.5 # More permissive initial filtering for larger pools filter_metric: "openknot_score" pass_threshold: 70 ################################## # Batch Processing Configuration ################################## # Enable parallel processing parallel_jobs: 4 batch_size: 1000 checkpoint_interval: 10000 ################################## # Output Configuration ################################## output_dir: "results" save_intermediate: true compress_output: true ################################## # Model Configuration ################################## model_path: "checkpoints/gRNAde_drop3d@0.75_maxlen@500.h5" node_in_dim: [15, 4] node_h_dim: [128, 16] edge_in_dim: [132, 3] edge_h_dim: [64, 4] num_layers: 4 drop_rate: 0.5 out_dim: 4 ################################## # Featurizer Configuration ################################## radius: 0.0 top_k: 32 num_rbf: 32 num_posenc: 32 max_num_conformers: 1 noise_scale: 0.1 drop_prob_3d: 0.75 ################################## # System Configuration ################################## seed: 42 gpu: 0 memory_limit: "16GB"