#!/usr/bin/env python3
"""
Genome MCP - 智能基因组数据服务器
版本: 0.2.5
功能: 基因信息查询、同源基因分析、进化研究、语义搜索、批量处理
支持模式:
- STDIO: 标准输入输出模式（默认）
- HTTP: HTTP服务器模式
- SSE: Server-Sent Events模式
使用示例:
# STDIO模式（默认）
python -m genome_mcp
# HTTP模式 - 本地访问
python -m genome_mcp --port 8080
# HTTP模式 - 外部访问（0.0.0.0）
python -m genome_mcp --port 8080 --host 0.0.0.0
# SSE模式
python -m genome_mcp --mode sse --port 8080
更多信息请访问: https://github.com/your-repo/genome-mcp
"""
import argparse
import sys
from fastmcp import FastMCP
from .core.tools import create_mcp_resources, create_mcp_tools
# 创建MCP实例
mcp = FastMCP("Genome MCP", version="0.2.5")
# 注册所有资源和工具
create_mcp_resources(mcp)
create_mcp_tools(mcp)
def create_parser():
"""创建命令行参数解析器"""
parser = argparse.ArgumentParser(
prog="genome-mcp",
description="Genome MCP - 智能基因组数据服务器",
formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter,
epilog="""
使用示例:
%(prog)s # STDIO模式（默认）
%(prog)s --port 8080 # HTTP模式 - 本地访问
%(prog)s --port 8080 --host 0.0.0.0 # HTTP模式 - 外部访问
%(prog)s --mode sse --port 8080 # SSE模式
%(prog)s --help # 显示帮助信息
传输模式说明:
STDIO - 标准输入输出模式，适用于本地MCP客户端（如Claude Desktop）
HTTP - HTTP服务器模式，支持远程访问和Web客户端
SSE - Server-Sent Events模式，支持实时通信
网络配置说明:
--host 127.0.0.1 - 仅本地访问（默认）
--host 0.0.0.0 - 允许外部访问，适用于Docker和云部署
--port <端口号> - 指定服务器端口（HTTP/SSE模式需要）
更多信息请访问: https://github.com/your-repo/genome-mcp
""",
)
parser.add_argument("--port", "-p", type=int, help="指定端口号（HTTP/SSE模式必需）")
parser.add_argument(
"--host",
default="127.0.0.1",
help="指定绑定地址（默认: 127.0.0.1，使用0.0.0.0允许外部访问）",
)
parser.add_argument(
"--mode",
"-m",
choices=["stdio", "http", "sse"],
default="stdio",
help="传输模式（默认: stdio）",
)
parser.add_argument(
"--version", "-v", action="version", version="Genome MCP v0.2.5"
)
return parser
def main():
"""主入口点"""
parser = create_parser()
args = parser.parse_args()
# 确定传输模式
transport_map = {"stdio": "stdio", "http": "streamable-http", "sse": "sse"}
transport = transport_map[args.mode]
# 验证参数组合
if args.mode in ["http", "sse"] and not args.port:
parser.error(f"{args.mode.upper()}模式需要指定端口号 (--port)")
if args.mode == "stdio" and args.port:
print("⚠️ 警告: STDIO模式忽略--port参数")
# 准备启动参数
run_kwargs = {"transport": transport}
# 只有非STDIO模式才添加端口和主机参数
if args.mode != "stdio" and args.port:
run_kwargs["port"] = args.port
if args.host != "127.0.0.1":
run_kwargs["host"] = args.host
# 只有非STDIO模式才显示启动信息
if args.mode != "stdio":
print("\n" + "=" * 60)
print(f"🧬 启动Genome MCP服务器 ({args.mode.upper()}模式)")
if args.host == "0.0.0.0":
print(f"🌐 服务器地址: http://0.0.0.0:{args.port}/mcp")
print("🔓 允许外部访问 - 适用于Docker和云部署")
else:
print(f"🏠 服务器地址: http://{args.host}:{args.port}/mcp")
print("🔒 仅本地访问")
print(f"📊 传输协议: {transport}")
print("🛠️ 工具数量: 6个核心工具")
print("📚 资源数量: 3个数据资源")
print("🧬 功能: 基因查询 | 同源分析 | 进化研究 | 语义搜索")
print("=" * 60)
print("🚀 正在启动服务器...\n")
# STDIO模式保持静默，避免干扰MCP协议通信
# 启动服务器
try:
mcp.run(**run_kwargs)
except KeyboardInterrupt:
if args.mode != "stdio":
print("\n👋 服务器已停止")
except Exception as e:
if args.mode != "stdio":
print(f"❌ 启动失败: {e}")
sys.exit(1)
if __name__ == "__main__":
main()