生信 MCP 平台

本项目把现有的 volcano.R 封装为一个可发现、可异步执行、可追踪产物的 MCP Plot 工具。当前聚焦单机 MVP：

MCP JSON-RPC：/mcp
REST 调试接口：/api
工具注册：扫描 bioinformatics/**/manifest.yaml
Job：SQLite 持久化、单 Worker、取消、超时和日志
执行器：local（直接调用 Rscript）或 docker（独立容器）
产物：本地 artifacts/，通过 artifact://job-id/path 引用

快速开始

python -m venv .venv
. .venv/bin/activate
python -m pip install -r requirements.txt
mkdir -p data/input artifacts data/work
cp bioinformatics/plots/volcano/examples/minimal.csv data/input/
export BIO_MCP_EXECUTOR=local
uvicorn apps.mcp_api.main:app --host 127.0.0.1 --port 8000

健康检查和工具发现：

curl http://127.0.0.1:8000/health
curl http://127.0.0.1:8000/api/tools

提交任务时，input_file 必须是 data/input 下文件的绝对 file URI：

curl -X POST http://127.0.0.1:8000/api/jobs \
  -H 'content-type: application/json' \
  -d '{
    "unit": "volcano",
    "inputs": {
      "input_file": "file:///绝对路径/MCP/data/input/minimal.csv"
    },
    "parameters": {
      "feature_column": "gene_id",
      "p": 0.05,
      "drawFC": 1
    }
  }'

返回 job_id 后查询：

curl http://127.0.0.1:8000/api/jobs/<job-id>
curl http://127.0.0.1:8000/api/jobs/<job-id>/artifacts

MCP Client 配置见部署教程.md，完整约束见开发规范.md。

apps/mcp_api/                        MCP API、注册表、Store、Runner
bioinformatics/plots/volcano       volcano 单元、Schema、Dockerfile、样例
check/                              通用文件检查和 check_volcano_input
data/input/                          允许提交的本地输入根目录
data/work/                           Job 临时工作目录
artifacts/                           Job 产物
deploy/                              Compose 和 API 镜像
tests/                               注册表、协议和契约测试
项目计划.md                           分阶段架构和验收计划
文件流向图.md                         输入检查、Runner、Docker 和产物流向
部署教程.md                           本地、Compose、Docker 执行部署
开发规范.md                           manifest、CLI、测试和安全规范

执行模式

local 模式适合开发：Runner 直接调用宿主机 Rscript，速度快但隔离较弱。

docker 模式适合验证容器契约：

docker build -f bioinformatics/plots/volcano/Dockerfile \
  -t local/bio/volcano .
BIO_MCP_EXECUTOR=docker uvicorn apps.mcp_api.main:app \
  --host 127.0.0.1 --port 8000

Docker 模式要求 Docker CLI 可用，并且 Runner 能访问 Docker Engine。生产环境不要把 Docker Socket 直接暴露给公网 API，应拆出受策略约束的 Runner Service。

验证

python -m compileall -q apps
pytest -q
ruff check apps tests

R 端到端测试需要安装 volcano.R 依赖；Docker 构建会在镜像内安装公开 R 包。

Bio_MCP

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