Server Configuration
Describes the environment variables required to run the server.
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| RCSB_API_TIMEOUT | No | Timeout in seconds for RCSB API requests | |
| PROTEIN_MCP_CACHE_DIR | No | Directory path for caching protein MCP data | |
| PROTEIN_MCP_LOG_LEVEL | No | Log level for the protein MCP server (e.g., debug, info, trace) | |
| PROTEIN_MCP_PROXY_URL | No | Proxy URL for network requests | |
| PROTEIN_MCP_LOG_FORMAT | No | Log format (e.g., json) | |
| PROTEIN_MCP_USER_AGENT | No | Custom user agent string for requests | |
| PROTEIN_MCP_VERIFY_SSL | No | Whether to verify SSL certificates | |
| PROTEIN_MCP_MAX_RETRIES | No | Maximum number of retries for failed requests | |
| PROTEIN_MCP_LOG_REQUESTS | No | Whether to log HTTP requests | |
| RCSB_API_CUSTOM_ENDPOINT | No | Custom RCSB API endpoint URL | |
| PROTEIN_MCP_LOG_RESPONSES | No | Whether to log HTTP responses | |
| PROTEIN_MCP_CACHE_DURATION | No | Duration in seconds for cache retention | |
| PROTEIN_MCP_PERFORMANCE_STATS | No | Whether to enable performance statistics logging |
Schema
Prompts
Interactive templates invoked by user choice
| Name | Description |
|---|---|
No prompts | |
Resources
Contextual data attached and managed by the client
| Name | Description |
|---|---|
No resources | |
Tools
Functions exposed to the LLM to take actions
| Name | Description |
|---|---|
| find_protein_structures_tool | 蛋白质结构发现工具 - 搜索、示例、验证的统一入口 这是蛋白质研究的起点，帮助你发现和验证PDB结构。 Args: keywords: 搜索关键词 (如: "hemoglobin", "kinase", "DNA") category: 预设类别 ("癌症靶点", "病毒蛋白", "酶类", "抗体", "膜蛋白", "核糖体") pdb_id: 直接验证或查看特定PDB ID (如: "1A3N") max_results: 搜索结果最大数量 (默认10，最大100) Returns: 包含PDB结构列表、验证结果、示例数据的综合响应 Examples: # 搜索血红蛋白相关结构 find_protein_structures(keywords="hemoglobin") # 获取癌症靶点示例
find_protein_structures(category="癌症靶点")
# 验证PDB ID
find_protein_structures(pdb_id="1A3N") |
| get_protein_data_tool | 蛋白质综合数据工具 - 获取完整蛋白质信息包 这个工具是蛋白质数据获取的核心，一次性获取你需要的所有信息。 Args: pdb_id: PDB ID (例如: "5G53") data_types: 需要的数据类型列表 - "basic": 基本信息 (标题、方法、分辨率等) - "sequence": 氨基酸序列信息 - "structure": 二级结构分析 - "all": 获取所有数据 chain_id: 特定链ID (例如: "A"，可选) Returns: 完整的蛋白质数据包，包含请求的所有数据类型 Examples: # 获取所有数据 get_protein_data("5G53", ["all"]) # 只获取基本信息和序列
get_protein_data("1A3N", ["basic", "sequence"])
# 获取特定链的数据
get_protein_data("2HHB", ["all"], "A") |
| download_structure_tool | 结构文件工具 - 下载和管理蛋白质结构文件 这个工具处理所有文件相关的操作，从下载到格式说明。 Args: pdb_id: PDB ID (例如: "5G53") file_format: 文件格式 - "pdb": 标准PDB格式 (推荐，人类可读) - "mmcif": 大分子晶体信息文件格式 (现代标准) - "cif": 晶体信息文件格式 - "mmtf": 大分子传输格式 (二进制，速度快) save_local: 是否保存到本地文件 (默认False返回内容) Returns: 文件内容或下载信息 + 格式说明和使用指南 Examples: # 获取PDB文件内容 download_structure("1A3N") # 下载mmCIF格式并保存到本地
download_structure("2HHB", "mmcif", True)
# 获取快速MMTF格式
download_structure("6VSB", "mmtf") |