download_structure_tool
Download protein structure files from the Protein Data Bank in multiple formats including PDB, mmCIF, and MMTF for bioinformatics analysis and research.
Instructions
结构文件工具 - 下载和管理蛋白质结构文件
这个工具处理所有文件相关的操作，从下载到格式说明。
Args: pdb_id: PDB ID (例如: "5G53") file_format: 文件格式 - "pdb": 标准PDB格式 (推荐，人类可读) - "mmcif": 大分子晶体信息文件格式 (现代标准) - "cif": 晶体信息文件格式 - "mmtf": 大分子传输格式 (二进制，速度快) save_local: 是否保存到本地文件 (默认False返回内容)
Returns: 文件内容或下载信息 + 格式说明和使用指南
Examples: # 获取PDB文件内容 download_structure("1A3N")
# 下载mmCIF格式并保存到本地
download_structure("2HHB", "mmcif", True)
# 获取快速MMTF格式
download_structure("6VSB", "mmtf")
Input Schema
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| file_format | No | pdb | |
| pdb_id | Yes | ||
| save_local | No |
Input Schema (JSON Schema)
{
"properties": {
"file_format": {
"default": "pdb",
"type": "string"
},
"pdb_id": {
"type": "string"
},
"save_local": {
"default": false,
"type": "boolean"
}
},
"required": [
"pdb_id"
],
"type": "object"
}