# Meta-Code

用自然语言、MCP 或 Skill，在只读知识包里找**论文自己的代码、方法链和证据边界**。

它不执行候选仓库代码，不联网，不改 production。默认只返回论文自有代码路线（T0 / T1，加上召回层 URL-bearing T1）。第三方工具生态和“声称有代码但没有地址”的条目默认隐藏。

安装需要两件分开的东西：

1. 软件：`metacode-sci==0.1.0rc4`
2. 数据：GitHub Release 资产 `metacode-data-0.1.0rc4.zip`

运行时保持只读、不联网。软件不会自动下载数据。

## 安装（GitHub Release）

需要 Python 3.11+。从 [v0.1.0rc4](https://github.com/xiaojinlucky/metacode-sci/releases/tag/v0.1.0rc4) 下载：

- `metacode_sci-0.1.0rc4-py3-none-any.whl`
- `metacode-data-0.1.0rc4.zip`
- `SHA256SUMS.txt`

```powershell
# 1. 核对校验和（对照 SHA256SUMS.txt）
Get-FileHash .\metacode-data-0.1.0rc4.zip -Algorithm SHA256
Get-FileHash .\metacode_sci-0.1.0rc4-py3-none-any.whl -Algorithm SHA256

# 2. 解压数据。METACODE_DATA_ROOT 必须指向解压后的 bundle 根目录
#    （该目录含 BUNDLE_MANIFEST.json 和 content_packet_v1_1_1）
Expand-Archive .\metacode-data-0.1.0rc4.zip -DestinationPath .
$env:METACODE_DATA_ROOT = (Resolve-Path .\metacode-data-0.1.0rc4).Path

# 3. 安装软件
python -m pip install .\metacode_sci-0.1.0rc4-py3-none-any.whl

# 4. 体检并启动 MCP
metacode-doctor
metacode-mcp
```

PyPI 上的发行名是 `metacode-sci`。`metacode` 已被无关项目占用，禁止用那个名字安装或上传。若 Trusted Publishing 已开通：

```powershell
python -m pip install "metacode-sci==0.1.0rc4"
```

不要 `cd` 进数据包再 `python -m`；数据目录不是代码。

## MCP 配置

官方 MCP Python SDK v2 stdio 服务，入口 `metacode-mcp`：

```json
{
  "mcpServers": {
    "metacode": {
      "command": "metacode-mcp",
      "env": {
        "METACODE_DATA_ROOT": "/absolute/path/to/metacode-data-0.1.0rc4"
      }
    }
  }
}
```

五个只读工具：`knowledge_status`、`search_analysis_routes`、`open_research_case`、`trace_evidence`、`find_code`。

自然语言路由见 `skills/meta-code/SKILL.md`。Codex / Claude Code 接入见 `docs/INTEGRATION_CODEX.md` 和 `docs/INTEGRATION_CLAUDE_CODE.md`。

## 三个示例问题

1. `ovrlpy 这篇论文自己的代码在哪里？` — 应返回论文自有仓库，而不是第三方依赖。
2. `POSST macrophage` — 召回层 URL-bearing T1，`navigation_depth=RELATION_ONLY`，有代码地址但还不是 Figure/Methods 深映射。
3. `项目现在一共有多少代码仓库？` — 不会报一个假的总仓库数；会分开给出 Phase2E 55、AP209、T0+T1 182、召回 170、证据下界 352、异构 379。

## 证据层级

| 层级 | 含义 | 默认是否出现 |
|---|---|---|
| T0 | 高置信论文自有对应 | 是 |
| T1 | 静态或召回确认的论文自有位置，含待 gate | 是 |
| CLAIM_ONLY | 论文说有自定义代码，但没有公开 URL | 否，除非明确问“即使没有公开地址” |
| T2 | 第三方工具 / 存档 / benchmark | 否，除非问工具生态 |
| T3 | 未解析身份 | 仅精确点一篇论文时可见 |

`require_code=true` 或 `find_code` 会排除没有 URL 的 claim-only。352 是 paper-own-code **证据下界**，不是已经 static-gate / 可复现 / 成熟 T0+T1。379 是 209 旧 ARTICLE_PRIMARY（T0/T1/T2/T3 混合）+ 170 召回确认，不是单一同质集合。本语料不是完整顶刊库，也不是领域共识。

## 许可

- 软件：Apache-2.0
- 项目生成的注释与汇编权：CC-BY-4.0（仅限 Meta-Code 有权许可的部分）
- 第三方论文、图、全文、仓库源码：**不重新许可**

## 隐私与安全

- 只读
- 默认不联网
- 候选仓库代码执行 = 0
- 不写 production
- 公开数据包不含 PDF、clone、凭据或本机绝对路径

当前版本 `0.1.0rc4`。发行名是 `metacode-sci`。