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Glama
Wang-JQ77

deepseek-litresearch

by Wang-JQ77

Server Configuration

Describes the environment variables required to run the server.

NameRequiredDescriptionDefault
S2_API_KEYNoSemantic Scholar API key. Strongly recommendsed to improve rate limits (at least 1 RPS).
DRS_DB_PATHNoPath to the SQLite database file used for task persistence. Overrides the default database location.
NCBI_API_KEYNoNCBI/PubMed API key for highter rate limits.
DEEPSEEK_MODELNoModel name to use for generation, e.g., 'deepseek-chat'.deepseek-chat
DRS_REPORT_DIRNoDirector where generated reports are saved. Use this to override the default report directory.~/.deepseek-litresearch/reports/
CROSSREF_MAILTONoEmail address for Crossref polite pool usage.
DEEPSEEK_API_KEYYesYour DeepSeek (or OpenAI-compatible) API key. Required for LLM calls.
OPENAALEX_MAILTONoEmail address for OpenAlex/Crossref polite pool usage. Strongly recommended.
DEEPSEEK_BASE_URLNoBase URL for the OpenAI-compatible endpoint. Defaults to DeepSeek's API.https://api.deepseek.com
EMBEDDING_PROVIDERNoOptional embedding provider. Set to 'specter2' to use SPECTER2 embeddings for semantic clustering.specter2

Instructions

Guidance the server publishes about itself, which clients place ahead of the tool catalog so the model reads it before choosing anything.

This server publishes no instructions, or was last inspected before Glama recorded them.

Capabilities

Features and capabilities supported by this server

Protocol revision2025-11-25

CapabilityDetails
tools
{
  "listChanged": false
}
prompts
{
  "listChanged": false
}
resources
{
  "subscribe": false,
  "listChanged": false
}
experimental
{}

Tools

Functions exposed to the LLM to take actions

NameDescription
search_literatureA

跨源检索科学文献,返回归一化后的元数据 + 摘要。

Args: query: 检索关键词(如 "GLP-1 receptor agonists neuroprotection")。 sources: 要查询的数据源,默认全部:["europepmc", "semanticscholar", "arxiv"]。 limit: 每个源最多返回条数。 mode: "fast"(元数据+摘要)或 "deep"(含全文,M2 里程碑实现)。

deep_researchA

对科学问题进行深度调研,返回带引用的 Markdown 报告(大纲先行)。

内部执行 规划→并行检索→粗排→提炼→反思→综合 的递归循环。

大纲先行(默认):先生成调研大纲并返回(status=planned + job_id + plan), 供用户确认或修改;确认后调用 execute_research(job_id, plan_override=...) 继续执行。 传 confirm_outline=false 或关闭设置 litresearch.outline_first,则一次调用跑完 完整流水线(直达模式)。执行期间进度写入 progress/.json,前端展示进度条。

Args: question: 科学问题(如 "GLP-1 receptor agonists in neurodegenerative diseases")。 breadth: 规划阶段拆分的子问题数(1-6,默认取设置里的广度)。 depth: 递归检索深度(1-3,默认取设置里的深度)。 max_papers: 文献池规模上限(默认 50)。 sources: 数据源列表,默认全部可用源。 format: 报告导出格式,markdown | html | both | json(默认 markdown)。 导出文件写入 DRS_REPORT_DIR,返回 report_paths + cost 成本摘要。 critique: 是否启用红队对抗审查(M8,默认 True;规则审查 + LLM 可用时 LLM 审查)。 track: 是否持久化任务到 SQLite(M10,默认 True),返回 job_id 供后续查询。 language: 报告语言(M11),zh | en(默认 zh)。 confirm_outline: 大纲先行开关(默认取设置 litresearch.outline_first)。 true=只生成大纲返回等确认;false=一次跑完直达报告。

plan_researchA

第一步:为科学问题生成调研大纲(子问题 + 检索词),不执行检索。

返回 job_id 与大纲,供用户确认或修改。确认后调用 execute_research(job_id, ...) 执行。

Args: question: 科学问题。 breadth: 规划阶段拆分的子问题数(1-6,默认取设置里的广度)。 language: 大纲语言,zh | en(默认 zh)。 track: 是否持久化任务到 SQLite(默认 True)。 job_id: 可选——把生成的大纲挂到这个已存在任务上(如 create_research_job 或 recover_research_jobs 恢复的任务),不再新建任务。

execute_researchA

第二步:按已确认的大纲执行深度调研(plan_research 之后调用)。

确认门禁(需求 2):大纲生成后必须经用户确认/修改才能执行—— 首次调用(confirm=false 且未提供 plan_override)只返回大纲并不执行, 状态保持 planned;用户确认后传 confirm=true,或直接以修改后的 plan_override 调用(修改即确认),任务才进入后台执行。

执行为异步(2026-08-29 修复):立即返回 job_id(status=running), 流水线在独立线程运行,客户端超时/断开不影响任务;用 get_research_job(job_id) 轮询进度与结果,cancel_research_job 可取消。

Args: job_id: plan_research 返回的 job_id。 plan_override: 用户修改后的大纲([{question, queries}]),覆盖原大纲执行; 不传则按 plan_research 生成的原大纲执行。提供它即视为已确认。 depth: 递归检索深度(1-3),覆盖 plan 阶段参数并回写任务记录。 max_papers: 文献池规模上限,覆盖 plan 阶段参数并回写任务记录。 sources: 数据源列表,覆盖 plan 阶段参数并回写任务记录。 format: 报告导出格式(markdown | html | both | json),覆盖并回写。 critique: 红队审查开关;None 时沿用任务存储的参数(不再默认 True 覆盖)。 language: 报告语言 zh | en;None 时沿用任务存储的参数。 confirm: 用户已确认大纲(首次调用必须为 true 或提供 plan_override)。 注意(2026-08-30 门禁强化):outline_confirm_strict 开启时,大纲生成后 outline_confirm_min_seconds 秒内的执行请求会被退回等待确认—— agent 必须先把大纲展示给用户并等待回复,不得跳过确认步骤。

get_settingsA

查看当前插件设置(Sci-Hub / EZProxy / TDM API / 报告语言等)。

返回 settings.json、环境变量与默认值合并后的生效配置。

set_settingsA

修改插件设置并写入 ~/.deepseek-litresearch/settings.json(热生效)。

Args: litresearch_enabled: Deep LitResearch 功能总开关(默认开)。聊天框技能可切换此开关。 breadth: 检索广度(子问题数 1-6),默认 3。 depth: 检索深度(递归层级 1-3),默认 2。 scihub_enabled: 是否启用 Sci-Hub 兜底(默认关闭)。开启需 acknowledge_scihub_risk=true。 scihub_mirrors: 镜像站列表(完整 URL),覆盖默认镜像;可自行添加。 scihub_min_interval: 请求最小间隔(秒)。 scholar_enabled: 是否启用 Google Scholar 增强源(默认关闭)。 scholar_provider: Scholar 接入方式(scraperapi=ScraperAPI HTML 解析 / serpapi=SerpAPI JSON)。 scraperapi_url: ScraperAPI 代理入口 URL(默认 https://api.scraperapi.com)。 scraperapi_key: ScraperAPI Key(按成功响应计费,请确认后启用)。 serpapi_key: SerpAPI Key(原有通道,按次计费)。 ezproxy_base_url: 校园 EZProxy 地址(如 https://ezproxy.your-university.edu)。 ezproxy_username / ezproxy_password: EZProxy 账密(校外访问模式)。 ezproxy_proxy_template: 自研门户网关的代理 URL 模板(可选)。变量: {scheme} {host} {port} {domain_reversed} {path} {query} {url} {encoded_url}。 例(yitlink 路径式): https://gw.univ.edu:8444/https/{port}/{domain_reversed}/yitlink{path} ezproxy_cookies: 门户会话 Cookie(用户从浏览器 DevTools 自行复制, 形如 "CLICKIT_SESSION=...; x-yit-token=...")。插件不会自动采集。 elsevier_api_key / elsevier_insttoken: Elsevier TDM API 凭证。 wiley_tdm_token: Wiley TDM 令牌。 report_language: 报告语言 zh | en。 report_format: 报告格式 markdown | html | both | json。 session_follow: 是否默认跟随当前 DSH 会话的 API/模型(默认 true)。 设 false 关闭跟随,回到 agent-default 层(等价于 session_llm.enabled=false)。 session_provider: 自定义 LLM provider 名(DSH settings.yaml 里的 provider 名, 如 mm-api / just);传空字符串清除自定义、恢复自动跟随。 session_model: 自定义模型 id(如 glm-5.3-flash / claude-opus-5); 传空字符串清除自定义、恢复自动跟随。 session_fallback_provider: 唯一备选 provider 名(DSH settings.yaml 里的 provider 名,如 tokenrhythm)。主 Provider 失败时自动切换到它; 传 "none" 或空串清除备选。2026-08-30 起默认链不再自动扫描全部 provider(会话跟随 + 唯一显式备选)。 session_fallback_model: 备选模型 id;留空用备选 provider 的默认模型。 outline_confirm_strict: 大纲确认门禁强化(默认开):大纲生成后 outline_confirm_min_seconds 秒内的执行请求一律退回等待确认。 outline_confirm_min_seconds: 上述时限秒数(默认 8,0 = 关闭)。 acknowledge_scihub_risk: 开启 Sci-Hub 时须显式确认已知悉法律风险。

get_config_guideA

查看插件配置说明(Sci-Hub 开启与镜像、EZProxy 两种模式、TDM API 申请入口)。

create_research_jobA

创建深度调研任务(M10 持久化),返回 job_id,不立即执行。

Args: question: 科学问题。 breadth: 子问题数(1-6,默认取设置里的广度)。 depth: 检索深度(1-3,默认取设置里的深度)。 max_papers: 文献池上限(默认 50)。 sources: 数据源列表,默认全部。 format: 报告导出格式(markdown | html | both | json)。 critique: 是否启用红队对抗审查(默认 True)。 language: 报告语言(M11),zh | en(默认 zh)。

get_research_jobA

查询任务状态与结果(M10)。

Args: job_id: 任务 id(create_research_job / deep_research / plan_research 返回的 job_id)。

list_research_jobsA

列出任务(M10),可按状态过滤。

Args: status: 过滤状态(pending | planned | running | completed | failed | cancelled),None=全部。 limit: 返回条数上限(默认 50)。

delete_research_jobA

删除任务(M10)。

同时删除该任务的进度文件(pill)——否则「等待确认大纲」等前端标签 会在任务删除后永久残留(2026-08-29 缺口修复)。

Args: job_id: 任务 id。

recover_research_jobsA

恢复中断任务(M10):进程崩溃遗留的 running 任务标记为 pending 可重跑。

幂等:无 running 任务时返回空列表。本进程内仍在后台线程运行的任务 不会被误标(recover 只处理真正失去执行者的 running 任务)。

run_research_jobA

重跑/启动一个已存在任务(pending / planned / failed)。

适用场景(M10 生命周期补全):create_research_job 创建的任务、 recover_research_jobs 恢复的僵尸任务、失败后按原参数重试的任务。

  • 任务已有大纲 → 视为用户确认,按存储参数后台执行(outline_confirm_strict 开启时,大纲刚生成时限窗口内的重跑会被退回等待确认);

  • 任务无大纲 → 返回提示:先 plan_research 生成大纲并确认(需求 2: 大纲必须经用户确认/修改后才能执行)。

执行为异步:立即返回,用 get_research_job(job_id) 轮询。

cancel_research_jobA

取消一个正在后台运行的任务(在最近的阶段边界干净退出)。

Args: job_id: 正在运行的任务 id。

read_paperA

获取文献全文并分块返回,供深度阅读。

至少提供一个标识符。全文来源优先级:Europe PMC fullTextXML → arXiv ar5iv → Unpaywall PDF。

Args: doi: 数字对象标识符(如 "10.1007/s12035-026-06090-6")。 arxiv_id: arXiv 编号(如 "2401.12345")。 pmid: PubMed ID。 pmcid: PubMed Central ID(如 "PMC1234567")。 max_chunks: 最多返回的分块数。

get_citationsA

引文扩展(滚雪球):返回某文献的被引(前向)或引用(后向)文献。

Args: paper_id: Semantic Scholar paper id(如 "s2:xxx" 或裸 id),或 "DOI:10.xxx"。 direction: "citations"(被引,前向)/ "references"(引用,后向)。 limit: 返回条数上限。

get_statusA

报告各数据源配置与健康状态(含 Sci-Hub / 机构订阅启停状态、LLM Provider 探活)。

test_fulltextA

实测全文兜底通道可用性(只读探测,不修改任何设置)。

  • scihub: 逐镜像探测 Sci-Hub 首页可达性、延迟与验证页特征,并按 DOI 探测能否解析到论文页。仅诊断连通性;使用 Sci-Hub 前请确认符合当地法律法规。

  • ezproxy: 探测已配置的校园 EZProxy——首页可达 → (账密模式)登录 → 代理 URL 访问 doi.org。未配置时返回配置指引。

Prompts

Interactive templates invoked by user choice

NameDescription

No prompts

Resources

Contextual data attached and managed by the client

NameDescription

No resources

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