EcoScope

EcoScope es un banco de trabajo de datos ecológicos local-first expuesto como un servidor estándar del Model Context Protocol. Permite que Codex, Claude y otros agentes MCP descubran, materialicen, consulten, visualicen, seleccionen y citen datos científicos sin poner credenciales, rutas privadas o millones de filas en el contexto del modelo.

NEON es el primer proveedor remoto integrado. Las fuentes locales tabulares, ráster, vectoriales, de nubes de puntos, de imágenes, hiperespectrales y de arrays N-dimensionales usan el mismo modelo de manifiesto, consulta, vista, selección y procedencia independiente del proveedor.

“Compara esta tesela LiDAR de NEON con su cubo hiperespectral. Muéstralas juntas, permíteme seleccionar un retorno individual o un píxel de imagen, y luego consulta el punto fuente exacto o el espectro detrás de mi selección.”

Una sesión real del navegador de EcoScope usando Rerun Web Viewer: una tesela LAS de NEON de 6,6 millones de puntos, un cubo de reflectancia de 500×500×107, procedencia inmutable y una selección verificada mapeada de vuelta a la fila fuente LAS 1.800.316.

El bucle humano-agente

scientific question
    → discover products, sites, and local assets
    → construct and approve a reproducible data plan
    → materialize immutable, checksum-verified sources
    → query and render a bounded multimodal Rerun view
    → human clicks, brushes, filters, or selects
    → EcoScope records that interaction as scientific state
    → agent queries the exact selected source data
    → export results, transformations, provenance, and citation

La visualización no es solo una imagen para que el modelo la inspeccione. EcoViewSpec es el estado de vista autoritativo y SemanticSelection es el estado de interacción autoritativo. Una grabación de Rerun es un artefacto de renderizado regenerable. Para lotes de puntos EcoScope verificados, una selección de instancia se mapea de vuelta a una fila fuente LAS/LAZ exacta; para un cubo mapeado, un clic en la imagen se mapea de vuelta al espectro fuente completo.

Related MCP server: Data Discovery Tool MCP Server

Lo que funciona en la versión alfa

• Un servidor stdio MCP 2026-07-28 normal, registrable con Codex y Claude Code.

• Descubrimiento del catálogo público de NEON más manejo reproducible de plan, aprobación, materialización en segundo plano, checksum, publicación, licencia y citación.

• Importaciones locales fuera de banda con huellas digitales en streaming e IDs de dataset opacos para el agente.

• Consultas tabulares Arrow/DataFusion, consultas espaciales ráster/vectoriales, lecturas COPC indexadas y rebanadas N-dimensionales acotadas de HDF5/NetCDF/Zarr.

• Vistas de Rerun nativas y de navegador para tablas, imágenes, GeoTIFF, vectores, LiDAR y cubos científicos mapeados.

• Selecciones humanas duraderas que se pueden convertir en consultas de origen vinculadas a la procedencia y exportarse como CSV, Parquet, COG o RO-Crate cuando corresponda.

• Subprocesos de proveedor comunitario independientes del lenguaje con un contrato JSON-RPC versionado; un colaborador de RI puede trabajar en Rust, Python, R, Go u otro lenguaje sin añadir herramientas MCP específicas del proveedor.

El soporte detallado y las advertencias están en la matriz de formatos. Los límites de diseño están documentados en arquitectura y en decisiones de implementación.

Instalar y verlo funcionar

La versión alfa incluye paquetes autocontenidos para macOS universal y Linux x86-64. No necesitas Rust, Node.js, CMake ni una instalación separada de Rerun:

curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/krnzt/ecoscope/v0.1.0-alpha.1/scripts/install.sh | sh

El instalador verifica el SHA-256 de la versión, instala en ~/.local por defecto y ejecuta ecoscope setup. Define ECOSCOPE_INSTALL_DIR para elegir otro prefijo. Si ~/.local/bin no está ya en tu PATH, añádelo antes de continuar.

Crea una demostración determinista de LiDAR + hiperespectral y ábrela en el visor de navegador Rerun incluido:

ecoscope demo synthetic

Los archivos LAS y HDF5 generados pasan por los mismos flujos de importación, manifiesto, mapeo de cubos, grabación de Rerun y consulta de selección que los datos de usuario. No se necesita red ni credenciales. También hay disponible una demostración opcional de datos didácticos oficiales de NEON (aproximadamente 224 MiB):

ecoscope demo neon --accept-download

Registro del servidor MCP normal

EcoScope se publica como io.github.krnzt/ecoscope en el MCP Registry oficial. También es un servidor stdio local normal: Codex, Claude Code y cualquier host compatible lanzan el mismo proceso ecoscope mcp y descubren sus herramientas.

ecoscope register codex
ecoscope register claude

Ambos comandos de registro son seguros de repetir y conservan una entrada EcoScope existente. Los paquetes MCPB específicos de plataforma se adjuntan a cada versión para hosts y registros que instalan paquetes MCPB.

Los comandos equivalentes del host son:

codex mcp add ecoscope -- /absolute/path/to/ecoscope mcp
claude mcp add --scope user ecoscope -- /absolute/path/to/ecoscope mcp

Configuración MCP genérica:

{
  "mcpServers": {
    "ecoscope": {
      "command": "/home/you/.local/bin/ecoscope",
      "args": ["mcp"]
    }
  }
}

Tras el registro, el host lanza EcoScope como cualquier otro servidor MCP local, negocia el protocolo, descubre sus herramientas y recibe resultados estructurados acotados en lugar de archivos científicos masivos.

Uso de archivos científicos locales

ecoscope import examples/observations.csv
ecoscope datasets
ecoscope preview ds_... --limit 20
ecoscope create-view --name "Site comparison" ds_...
ecoscope open view_...

Las rutas locales se seleccionan en la terminal, nunca se pasan como argumento MCP. El registro privado de SQLite conserva la ruta de origen; los agentes reciben un ID opaco, checksum, nombre para mostrar, metadatos científicos y procedencia. La misma ruta admite los formatos ráster, vectorial, nube de puntos, imagen y cubo de la matriz de formatos.

NEON

El descubrimiento de metadatos no requiere credenciales. La planificación exacta de archivos y las descargas usan un token de API de NEON almacenado fuera del contexto del modelo:

./target/release/ecoscope connect-neon

El prompt no muestra el token. EcoScope lo almacena en el llavero del sistema operativo y lo envía a los servicios upstream solo en la cabecera X-API-Token. Los sistemas sin interfaz gráfica pueden inyectar NEON_API_TOKEN a través de su gestor de secretos.

Datos multidimensionales

EcoScope inventaría arrays de cubos sin adivinar significados científicos ambiguos. Cuando los ejes X, Y y espectrales no son ambiguos, se infieren las convenciones comunes de reflectancia de NEON. De lo contrario, el mapeo es explícito y versionado:

./target/release/ecoscope configure-cube view_... \
  --layer-id layer_1 \
  --cube-array /SITE/Reflectance/Reflectance_Data \
  --y-axis 0 --x-axis 1 --spectral-axis 2 \
  --wavelength-dataset /SITE/Reflectance/Metadata/Spectral_Data/Wavelength \
  --red-band 14 --green-band 9 --blue-band 5

El equivalente MCP independiente del proveedor es configure_cube_view.

Proveedores comunitarios

NEON está integrado, pero la arquitectura no tiene la forma de NEON. Instala un ejecutable de proveedor independiente del lenguaje y de confianza con:

./target/release/ecoscope provider install ./my-provider.json
./target/release/ecoscope provider list

La instalación realiza un handshake de protocolo y valida la identidad del proveedor, las capacidades, los límites de respuesta y los orígenes HTTPS declarados. Los ejecutables de proveedor son código local de confianza, no plugins en sandbox, y nunca reciben valores de credenciales. Consulta el SDK de proveedor para conocer el contrato de red completo, el fixture de conformidad y el modelo de seguridad.

Limitaciones conocidas

• EcoScope es actualmente un servidor MCP stdio local; la Streamable HTTP remota y OAuth aún no están implementados.

• Los ejecutables macOS de la versión alfa no están notarizados por Apple. macOS puede requerir una aprobación explícita en el primer arranque; los checksums de las versiones siguen protegiendo la integridad de los artefactos.

• El explorador de navegador usa el renderizador WebGL de Rerun para garantizar soporte de software y CI. El Rerun nativo sigue siendo la superficie de mayor techo para escenas muy grandes.

• Rerun expone eventos de selección, pero no un protocolo de pincel universal para cada vista. Las selecciones explícitas de intervalo, mapa, ráster, espectrales y de filas usan la misma ruta record_selection/query_selection.

• GeoParquet admite consultas GeoDataFusion exactas pero aún no el registro directo de geometrías en Rerun; GeoPackage tiene actualmente inspección pero no adaptador de consulta.

• Los índices COPC derivados de EcoScope proporcionan acceso espacial a resolución completa pero aún no contienen una jerarquía multirresolución de calidad de proveedor.

• El adaptador NetCDF-3 en Rust puro acota la decodificación de variables completas porque su lector no proporciona actualmente I/O de subconjuntos.

Desarrollo

Compilar desde el código fuente requiere Rust 1.95, Node.js 22, CMake y un compilador de C/C++. Linux usa un cliente D-Bus estático incorporado para el acceso al llavero.

git clone https://github.com/krnzt/ecoscope.git
cd ecoscope
npm --prefix viewer/web-bootstrap ci
npm --prefix viewer/web-bootstrap run build
cargo build --release
./target/release/ecoscope setup

Ejecuta la suite de validación completa con:

cargo fmt --check
cargo clippy --workspace --all-targets -- -D warnings
cargo test --workspace
npm --prefix viewer/web-bootstrap run check
npm --prefix viewer/web-bootstrap run build
npm --prefix viewer/web-bootstrap exec -- playwright install chromium
npm --prefix viewer/web-bootstrap run test:e2e
npm --prefix viewer/web-bootstrap audit --omit=dev

Una prueba de integración opcional ejercita subconjuntos didácticos publicados de NEON: una tesela LAS de 6.609.829 puntos y un cubo de reflectancia HDF5 de 500×500×107.

curl -fL -o /tmp/neon-point-cloud.las https://ndownloader.figshare.com/files/7024955
curl -fL -o /tmp/neon-hyperspectral.h5 https://ndownloader.figshare.com/files/21754221
NEON_POINT_CLOUD_FIXTURE=/tmp/neon-point-cloud.las \
NEON_HYPERSPECTRAL_FIXTURE=/tmp/neon-hyperspectral.h5 \
cargo test -p ecoscope-rerun --test official_neon_fixtures -- --ignored

Compila los artefactos MCPB y de archivo locales después de las compilaciones de Rust y del navegador con scripts/package-release.sh target/release/ecoscope dist macos-arm64 darwin (sustituye linux-x86_64 linux en Linux). El flujo de trabajo de etiquetas compila y combina ambas arquitecturas de macOS, verifica el enlazado de Linux, publica los activos de versión con checksums y envía el server.json generado usando GitHub OIDC.

Estado del proyecto

EcoScope es una versión alfa pública temprana. El modelo de datos científicos, el contrato de proveedor y el límite de Rerun están diseñados para su extensión, pero las API y el empaquetado pueden cambiar aún antes de la primera versión estable.

Se aceptan contribuciones de investigadores ecológicos, custodios de datos, equipos de infraestructura de investigación, desarrolladores de visualización y expertos en formatos científicos. Las buenas primeras colaboraciones incluyen fixtures de metadatos representativos, adaptadores de formato, semántica de selección, accesibilidad y demostraciones ecológicas reproducibles. Lee CONTRIBUTING.md y abre un issue antes de comenzar un cambio grande de proveedor o visor.

EcoScope tiene licencia MIT. Rerun se utiliza bajo su licencia MIT/Apache-2.0; los paquetes compilados conservan los avisos requeridos en THIRD_PARTY_NOTICES.md.