pubmed-mcp-server

PubMed MCP 서버

이 저장소에는 BioPython의 Entrez 모듈을 사용하여 PubMed에서 논문 초록을 검색하는 MCP 서버가 포함되어 있습니다. FastMCP 프레임워크를 활용하여 PubMed에 비동기 검색 기능을 제공합니다.

특징

• PubMed 검색: 검색어를 기반으로 기사를 검색합니다.
• 초록 검색: PubMed에서 반환된 기사의 초록을 가져옵니다.
• 비동기 작업: asyncio.to_thread 를 통해 비동기 실행을 사용하여 서버 차단을 방지합니다.

필수 조건

• Python 3.8 이상
• mcp[cli]
• 바이오파이썬

설정

1. 저장소 복제:지엑스피1
2. 종속성 설치:uv를 사용하여 필요한 패키지를 설치할 수 있습니다.
   uv add -r requirements.txt
3. Entrez 이메일 구성:코드( main.py )에서 유효한 이메일 주소를 설정했는지 확인하세요.
   Entrez.email = "give an email address"

서버 실행

다음을 실행하여 PubMed MCP 서버를 시작합니다.

이 명령은 uv 명령줄 도구(구성에 지정된 대로)를 사용하여 서버를 시작합니다.

MCP 클라이언트 구성

PubMed MCP 서버에 연결하도록 MCP 클라이언트를 구성하려면 다음과 같이 config.json 파일을 만들거나 업데이트하세요.

구성 설명

• 명령:
  MCP 서버를 실행하는 데 사용되는 명령줄 도구의 전체 경로(이 경우 uv ).
• 인수:
  • --directory : 서버가 위치한 작업 디렉토리를 지정합니다.
  • "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server" : 서버의 루트 디렉토리 경로입니다.
  • "run" 및 "main.py" : PubMed MCP 서버를 시작하는 명령 및 진입점입니다.

용법

서버가 실행 중이고 MCP 클라이언트가 구성되면 제공된 도구를 사용할 수 있습니다.

• 도구: search_pubmed
• 매개변수:
  • query : PubMed에 대한 검색어(기본값은 "endocarditis" )입니다.
  • max_results : 검색할 최대 기사 수(기본값은 10 )

사용 예:

이는 줄바꿈 문자로 구분된 기사의 초록을 담은 문자열을 반환합니다.

특허

이 프로젝트는 MIT 라이선스 에 따라 라이선스가 부여되었습니다.

특정 설정에 맞게 경로와 세부 정보를 필요에 따라 조정할 수 있습니다.