Server Configuration
Describes the environment variables required to run the server.
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| GENOME_MCP_LOG_LEVEL | No | The log level for the Genome MCP server | info |
Tools
Functions exposed to the LLM to take actions
| Name | Description |
|---|---|
| get_data | 智能数据获取接口 - 统一处理所有查询类型 自动识别查询类型：
Args: query: 查询内容（可以是基因ID、蛋白质ID、搜索词、区域、ID列表、进化相关查询） query_type: 查询类型（auto/info/search/region/protein/gene_protein/ortholog/evolution） data_type: 数据类型（gene/protein/gene_protein/ortholog/evolution） format: 返回格式（simple/detailed/raw） species: 物种（默认：human，支持9606/human/mouse/rat等） max_results: 最大结果数（默认：20） Returns: 查询结果字典，包含基因和/或蛋白质信息 Examples: # 基因信息查询 get_data("TP53") get_data("TP53", format="detailed") # 批量查询
get_data(["TP53", "BRCA1", "BRCA2"])
# 区域搜索
get_data("chr17:7565097-7590856")
# 蛋白质查询
get_data("P04637", data_type="protein")
# 基因-蛋白质整合查询
get_data("TP53", data_type="gene_protein")
# 蛋白质功能搜索
get_data("tumor suppressor", data_type="protein") |
| advanced_query | 高级批量查询 - 支持复杂查询策略 Args: queries: 查询列表，每个元素包含 {"query": str, "type": str} strategy: 执行策略（parallel/sequential） delay: 查询间隔（秒） Returns: 批量查询结果 Examples: advanced_query([ {"query": "TP53", "type": "info"}, {"query": "BRCA1", "type": "info"}, {"query": "cancer", "type": "search"} ]) |
| smart_search | 智能语义搜索 - 理解自然语言描述并执行相应查询 语义理解示例：
Args: description: 自然语言描述 context: 搜索上下文（genomics/proteomics/pathway） filters: 过滤条件 max_results: 最大结果数 Returns: 智能搜索结果 Examples: smart_search("breast cancer genes on chromosome 17") smart_search("TP53 protein interactions", context="proteomics") smart_search("DNA repair genes", filters={"species": "human"}) |
| analyze_gene_evolution | 基因进化分析工具 - MCP接口包装 Args: gene_symbol: 基因符号（如 TP53, BRCA1） target_species: 目标物种列表（如 ["mouse", "rat", "zebrafish"]） analysis_level: 分析层级（如 Eukaryota, Metazoa, Vertebrata） include_sequence_info: 是否包含序列信息 Returns: 进化分析结果 Examples: # 分析 TP53 在哺乳动物中的进化 analyze_gene_evolution("TP53", ["human", "mouse", "rat", "dog"]) |
| build_phylogenetic_profile | 系统发育图谱构建工具 - MCP接口包装 Args: gene_symbols: 基因符号列表 species_set: 物种集合（默认包含常用模式生物） include_domain_info: 是否包含结构域信息 Returns: 系统发育图谱数据 Examples: # 分析p53家族在脊椎动物中的分布 build_phylogenetic_profile(["TP53", "TP63", "TP73"], ["human", "mouse", "zebrafish"]) |
| kegg_pathway_enrichment | KEGG通路富集分析工具 - MVP版本 分析基因列表在KEGG通路中的富集情况，识别显著相关的生物学通路 Args: gene_list: 基因列表（如 ["TP53", "BRCA1", "BRCA2"]） organism: 生物体代码（默认 "hsa" 人类） pvalue_threshold: p值显著性阈值（默认 0.05） min_gene_count: 通路中最小基因数量（默认 2） Returns: 通路富集分析结果，包含： - 显著富集的通路列表 - p值和FDR校正后的统计显著性 - 富集倍数和基因数量信息 - 分析参数和元数据 Examples: # 分析癌症相关基因的通路富集 kegg_pathway_enrichment(["TP53", "BRCA1", "BRCA2", "EGFR"]) # 分析小鼠基因的通路富集
kegg_pathway_enrichment(["Trp53", "Brca1"], organism="mmu")
# 使用更严格的显著性阈值
kegg_pathway_enrichment(["TP53", "BRCA1"], pvalue_threshold=0.01) |
Prompts
Interactive templates invoked by user choice
| Name | Description |
|---|---|
No prompts | |
Resources
Contextual data attached and managed by the client
| Name | Description |
|---|---|
| database_status | 获取数据库状态信息 Args: 无参数 Returns: str: 包含数据库状态的JSON字符串 |
| id_formats | 获取支持的ID格式说明 Args: 无参数 Returns: str: 包含ID格式说明的JSON字符串 |
| query_examples | 获取查询示例 Args: 无参数 Returns: str: 包含查询示例的JSON字符串 |