genome-mcp

Instructions

# 批量查询
get_data(["TP53", "BRCA1", "BRCA2"])

# 区域搜索
get_data("chr17:7565097-7590856")

# 蛋白质查询
get_data("P04637", data_type="protein")

# 基因-蛋白质整合查询
get_data("TP53", data_type="gene_protein")

# 蛋白质功能搜索
get_data("tumor suppressor", data_type="protein")

Implementation Reference

• src/genome_mcp/core/tools.py:254-351 (handler)

  The primary handler function for the 'get_data' tool. Decorated with @mcp.tool() for automatic registration in FastMCP. Handles query parsing, validation, execution via QueryExecutor, error handling, and result formatting.

  async def get_data(
      query: str | list[str],
      query_type: str = "auto",
      data_type: str = "gene",
      format: str = "simple",
      species: str = "human",
      max_results: int = 20,
  ) -> ToolResult:
      """
      智能数据获取接口 - 统一处理所有查询类型
  
      自动识别查询类型：
      - "TP53" → 基因信息查询
      - "P04637" → 蛋白质详细信息查询
      - "cancer" → 基因搜索
      - "protein kinase" → 蛋白质功能搜索
      - "chr17:7565097-7590856" → 区域搜索
      - "TP53, BRCA1" → 批量基因信息
      - "breast cancer genes" → 智能搜索
      - "TP53 homologs" → 同源基因查询
      - "evolutionary conservation" → 进化分析查询
  
      Args:
          query: 查询内容（可以是基因ID、蛋白质ID、搜索词、区域、ID列表、进化相关查询）
          query_type: 查询类型（auto/info/search/region/protein/gene_protein/ortholog/evolution）
          data_type: 数据类型（gene/protein/gene_protein/ortholog/evolution）
          format: 返回格式（simple/detailed/raw）
          species: 物种（默认：human，支持9606/human/mouse/rat等）
          max_results: 最大结果数（默认：20）
  
      Returns:
          查询结果字典，包含基因和/或蛋白质信息
  
      Examples:
          # 基因信息查询
          get_data("TP53")
          get_data("TP53", format="detailed")
  
          # 批量查询
          get_data(["TP53", "BRCA1", "BRCA2"])
  
          # 区域搜索
          get_data("chr17:7565097-7590856")
  
          # 蛋白质查询
          get_data("P04637", data_type="protein")
  
          # 基因-蛋白质整合查询
          get_data("TP53", data_type="gene_protein")
  
          # 蛋白质功能搜索
          get_data("tumor suppressor", data_type="protein")
      """
      try:
          # 验证通用参数
          validated_max_results, validated_species, validated_query_type = (
              validate_common_params(
                  max_results=max_results, species=species, query_type=query_type
              )
          )
  
          # 根据data_type参数调整查询类型
          if data_type == "protein" and validated_query_type == "auto":
              validated_query_type = "protein"
          elif data_type == "gene_protein" and validated_query_type == "auto":
              validated_query_type = "gene_protein"
          elif data_type == "ortholog" and validated_query_type == "auto":
              validated_query_type = "ortholog"
          elif data_type == "evolution" and validated_query_type == "auto":
              validated_query_type = "evolution"
          elif data_type == "gene" and validated_query_type == "auto":
              validated_query_type = "auto"  # 保持原有的自动识别
  
          # 解析查询意图
          parsed = QueryParser.parse(query, validated_query_type)
  
          # 使用验证后的物种信息
          if "organism" not in parsed.params:
              parsed.params["organism"] = validated_species
  
          # 执行查询
          result = await _query_executor.execute(
              parsed, max_results=validated_max_results
          )
  
          # 格式化结果
          if format == "simple":
              return _format_simple_result(result)
          elif format == "detailed":
              return result
          else:
              return result
  
      except ValidationError as e:
          return format_simple_error(e, query=query, operation="get_data")
      except Exception as e:
          return format_simple_error(e, query=query, operation="get_data")

• src/genome_mcp/main.py:34-41 (registration)

  Top-level registration of all tools by calling create_mcp_tools(mcp), which defines and registers the get_data tool among others.

  from .core.tools import create_mcp_resources, create_mcp_tools
  
  # 创建MCP实例
  mcp = FastMCP("Genome MCP", version="0.2.5")
  
  # 注册所有资源和工具
  create_mcp_resources(mcp)
  create_mcp_tools(mcp)

• src/genome_mcp/core/tools.py:255-286 (schema)

  Function signature providing input schema via type hints (query: str|list[str], query_type: str='auto', etc.) and return type ToolResult, used by FastMCP for tool schema.

      query: str | list[str],
      query_type: str = "auto",
      data_type: str = "gene",
      format: str = "simple",
      species: str = "human",
      max_results: int = 20,
  ) -> ToolResult:
      """
      智能数据获取接口 - 统一处理所有查询类型
  
      自动识别查询类型：
      - "TP53" → 基因信息查询
      - "P04637" → 蛋白质详细信息查询
      - "cancer" → 基因搜索
      - "protein kinase" → 蛋白质功能搜索
      - "chr17:7565097-7590856" → 区域搜索
      - "TP53, BRCA1" → 批量基因信息
      - "breast cancer genes" → 智能搜索
      - "TP53 homologs" → 同源基因查询
      - "evolutionary conservation" → 进化分析查询
  
      Args:
          query: 查询内容（可以是基因ID、蛋白质ID、搜索词、区域、ID列表、进化相关查询）
          query_type: 查询类型（auto/info/search/region/protein/gene_protein/ortholog/evolution）
          data_type: 数据类型（gene/protein/gene_protein/ortholog/evolution）
          format: 返回格式（simple/detailed/raw）
          species: 物种（默认：human，支持9606/human/mouse/rat等）
          max_results: 最大结果数（默认：20）
  
      Returns:
          查询结果字典，包含基因和/或蛋白质信息