flowchart TD
    subgraph L1[第 1 层：科研业务流程层]
        direction LR
        P1[问题与文献] --> P2[创新与方案] --> P3[实验/代码验证] --> P4[分析与写作] --> P5[审稿与双重质控]
        P5 -.->|发现问题·返回迭代| P1
    end

    subgraph L2[第 2 层：Agent 执行层]
        direction LR
        A1[Scout 学术侦察员] --> A2[Strategist 方案架构员] --> A3[Coder 实验复现员] --> A4[Writer 论文撰写员] --> A5[Council 双重门禁席]
    end

    subgraph L3[第 3 层：Skills 与工具层]
        S1[单一高内聚 research-flow Skill<br>按需 References 展开]
        T1[收敛的 4 大公开工具网关<br>query / evidence / palette / status]
    end

    subgraph L4[第 4 层：MCP 与协议层]
        M1[Tianshu-Research stdio MCP]
        M2[Zotero 开源标准导出<br>CSL-JSON / RIS 替代 EndNote]
        M3[天枢原生能力面<br>Bash / Python / LSP / Office]
    end

    subgraph L5[第 5 层：知识与资源底座]
        K1[云端学术图谱<br>OpenAlex 2.5 亿实体 + arXiv API]
        K2[本地轻量结构化证据账本<br>sources / evidence / claims .jsonl]
        K3[轻量章节切块<br>read_section 定向精读]
    end

    L1 === L2
    L2 === L3
    L3 === L4
    L4 === L5

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
from journal_palette import journal_palette, apply_journal_style

# 应用顶刊排版规范 (Nature / Science 风格)
apply_journal_style()

# 获取色盲友好色板 (Okabe-Ito)
colors = journal_palette('colorblind')

fig, ax = plt.subplots(figsize=(6, 4))
x = np.linspace(0, 10, 100)
for i in range(len(colors)):
    ax.plot(x, np.sin(x + i * 0.5), color=colors[i], label=f'Series {i+1}')

ax.set_title("Journal Figure Demonstration")
ax.legend(loc='upper right', frameon=False)
plt.show()

# 启动 MCP 服务 (JSON-RPC 2.0 stdio)
node mcp-server.js

# 1. 快捷检查科研工作区状态
/research-status

# 2. 启动科研检索初筛
/research physics-informed neural networks

# 运行全量 Node.js 单元测试（86 项测试全部 100% GREEN）
node --test test/*.test.js

# 运行 Python 色板插值与样式单测（6 项断言全部通过）
python test/test_journal_palette.py

Tianshu-Research/
├── .github/
│   └── workflows/
│       └── ci.yml                   # GitHub Actions 持续集成自动化测试
├── commands/
│   ├── research.md                  # /research 斜杠指令
│   └── research-status.md           # /research-status 诊断指令
├── compute/
│   ├── compute-gateway.js           # 渐进式科学计算网关
│   └── sympy_runner.py              # SymPy 符号代数执行器
├── docs/
│   ├── smoke.md                     # 冒烟测试手册
│   ├── tianshu-research-capability-map.md # 顶层全景架构地图与全链路设计
│   ├── tianshu-research-plan.md     # 架构规划案
│   └── zotero-integration.md        # Zotero 与 zotero-mcp 现代文献对接指南
├── document/
│   └── document-parser.js           # 科学文档章节切块与真实物理 Locator 解析
├── figure/
│   ├── journal_palette.json         # 100 套顶刊出版色板数据
│   └── journal_palette.py           # Python 顶刊绘图伴生库
├── gates/
│   └── scientific-verifier.js       # 科学门禁审计器 (Evidence Ledger 闭环校验)
├── jobs/
│   └── job-manager.js               # 异步长时间任务状态机
├── ledger/
│   └── evidence-ledger.js           # 结构化证据账本核心读写与 CSL-JSON/RIS 导出
├── skills/
│   └── research-flow/
│       ├── SKILL.md                 # 智能体科研工作流技能规范 (防撑爆与避坑指南)
│       └── references/
│           ├── cvm-reflective-flow.md # CVM 反思型科研工作流实战模版
│           ├── reading-card.md       # 精读卡规范
│           ├── polishing.md          # 学术润色不变量保护规范
│           └── team-templates.md     # 五阶段科研多 Agent 协作与双重门禁模版
├── test/
│   ├── arxiv-sample.xml             # 离线 Atom 样卷
│   ├── compute.test.js              # 符号计算单测
│   ├── document.test.js             # 文档解析与真实定位单测
│   ├── gateway.test.js              # 网关工具单测 (包含 read_section 与导出)
│   ├── job.test.js                  # 异步任务单测
│   ├── ledger.test.js               # 证据账本、CSL-JSON 与 RIS 导出单测
│   ├── mcp-server.test.js           # MCP JSON-RPC 2.0 协议一致性测试
│   ├── search.test.js               # arXiv / OpenAlex 解析与 3s 节流单测
│   └── test_journal_palette.py      # Python 色板单测
├── tools/
│   └── research-status.js           # 状态诊断工具实现
├── figure.js                        # Node 端色板插值与角色查询
├── gateway-document.js              # 文档解析网关内部实现
├── gateway-evidence.js              # 证据账本与章节精读公开网关
├── gateway-job.js                   # 异步任务网关内部实现
├── gateway-query.js                 # 学术检索公开网关
├── index.js                         # 插件导出入口
├── mcp-server.js                    # 标准 stdio MCP 协议服务
├── package.json                     # 模块清单
├── search.js                        # 学术文献检索、礼貌池与节流实现
├── tool-contracts.js                # 收敛的 4 大工具契约与 Schema 校验
├── HANDOFF.md                       # 综合交接文档 (写给无上下文的后续开发者)
├── THIRD_PARTY_NOTICES.md          # 第三方开源声明
├── LICENSE                          # Apache-2.0
└── README.md                        # 项目全景说明