SeqAtelier

GenBankの管理、プライマー設計、配列表示を、CLI・Web・MCPから使うためのパッケージです。 SeqAtelier（シーク・アトリエ） は、各コンピューターにインストールして使えます。 保存先にはDropboxなどの同期フォルダを指定できます。基本構成に専用サーバーや認証サービスの契約は不要です。 現在は0.3.0の開発版です。GitHub でソースを、 Releases で配布ファイルを管理します。

できること

• GenBankの取り込み・検索・書き出し、配列とfeatureの表示

• In-Fusion、QuikChange、CDS残基指定の変異プライマー設計、コドン最適化

• 設計のプレビューと保存、入力レコードの版の記録、発注用CSVの書き出し

• 編集履歴、下書きの復元、古い画面からの上書きを防ぐ版チェック

• 同じ処理をCLI・MCPから使用。Web画面は配布wheelに同梱

Python 3.13以上。wheelを使う場合はNode.js不要です。既存の研究データは含めていません。 デモは人工的に生成した短い配列です。

Related MCP server: Generic Database MCP Server

配布ファイルから試す

配布wheelと同じフォルダで、専用の仮想環境にインストールします。

python -m venv .venv
# Windows PowerShell: .venv/Scripts/Activate.ps1
# macOS / Linux: source .venv/bin/activate
python -m pip install "./seqatelier-0.3.0-py3-none-any.whl[viewer,mcp]"
seqatelier --workspace ./my-sequences init --demo
seqatelier workspace use ./my-sequences
seqatelier doctor
seqatelier serve

ブラウザで http://127.0.0.1:8765 を開きます。「データ・接続」からGenBankの取り込み・ 書き出し・履歴の復元ができます。取り込み元のファイルは変更しません。 画面の「保存」は確定版を更新します。編集中の下書きも復旧用に残ります。

uvを使う場合は、uv tool install --python 3.13 "./seqatelier-0.3.0-py3-none-any.whl[viewer,mcp]" でもインストールできます。PyPIへの登録はまだ行っていません。

Dropboxなどを保存先にする

プログラムを各端末へインストールし、データ用フォルダだけを同期します。 例えばWindowsで、実際のDropboxフォルダ内に専用の保存先を作ります。 下のパスは例です。組織名・ユーザー名・同期サービスに合わせて置き換えてください。

seqatelier --workspace "C:\Users\YOUR_NAME\Dropbox\SeqAtelier" init
seqatelier workspace use "C:\Users\YOUR_NAME\Dropbox\SeqAtelier"
seqatelier workspace show

別の端末では、同じフォルダの同期とダウンロードが終わってから、その端末のパスを登録します。 既存データを使う端末では init は不要です。

seqatelier workspace use "/your/local/Dropbox/SeqAtelier"
seqatelier list

保存先の登録は端末ごとに記憶します。workspaceには絶対パスを保存せず、固有IDと相対位置でデータを管理します。 フォルダを移動した場合も workspace use 新しいパス で再登録できます。 登録済みの場所が見つからない場合や、別のworkspaceに置き換わっている場合はエラーにします。

運用は 一度に一台で編集し、アプリを終了して同期完了を待ってから別の端末へ移る 形です。 フォルダ全体を「オフラインで利用可能」にしてください。同期や端末間の競合解決はDropbox等に任せます。 SeqAtelierは同期完了を保証せず、複数端末の変更を自動統合しません。 詳しくは 保存先と同期フォルダ を参照してください。

保存先の優先順位は --workspace PATH → SEQATELIER_WORKSPACE → workspace use の登録 → OSの既定ディレクトリです。 プログラムや仮想環境は同期フォルダへ置く必要がありません。

seqatelier import ./example.gb --id sample-001
seqatelier list sample
seqatelier show sample-001
seqatelier export sample-001 ./copy.gb
seqatelier backup ./backup-2026-10-04.zip

書き出しとバックアップは既存ファイルを上書きしません。 バックアップZIPを新しい空のディレクトリに展開し、そのディレクトリを --workspace で指定すると復元できます。 workspaceは一人で使うことを想定しています。同期とは別にバックアップを残してください。

Codexから使う

パッケージをインストールし、workspace use で保存先を登録した後、MCPを追加します。

codex mcp add seqatelier -- seqatelier mcp

初期状態のMCPは読み取り・プレビュー専用です。新しいGenBankの取り込みと設計結果の保存も使う場合は、 最後に --allow-writes を加えます。既存配列の編集・削除をMCPへ公開することはしません。 GUIアプリから seqatelier が見つからない場合は、実行ファイルを絶対パスで指定してください。

同梱の plugin/ はローカル開発用のプラグイン構成です。サーバー起動前にパッケージをインストールし、 workspaceを初期化してください。plugin/mcp.json のコマンドと環境変数を自分の環境に合わせられます。 plugin/skills/sequence-design/SKILL.md に設計時の座標・版の扱いをまとめています。

ChatGPT Dots・別PCから使う

別PCも同じインストール手順です。Codex/Dotsが操作するコンピューターにPythonパッケージを入れ、 そのコンピューターから読めるworkspaceを指定してCLIを使う構成を基本にします。

Dotsのクラウド用コンピューターでの実行、ローカルMCP登録、Dropboxのフォルダとしての利用は未検証です。 ChatGPTのDropbox接続を追加することと、実行環境に同期フォルダが現れることは別です。 同期フォルダが使えない環境では、バックアップZIPを展開した作業用コピーを使えます。 元のworkspaceへ自動反映はしません。

GitHub公開・他端末への導入は docs/deployment.md を参照してください。 任意のHTTPS/OAuthホスティングは docs/hosting.md に分けています。

設計の再現性と座標

CLIの design request.json とMCPの preview は元配列を変更しません。 設計結果を保存すると、ソフトウェアの版、パラメーター、入力配列の版も一緒に残します。 発注CSVを作るだけで、業者への注文は行いません。

{
  "method": "point_mutation",
  "name": "demo-A2R",
  "parameters": {
    "template_id": "demo-vector",
    "cds_feature_label": "demo_CDS",
    "residue_number": 2,
    "new_amino_acid": "R",
    "host": "human"
  }
}

seqatelier --workspace ./my-sequences design request.json

保存する場合は、プレビューで得た source_revisions をリクエストの expected_revisions に加え、 design request.json --save を実行します。版が変わった場合は再プレビューが必要です。 保存結果の id を seqatelier ... order ID primers.csv へ渡すとCSVになります。

結合したCDSの境界を跨ぐコドン置換や、宿主の標準コドン表と対応しない翻訳表は明示的に拒否します。 Web表示は結合featureを区間に分けて表示し、結合CDSのアミノ酸を単純な連続配列上に描画しません。 Tmとコドン最適化は計算上の提案です。実験の成否を検証したものではありません。

ソースから開発・ビルド

Python 3.13以上、Node.js 22.12以上または24、npmを使います。

uv sync --locked --extra dev --extra cloud
uv run python scripts/build_viewer.py
uv run pytest -q
uv run ruff check src tests scripts
uv run pyright
uv run python -m build
uv run python scripts/smoke_wheel.py

scripts/build_viewer.py がWeb画面をビルドしてwheelへ含めます。 smoke_wheel.py は新しい仮想環境にwheelをインストールし、ソースツリー外から初期化と起動準備を確認します。 primer3 は別の任意依存です。必要なら --extra primer3 を追加してください。

変更内容 / 公開・配置 / MIT License