Servidor MCP de UniProt

Un servidor integral de Protocolo de Contexto de Modelo (MCP) que proporciona acceso avanzado a la base de datos de proteínas de UniProt. Este servidor ofrece 26 herramientas bioinformáticas especializadas que permiten a los asistentes de IA y clientes MCP realizar investigaciones sofisticadas de proteínas, genómica comparativa, análisis de biología estructural y biología de sistemas directamente a través de la API REST de UniProt.

Desarrollado por Augmented Nature

Características

Análisis de proteínas básicas (5 herramientas)

Búsqueda de proteínas : busque en la base de datos UniProt por nombre de proteína, palabras clave u organismo
Información detallada sobre proteínas : recupere información completa sobre proteínas, incluidas funciones, estructura y anotaciones.
Búsqueda basada en genes : encuentre proteínas por nombre o símbolo de gen
Recuperación de secuencias : obtenga secuencias de aminoácidos en formato FASTA o JSON
Análisis de características : acceso a dominios funcionales, sitios activos, sitios de unión y otras características de las proteínas.

Análisis comparativo y evolutivo (4 herramientas)

Comparación de proteínas : comparación lado a lado de múltiples proteínas con análisis de secuencias y características
Descubrimiento de homólogos : encuentre proteínas homólogas en diferentes especies
Identificación de ortólogos : identificar proteínas ortólogas para estudios evolutivos
Análisis filogenético : recuperar relaciones evolutivas y datos filogenéticos

Análisis de estructura y función (4 herramientas)

Información de estructura 3D : acceda a referencias PDB y datos estructurales
Análisis de dominio avanzado : análisis de dominio mejorado con anotaciones InterPro, Pfam y SMART
Análisis de variantes : variantes y mutaciones asociadas a enfermedades
Composición de la secuencia : composición de aminoácidos, hidrofobicidad y otras propiedades de la secuencia

Análisis del contexto biológico (4 herramientas)

Integración de vías : vías biológicas asociadas de KEGG y Reactome
Interacciones de proteínas : Redes de interacción proteína-proteína
Clasificación funcional : búsqueda por términos GO o anotaciones funcionales
Localización subcelular : Encuentra proteínas por localización subcelular

Procesamiento por lotes y búsqueda avanzada (3 herramientas)

Procesamiento por lotes : procese de manera eficiente múltiples accesiones de proteínas
Búsqueda avanzada : consultas complejas con múltiples filtros (longitud, masa, organismo, función)
Clasificación taxonómica : Búsqueda por clasificación taxonómica detallada

Literatura y referencias cruzadas (3 herramientas)

Enlaces a bases de datos externas : enlaces a PDB, EMBL, RefSeq, Ensembl y otras bases de datos
Referencias bibliográficas : publicaciones y citas asociadas
Calidad de anotación : puntuaciones de calidad y niveles de confianza para diferentes anotaciones

Exportación de datos y utilidades (3 herramientas)

Exportación especializada : Exporte datos en formatos GFF, GenBank, EMBL y XML
Validación de acceso : verificar la validez del número de acceso de UniProt
Información taxonómica : Clasificación taxonómica detallada y datos de linaje

Plantillas de recursos

Acceso directo a datos de proteínas a través de plantillas URI para una integración perfecta

Instalación

Prerrequisitos

Node.js (v16 o superior)
npm o hilo

Configuración

Clonar el repositorio:

git clone <repository-url>
cd uniprot-server

Instalar dependencias:

npm install

Construir el proyecto:

npm run build

Estibador

Construyendo la imagen de Docker

Construya la imagen de Docker:

docker build -t uniprot-mcp-server .

Ejecutando con Docker

Ejecute el contenedor:

docker run -i uniprot-mcp-server

Para la integración del cliente MCP, puede utilizar el contenedor directamente:

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "docker",
      "args": ["run", "-i", "uniprot-mcp-server"],
      "env": {}
    }
  }
}

Docker Compose (opcional)

Cree un docker-compose.yml para una gestión más sencilla:

version: "3.8"
services:
  uniprot-mcp:
    build: .
    image: uniprot-mcp-server
    stdin_open: true
    tty: true

Correr con:

docker-compose up

Uso

Como servidor MCP

El servidor está diseñado para ejecutarse como un servidor MCP que se comunica a través de stdio:

npm start

Agregar a la configuración del cliente MCP

Agregue el servidor a su configuración de cliente MCP (por ejemplo, Claude Desktop):

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/uniprot-server/build/index.js"],
      "env": {}
    }
  }
}

Herramientas disponibles

1. proteínas de búsqueda

Busque en la base de datos UniProt proteínas por nombre, palabra clave u organismo.

Parámetros:

query (obligatoria): Consulta de búsqueda (nombre de proteína, palabra clave o búsqueda compleja)
organism (opcional): nombre del organismo o ID de taxonomía para filtrar los resultados
size (opcional): Número de resultados a devolver (1-500, predeterminado: 25)
format (opcional): Formato de salida: json, tsv, fasta, xml (predeterminado: json)

Ejemplo:

{
  "query": "insulin",
  "organism": "human",
  "size": 5
}

2. obtener_información_proteica

Obtenga información detallada de una proteína específica por acceso a UniProt.

Parámetros:

accession (obligatoria): Número de acceso de UniProt (por ejemplo, P04637)
format (opcional): Formato de salida: json, tsv, fasta, xml (predeterminado: json)

Ejemplo:

{
  "accession": "P01308",
  "format": "json"
}

3. búsqueda_por_gen

Busque proteínas por nombre de gen o símbolo.

Parámetros:

gene (obligatorio): Nombre o símbolo del gen (p. ej., BRCA1, INS)
organism (opcional): nombre del organismo o ID de taxonomía para filtrar los resultados
size (opcional): Número de resultados a devolver (1-500, predeterminado: 25)

Ejemplo:

{
  "gene": "BRCA1",
  "organism": "human"
}

4. obtener_secuencia_de_proteína

Obtenga la secuencia de aminoácidos de una proteína.

Parámetros:

accession (obligatorio): Número de adhesión de UniProt
format (opcional): Formato de salida: fasta, json (predeterminado: fasta)

Ejemplo:

{
  "accession": "P01308",
  "format": "fasta"
}

5. obtener_características_de_la_proteína

Obtenga características y dominios funcionales para una proteína.

Parámetros:

accession (obligatorio): Número de adhesión de UniProt

Ejemplo:

{
  "accession": "P01308"
}

Plantillas de recursos

El servidor proporciona acceso directo a los datos de UniProt a través de plantillas URI:

1. Información sobre las proteínas

URI : uniprot://protein/{accession}
Descripción : Información completa sobre proteínas para una accesión UniProt
Ejemplo : uniprot://protein/P01308

2. Secuencia de proteínas

URI : uniprot://sequence/{accession}
Descripción : Secuencia de proteína en formato FASTA
Ejemplo : uniprot://sequence/P01308

3. Resultados de la búsqueda

URI : uniprot://search/{query}
Descripción : Resultados de la búsqueda de proteínas que coinciden con la consulta
Ejemplo : uniprot://search/insulin

Ejemplos

Búsqueda básica de proteínas

Búsqueda de proteínas de insulina en humanos:

// Tool call
{
  "tool": "search_proteins",
  "arguments": {
    "query": "insulin",
    "organism": "human",
    "size": 10
  }
}

Obtenga información detallada sobre las proteínas

Obtenga información completa sobre la insulina humana:

// Tool call
{
  "tool": "get_protein_info",
  "arguments": {
    "accession": "P01308"
  }
}

Búsqueda basada en genes

Encuentre proteínas asociadas al gen BRCA1:

// Tool call
{
  "tool": "search_by_gene",
  "arguments": {
    "gene": "BRCA1",
    "organism": "human"
  }
}

Recuperar secuencia de proteínas

Obtenga la secuencia de aminoácidos de la insulina humana:

// Tool call
{
  "tool": "get_protein_sequence",
  "arguments": {
    "accession": "P01308",
    "format": "fasta"
  }
}

Analizar las características de las proteínas

Obtenga dominios funcionales y características para la insulina humana:

// Tool call
{
  "tool": "get_protein_features",
  "arguments": {
    "accession": "P01308"
  }
}

Integración de API

Este servidor se integra con la API REST de UniProt para el acceso programático a los datos de proteínas. Para más información sobre UniProt:

Sitio web de UniProt : https://www.uniprot.org/
Documentación de la API : https://www.uniprot.org/help/api
Guía de API REST : https://www.uniprot.org/help/api\_queries

Todas las solicitudes de API incluyen:

Agente de usuario : UniProt-MCP-Server/1.0.0
Tiempo de espera : 30 segundos
URL base : https://rest.uniprot.org (solo acceso programático)

Manejo de errores

El servidor incluye un manejo integral de errores:

Validación de entrada : todos los parámetros se validan mediante protectores de tipo
Errores de API : los errores de red y API se detectan y se devuelven con mensajes descriptivos.
Manejo de tiempo de espera : las solicitudes se agotan después de 30 segundos
Degradación elegante : las fallas parciales se manejan adecuadamente

Desarrollo

Construir el proyecto

npm run build

Modo de desarrollo

Ejecute el compilador de TypeScript en modo de observación:

npm run dev

Estructura del proyecto

uniprot-server/
├── src/
│   └── index.ts          # Main server implementation
├── build/                # Compiled JavaScript output
├── package.json          # Node.js dependencies and scripts
├── tsconfig.json         # TypeScript configuration
└── README.md            # This file

Dependencias

@modelcontextprotocol/sdk : SDK principal de MCP para la implementación del servidor
axios : cliente HTTP para solicitudes de API de UniProt
typescript : compilador de TypeScript para desarrollo

Licencia

Licencia MIT

Contribuyendo

Bifurcar el repositorio
Crear una rama de características
Realiza tus cambios
Agregue pruebas si corresponde
Enviar una solicitud de extracción

Apoyo

Para problemas y preguntas:

Consulte la documentación de la API de UniProt
Revise la especificación del Protocolo de Contexto del Modelo
Abrir un problema en el repositorio

Acerca de la naturaleza aumentada

Este completo servidor UniProt MCP fue desarrollado por Augmented Nature , empresa líder en innovación en soluciones de bioinformática y biología computacional basadas en IA. Augmented Nature se especializa en la creación de herramientas avanzadas que conectan la inteligencia artificial con la investigación biológica, permitiendo a los investigadores obtener información más profunda a partir de datos biológicos.

Referencia completa de herramientas

Herramientas básicas de análisis de proteínas

search_proteins - Busque en la base de datos de UniProt por nombre, palabra clave u organismo
get_protein_info - Obtenga información detallada de proteínas por accesión
search_by_gene - Encuentra proteínas por nombre de gen o símbolo
get_protein_sequence - Recuperar secuencias de aminoácidos
get_protein_features - Acceda a funciones y dominios funcionales

Herramientas de análisis comparativo y evolutivo

compare_proteins - Compara múltiples proteínas una al lado de la otra
get_protein_homologs - Encuentra proteínas homólogas en diferentes especies
get_protein_orthologs - Identificar proteínas ortólogas
get_phylogenetic_info - Recuperar relaciones evolutivas

Herramientas de análisis de estructura y función

get_protein_structure : acceso a información de estructura 3D desde PDB
get_protein_domains_detailed - Análisis de dominio mejorado (InterPro, Pfam, SMART)
get_protein_variants - Variantes y mutaciones asociadas a enfermedades
analyze_sequence_composition - Análisis de la composición de aminoácidos

Herramientas del contexto biológico

get_protein_pathways - Vías biológicas asociadas (KEGG, Reactome)
get_protein_interactions - Redes de interacción proteína-proteína
search_by_function - Búsqueda por términos GO o anotaciones funcionales
search_by_localization - Encuentra proteínas por localización subcelular

Procesamiento por lotes y herramientas de búsqueda avanzada

batch_protein_lookup - Procesar múltiples accesiones de manera eficiente
advanced_search - Consultas complejas con múltiples filtros
search_by_taxonomy - Búsqueda por clasificación taxonómica

Literatura y herramientas de referencia cruzada

get_external_references - Enlaces a otras bases de datos (PDB, EMBL, RefSeq, etc.)
get_literature_references - Publicaciones y citas asociadas
get_annotation_confidence - Puntuaciones de calidad para anotaciones

Herramientas de exportación de datos y utilidades

export_protein_data - Exportación en formatos especializados (GFF, GenBank, EMBL, XML)
validate_accession - Verificar la validez del número de acceso
get_taxonomy_info - Información taxonómica detallada

Registro de cambios

v1.0.0 - Plataforma integral de bioinformática

Gran expansión : se agregaron 21 nuevas herramientas especializadas (total: 26 herramientas)
Análisis comparativo : comparación de proteínas, identificación de homólogos/ortólogos, análisis filogenético
Biología estructural : integración de estructuras 3D, análisis detallado de dominios, análisis de variantes
Biología de sistemas : Integración de vías, interacciones de proteínas, clasificación funcional
Búsqueda avanzada : procesamiento por lotes, filtrado complejo, búsqueda taxonómica
Integración de literatura : enlaces a bases de datos externas, citas, confianza en las anotaciones
Exportación de datos : Múltiples formatos especializados (GFF, GenBank, EMBL, XML)
Compatibilidad mejorada con Docker : compilaciones de varias etapas con las mejores prácticas de seguridad
Documentación completa : referencia completa de herramientas y ejemplos
Desarrollado por Augmented Nature : Plataforma bioinformática profesional

This server cannot be installed

security - not tested

license - permissive license

quality - not tested

remote-capable server

The server can be hosted and run remotely because it primarily relies on remote services or has no dependency on the local environment.

Servidor MCP de UniProt

Related MCP Servers

salesforce-mcp
leilaabdel
-
security
F
license
-
quality
Salesforce MCP Server
Last updated -
Python
MISP-MCP-SERVER
bornpresident
-
security
-
license
-
quality
MISP-MCP-SERVER
Last updated -
Python
mcp-server-docy
oborchers
-
security
A
license
-
quality
mcp-server-docy
Last updated -
2
Python
MIT License
monday MCP Serverofficial
mondaycom
-
security
A
license
-
quality
monday MCP Server
Last updated -
981
181
TypeScript
MIT License

View all related MCP servers