PubMed MCP サーバー

このリポジトリには、BioPythonのEntrezモジュールを使用してPubMedの論文抄録を検索するMCPサーバーが含まれています。FastMCPフレームワークを活用して、PubMedの非同期検索機能を提供します。

特徴

• **PubMed を検索:**検索用語に基づいて記事を検索します。
• 抄録の取得: PubMed から返された記事の抄録を取得します。
• **非同期操作:**サーバーのブロックを回避するために、非同期実行 ( asyncio.to_thread経由) を使用します。

前提条件

• Python 3.8以上
• mcp[cli]
• バイオパイソン

設定

1. リポジトリをクローンします。
   git clone https://github.com/AIAnytime/MCP-Servers cd pubmed-mcp-server
2. 依存関係をインストールします:uv を使用して必要なパッケージをインストールできます。
   uv add -r requirements.txt
3. Entrez メールの設定:コード ( main.py内) に有効なメール アドレスが設定されていることを確認します。
   Entrez.email = "give an email address"

サーバーの実行

次のコマンドを実行して PubMed MCP サーバーを起動します。

このコマンドは、 uvコマンドライン ツール (構成で指定されたとおり) を使用してサーバーを起動します。

MCPクライアントの設定

MCP クライアントを PubMed MCP サーバーに接続するように構成するには、次のようにconfig.jsonファイルを作成または更新します。

構成の説明

• 指示：
  MCP サーバーを実行するために使用されるコマンドライン ツールへのフル パス (この場合はuv )。
• 引数:
  • --directory : サーバーが配置されている作業ディレクトリを指定します。
  • "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server" : サーバーのルート ディレクトリへのパス。
  • "run"と"main.py" : PubMed MCP サーバーを起動するためのコマンドとエントリ ポイント。

使用法

サーバーが実行中になり、MCP クライアントが設定されると、提供されているツールを使用できます。

• ツール: search_pubmed
• パラメータ:
  • query : PubMedの検索用語（デフォルトは"endocarditis" ）。
  • max_results : 取得する記事の最大数 (デフォルトは10 )。

使用例:

これにより、改行で区切られた記事の要約を含む文字列が返されます。

ライセンス

このプロジェクトはMIT ライセンスに基づいてライセンスされています。

特定の設定に応じて、必要に応じてパスと詳細を調整できます。