PubMed MCP 服务器

本仓库包含一个 MCP 服务器，该服务器使用 BioPython 的 Entrez 模块在 PubMed 数据库中搜索文章摘要。它利用 FastMCP 框架为 PubMed 提供异步搜索功能。

特征

• **搜索 PubMed：**根据搜索词查询文章。

• **检索摘要：**获取从 PubMed 返回的文章摘要。

• **异步操作：**使用异步执行（通过asyncio.to_thread ）来避免阻塞服务器。

Related MCP server: PubMed

先决条件

• Python 3.8 或更高版本

• mcp[cli]

• BioPython

设置

1. 克隆存储库：

   git clone https://github.com/AIAnytime/MCP-Servers
   cd pubmed-mcp-server

2. 安装依赖项：

   您可以使用 uv 安装所需的软件包：

   uv add -r requirements.txt

3. 配置 Entrez 电子邮件：

   确保您已在代码中（在main.py中）设置了有效的电子邮件地址：

   Entrez.email = "give an email address"

运行服务器

通过运行以下命令启动 PubMed MCP 服务器：

uv run main.py

此命令使用uv命令行工具（如您的配置中所指定）启动服务器。

配置 MCP 客户端

要配置您的 MCP 客户端以连接到 PubMed MCP 服务器，请按如下所示创建或更新您的config.json文件：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:/Users/aiany/.local/bin/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server",
        "run",
        "main.py"
      ]
    }
  }
}

配置说明

• 命令：
  用于运行 MCP 服务器的命令行工具的完整路径（在本例中为uv ）。

• 参数：

  • --directory ：指定服务器所在的工作目录。

  • "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server" ：服务器根目录的路径。

  • "run"和"main.py" ：启动 PubMed MCP 服务器的命令和入口点。

用法

一旦服务器运行并且您的 MCP 客户端配置完毕，您就可以使用提供的工具：

• 工具： search_pubmed

• 参数：

  • query ：PubMed 的搜索词（默认为"endocarditis" ）。

  • max_results ：要检索的最大文章数量（默认值为10 ）。

示例用法：

search_pubmed(query="endocarditis", max_results=10)

这将返回一个以换行符分隔的文章摘要字符串。

执照

该项目已获得MIT 许可。

您可以根据您的具体设置需要调整路径和细节。