Nextflow 開発者ツール MCP

Nextflow の開発とテスト用に設計され、FastMCP を使用して構築された Model Context Protocol (MCP) サーバー。

[!警告] この MCP は、Nextflow パイプラインの作成用ではなく、Nextflow 自体の開発用に設計されています。

概要

この MCP は、次のような Nextflow 開発用のツールスイートを提供します。

ソースからNextflowを構築する
テストの実行（統合テスト、特定のテスト、プラグインテスト）
Nextflowの開発バージョンを実行する
Nextflow開発ディレクトリの管理
Nextflowドキュメントへのアクセス

インストール

前提条件

クロードデスクトップアプリ
Python 3.8+（pip付き）
Nextflow の Git リポジトリ (ローカルにクローン)

Claude Desktopで使用するためにFastMCPでインストールする

FastMCP CLI ツールをインストールします。

pip install fastmcp

このリポジトリをクローンします:

git clone https://github.com/yourusername/nextflow-dev-mcp.git
cd nextflow-dev-mcp

Claude Desktop に MCP をインストールします。

fastmcp install mcp-nextflow.py

これにより、MCP が Claude デスクトップアプリで利用できるようになります。

カーソルで使用するためにFastMCPでインストールする

FastMCP CLIツールを含む仮想環境のパスを取得します。uv uv使用している場合は、 .venvディレクトリにあります。
Nextflow のクローンリポジトリのディレクトリを取得します。
次の json をカーソル MCP サーバーに追加します。

{
    "mcpServers": {
        "server-name": {
            "command": "/path/to/your/.venv/bin/python",
            "args": [
                "/path/to/your/mcp-nextflow/mcp-nextflow.py"
            ],
            "env": {
                "NEXTFLOW_DIR": "/path/to/your/nextflow"
            }
        }
    }
}

これで、Cursor で MCP が使用できるようになります。Agentic モードでエージェントに「nf-amazon プラグインをテストする」ように指示すると、 make test module=plugins:nf-amazonが実行されるはずです。

環境変数の設定

インストール時に Nextflow ディレクトリを指定できます。

NEXTFLOW_DIR=/path/to/your/nextflow fastmcp install mcp-nextflow.py

クロードと一緒に使う

インストールが完了すると、Claude デスクトップアプリで MCP にアクセスできるようになります。

クロードデスクトップを開く
Claudeインターフェースのツールメニューボタンをクリックします
インストールされているMCPのリストからNextflow開発者ツールを選択します。

カーソルの使用

CursorはClaudeと連携するAI搭載コードエディタです。CursorでMCPを使用するには、以下の手順に従ってください。

上記の説明に従ってMCPがインストールされていることを確認してください
カーソルでNextflowプロジェクトを開きます
Cursor での Claude とのチャットでは、MCP を参照できます。
Using the Nextflow Developer Tools, run the integration tests for the nf-amazon plugin

This server cannot be installed

security - not tested

license - not found

quality - not tested

How are these scores calculated?

local-only server

The server can only run on the client's local machine because it depends on local resources.

Nextflow の開発とテストを容易にするために設計されたモデルコンテキストプロトコルサーバー。ソースからビルドし、テストを実行し、Nextflow 開発環境を管理するためのツールを提供します。

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