Nextflow 开发者工具 MCP

使用 FastMCP 构建的专为 Nextflow 开发和测试设计的模型上下文协议 (MCP) 服务器。

WARNING

此 MCP 旨在开发 Nextflow 本身，而不是用于编写 Nextflow 管道。

概述

该 MCP 为 Nextflow 开发提供了一套工具，包括：

从源代码构建 Nextflow
运行测试（集成测试、特定测试、插件测试）
运行 Nextflow 的开发版本
管理 Nextflow 开发目录
访问 Nextflow 文档

Related MCP server: MCP Test Server

安装

先决条件

克劳德桌面应用程序
Python 3.8+ 及 pip
Nextflow 的 Git 存储库（本地克隆）

使用 FastMCP 安装以在 Claude Desktop 中使用

安装 FastMCP CLI 工具：

pip install fastmcp

克隆此存储库：

git clone https://github.com/yourusername/nextflow-dev-mcp.git cd nextflow-dev-mcp

在 Claude Desktop 中安装 MCP：

fastmcp install mcp-nextflow.py

这将使 MCP 在 Claude Desktop 应用程序中可用。

使用 FastMCP 安装以在 Cursor 中使用

获取包含 FastMCP CLI 工具的虚拟环境路径。如果您使用的是uv则该路径位于.venv目录中。
获取 Nextflow 克隆存储库的目录。
将以下 json 添加到游标 MCP 服务器：

{ "mcpServers": { "server-name": { "command": "/path/to/your/.venv/bin/python", "args": [ "/path/to/your/mcp-nextflow/mcp-nextflow.py" ], "env": { "NEXTFLOW_DIR": "/path/to/your/nextflow" } } } }

然后，您应该能够在 Cursor 中使用 MCP。在 Agentic 模式下，要求代理“测试 nf-amazon 插件”，它应该会运行make test module=plugins:nf-amazon 。

设置环境变量

您可以在安装期间指定 Nextflow 目录：

NEXTFLOW_DIR=/path/to/your/nextflow fastmcp install mcp-nextflow.py

与 Claude 一起使用

安装完成后，您可以通过 Claude Desktop 应用程序访问 MCP：

打开 Claude 桌面
点击Claude界面中的工具菜单按钮
从已安装的 MCP 列表中选择Nextflow 开发者工具

与游标一起使用

Cursor是一款与 Claude 配合使用的 AI 代码编辑器。要将 MCP 与 Cursor 配合使用：

确保已按照上述说明安装 MCP
在 Cursor 中打开您的 Nextflow 项目
在与 Cursor 中的 Claude 聊天时，您可以参考 MCP：
Using the Nextflow Developer Tools, run the integration tests for the nf-amazon plugin