MCP Proto-OKN サーバー

単一の Model Context Protocol (MCP) サーバーで、30以上の Proto-OKN ナレッジグラフを1つの統合インターフェースを通じて公開します。このサーバーにより、AIアシスタント（Claude、ChatGPT、GitHub Copilot など）は、グラフの発見、スキーマの調査、SPARQLによるクエリ、グラフ間の識別子のブリッジング、複数ソースからの結果の統合を、すべて自然言語の会話を通じて行うことができます。グラフは Open Knowledge Network (OKN) フェデレーションプラットフォーム上でホストされ、OKN Knowledge Graph Registry にカタログ化されています。

ベータ版: proto-okn MCP サーバーはベータ版です。フィードバックやバグ報告は issues までお寄せください。

クロスグラフデモ: SPOKE、ProKN、BioBricks、SAWGraph

ビデオ · プレゼンテーション

注: MCP URL とインストール手順が変更されました。更新された手順

特徴

• 🌐 統合アクセス — 1つのMCPサーバー、30以上のナレッジグラフ、1つのエンドポイント

• 🔎 グラフ発見 — ドメインやエンティティタイプでグラフを一覧表示・フィルタリング、または質問とのキーワード重複度でランク付け（レジストリメタデータに対する語彙的プレフィルター。最終的な選択はアシスタントが行います）

• 📐 スキーマ検査 — クエリを作成する前に、各グラフのクラス、述語、プロパティを理解

• 🧭 グラフごとのSPARQL — 自動的な FROM 句の注入により、個々のグラフをクエリ

• 🔗 クロスグラフブリッジング — 組み込みの識別子マップ（Ensembl ↔ NCBI Gene ↔ Symbol; CAS、DTXSID、InChIKey; MONDO、FIPS、NAICS、…）

• 🧬 マルチグラフクエリ — 1回の呼び出しで複数のグラフに対して異なるSPARQLを実行し、結果をマージ

• 🌳 オントロジー駆動の検索拡張 — クエリは Ubergraph を介したオントロジー階層（MONDO、UBERON、HP、GO、CL、ChEBI、…）を使用して自動的に拡張されるため、「関節炎性関節疾患」のクエリは、手動で列挙することなくそのすべてのサブタイプに一致します

• 🖼️ スキーマの可視化とトランスクリプト — 会話から直接 Mermaid クラス図とチャットトランスクリプトを生成

Related MCP server: GraphDB MCP Server

アーキテクチャ

ワークフロー例

ユーザー向け

このセクションは、MCP互換クライアント（Claude Desktop、ChatGPT、Claude Code、GitHub Copilot を搭載した VS Code Insiders など）を通じて統合サーバーを利用したい人向けです。インストールもローカル設定も不要です。サーバーはすでにホストされているため、クライアントをサーバーにポイントするだけです。

ホスト型エンドポイントURL: https://apps.okn.us/okn-mcp/mcp

クライアントの接続

Claude Desktop

1. Claude Desktop を起動 → 設定 → コネクタ → カスタムコネクタを追加

2. 名前: proto-okn、URL: https://apps.okn.us/okn-mcp/mcp

3. 設定 をクリックし、ツール権限を 常に許可 に設定

4. 新しいチャットで + をクリックし、proto-okn をオンにします。Web検索はオフにします。

スクリーンショット付きの完全なウォークスルー: Claude Desktop セットアップ。

Claude Desktop で MCP コネクタを使用するには、Claude Pro または Max のサブスクリプションが必要です。

ChatGPT

ChatGPT は、Developer mode を有効にした Web アプリ（https://chatgpt.com）でのみ MCP サービスをサポートしています。その後、設定 → アプリ → アプリを作成 で、MCP サーバー URL を https://apps.okn.us/okn-mcp/mcp に設定します。

スクリーンショット付きの完全なウォークスルー: ChatGPT セットアップ。

Claude Code

プロジェクトルートの .mcp.json（または全プロジェクト用に ~/.claude/settings.json）に追加します:

{
  "mcpServers": {
    "proto-okn": {
      "type": "url",
      "url": "https://apps.okn.us/okn-mcp/mcp"
    }
  }
}

/mcp で確認します — proto-okn が接続されているはずです。

VS Code Insiders + GitHub Copilot

VS Code Insiders は、GitHub Copilot 拡張機能を使用した Agent モードで MCP をサポートしています。同じ URL を使用します: https://apps.okn.us/okn-mcp/mcp。

プロンプト例

サーバーが接続されたら、クライアントで以下の会話型プロンプトを試してください。アシスタントが適切なグラフを選択し、SPARQL を作成し、結果を統合します。

• デフォルト: すべての Proto-OKN KG を横断してクエリ

  すべての Proto-OKN ナレッジグラフの表を生成し、「KG名」と「説明」の2列にしてください。 → 結果

• @kg-name で特定の KG をターゲット

  @spoke-genelab: このナレッジグラフの概要を、主要なエンティティ、関係、目的を含めて説明してください。

• セッションを保存

  チャットのトランスクリプトを作成してください。

  トランスクリプトは .md または .pdf としてダウンロードされ、モデル名とバージョンが含まれます。

ユースケース

ナレッジグラフの概要とクラス図

各リンクは、Proto-OKN KG の概要とクラス図を生成するためのチャットトランスクリプトを指しています。

(*) ARCH: Advancing Research Capacity in Health、NSF Proto-OKN 補助賞。

関連情報: ナレッジグラフのバージョンと更新日 — VoID 由来メタデータから取得した、各 KG のバージョンと最終更新日を示すフェデレーション全体のスナップショット。

宇宙飛行のユースケース

• 宇宙飛行ミッション (spoke-genelab)

• 宇宙飛行遺伝子発現解析 (spoke-genelab, spoke-okn)

• 文献解析を伴う宇宙飛行遺伝子発現 (spoke-genelab, spoke-okn, MCP:PubMed)

• 宇宙飛行遺伝子発現 — 疾患関連 (spoke-genelab, spoke-okn, prokn, MCP:Open Targets, MCP:PubMed)

• 宇宙飛行マイクロバイオームと病原体解析 (spoke-genelab, spoke-okn, MCP:PubMed)

生物医学のユースケース

• 米国における疾患有病率（spoke-okn）

• 疾患有病率 — 社会経済的要因の相関（spoke-okn）

• NIAIDデータ探索 — COVID-19ワクチン研究（nde）

• 糖尿病性腎症メタ分析（gene-expression-atlas-okn） — WOBDで実例として紹介

• 糖尿病性腎症の差次的発現解析（gene-expression-atlas-okn、ARCHS4）

• APOE遺伝子情報（prokn）

• タンパク質 — 希少疾患の関連（prokn、oard-kg）

• 前立腺がんバイオマーカー（biomarkerkg）

• マルファン症候群の表現型（oard-kg）

• 膵腺房細胞の細胞接着遺伝子（pankgraph）

環境ユースケース

• スーパーファンドサイトの汚染（spoke-okn）

• 飲料水中のPFOA（spoke-okn）

• PFOAに関するデータ（spoke-okn、biobricks-toxcast）

• PFAS環境健康分析（sawgraph、spoke-okn、biobricks-ice） — WOBDで実例として紹介

• PFOAの生物学的標的（biobricks-toxcast、biobricks-ice、biobricks-aopwiki、spoke-okn）

• PFOAの安全性プロファイル（biobricks-ice、biobricks-aopwiki、sawgraph、spoke-okn）

• ビスフェノールAの安全性プロファイル（biobricks-ice、biobricks-aopwiki、spoke-okn）

刑事・環境正義

• 刑事司法のパターン（scales）

• 薬物所持罪（scales）

• 環境正義（sawgraph、scales、spatialkg、spoke-okn）

• 農村部の医療アクセス（ruralkg、dreamkg、spoke-okn）

その他のユースケース

• ミシガン州洪水イベント（ufokn）

• 洪水と社会経済的要因（ufokn、spatialkg、spoke-okn）

• フィラデルフィア地域のインシデント（nikg）

• ノースダコタ州の鉱業サプライヤー（sudokn）

オントロジー駆動の検索拡張

クエリは、Ubergraphを介したオントロジー階層（MONDO、HP、GO、UBERON、ChEBIなど）を使用して自動的に拡張され、すべての下位概念が含まれます。「心血管疾患」の検索は、データがタグ付けされているすべてのサブタイプを自動的に一致させます — 手動で列挙する必要はありません。

• 心血管疾患データセット — 完全ウォークスルー（nde） — クエリ内の1つのURIが1,592の下位概念に拡張され、284の疾患サブタイプに一致する仕組みを示します

• 関節炎性関節疾患データセット（nde）

• 筋肉を調査する宇宙飛行研究（spoke-genelab）

Proto-OKN統合の機会

• クロスKG地理空間データ探索

• クロスKG化学化合物データ探索

• クロスKGバイオデータ探索（Opus 4.7）

• クロスKGバイオデータ探索（Sonnet 4.6）

クロスプラットフォームLLMベンチマーク

同じプロンプトをClaude DesktopとVS Code Insidersで複数のLLMを使用して実行した結果。

ベンチマーク（進行中） — mcp-proto-oknとSPARQLのグラウンドトゥルース評価の比較。

開発者向け

開発者ドキュメントでは、サーバーをローカルで実行する方法、コードへの貢献方法、またはコピーのホスティング方法について説明しています。

擬似コード仕様では、サーバーの動作方法について説明しています：クエリパイプライン、オントロジー拡張、識別子マッピング、および結合戦略を、実装ソースへの対応付けを含む擬似コードとして記述しています。中核となる概念と制御フローの1ページ要約はREADME-brief.mdにあります。

トラブルシューティング

MCPサーバーがClaude Desktopに表示されない

• Claude Desktopを完全に終了して再起動してください（ウィンドウを閉じるだけでは不十分です）

• ローカルインストールの場合、uvxがPATHに存在することを確認してください（which uvx）。存在しない場合は、commandに絶対パスを使用してください

接続エラー

• OKNエンドポイントに到達可能か確認してください：curl https://apps.okn.us/spoke-okn/sparql。接続されている場合は「Unknown path」が返ります

• 一部のエンドポイントにはレート制限や一時的なダウンタイムがある場合があります

遅い、またはハングするクエリ

• 複雑なSPARQLは時間がかかる場合があります。小さな部分に分割してください

• 非常に広い概念（例：「disease」）にわたるオントロジー拡張は、大量の下位概念セットをクエリに取り込むため、対象グラフに対して数分かかる場合があります。概念を絞り込むか、auto_expand_descendants=Falseを設定して正確なURIのみをクエリしてください

「Query refused: SERVICE may only address the OKN federation」

• apps.okn.usの外部を指すSERVICE句は拒否されます。その結果は、このサーバーが提供するグラフから再現できないためです

• オントロジールックアップに外部エンドポイントは不要です：オントロジーハブはフェデレーション内でGRAPH <https://purl.org/okn/frink/kg/ubergraph>として利用可能です

• ピアグラフはこれまでどおりSERVICE <https://apps.okn.us/<graph>/sparql>として到達可能です

ライセンス

このプロジェクトはBSD 3-Clause Licenseの下でライセンスされています。LICENSEを参照してください。

引用

@software{rose2025mcp-proto-okn,
  title={MCP Server Proto-OKN},
  author={Rose, P.W. and Good, B.M. and Nelson, C.A. and Saravia-Butler, A.M. and Shi, Y. and Su, A.I. and Baranzini, S.E.},
  year={2025},
  url={https://github.com/sbl-sdsc/mcp-proto-okn}
}

@software{rose2025spoke-genelab,
  title={NASA SPOKE-GeneLab Knowledge Graph},
  author={Rose, P.W. and Nelson, C.A. and Gebre, S.G. and Saravia-Butler, A.M. and Soman, K. and Grigorev, K.A. and Sanders, L.M. and Costes, S.V. and Baranzini, S.E.},
  year={2025},
  url={https://github.com/BaranziniLab/spoke_genelab}
}

ビデオとプレゼンテーション

注：MCP URLとインストール手順が変更されました。更新された手順を参照してください

• 技術レビュー
  ビデオ · プレゼンテーション

• SPOKEプロジェクトの概要
  ビデオ

• クロスグラフデモ：SPOKE、ProKN、BioBricks、SAWGrap
  ビデオ · プレゼンテーション

• SPOKE-GeneLabナレッジグラフの構築とクエリ
  ビデオ · プレゼンテーション

• 宇宙生命科学のためのナレッジグラフ
  ビデオ · プレゼンテーション · 要約

関連出版物

• Nelson, C.A., Rose, P.W., Soman, K., Sanders, L.M., Gebre, S.G., Costes, S.V., Baranzini, S.E. (2025). "Nasa Genelab-Knowledge Graph Fabric Enables Deep Biomedical Analysis of Multi-Omics Datasets." NASA Technical Reports, 20250000723. リンク

• Sanders, L., Costes, S., Soman, K., Rose, P., Nelson, C., Sawyer, A., Gebre, S., Baranzini, S. (2024). "Biomedical Knowledge Graph Capability for Space Biology Knowledge Gain." 45th COSPAR Scientific Assembly, 2024年7月13〜21日. リンク

謝辞

資金提供

• 米国国立科学財団 助成金 #2333819：「Proto-OKN Theme 1: Connecting Biomedical information on Earth and in Space via the SPOKE knowledge graph」

• 米国国立科学財団 助成金 #2535091：「Proto-OKN Theme 2: OKN-Fabric」

関連プロジェクト

• WOBD — Web of Biological Data — このMCPサーバーが属する包括プロジェクトで、テンプレート化されたクエリUIとAIアシスタントアクセスの両方に公開インターフェースを提供します。WOBDでホストされているケーススタディ（糖尿病性腎症、PFAS、テルペン生合成）は、Claudeとこのサーバーを使用して作成されました。ソース：SuLab/OKN-WOBD。

• Proto-OKNプロジェクト — プロトタイプオープンナレッジネットワーク構想

• Open Knowledge Network (OKN) — ナレッジグラフホスティングインフラストラクチャ（旧FRINK）

• OKNナレッジグラフレジストリ — 利用可能なナレッジグラフのカタログ

• Model Context Protocol — AIアシスタント統合標準

• 元のMCPサーバーSPARQL — 基本実装の参照

ご質問、問題、または貢献については、GitHubリポジトリをご覧ください。