pip install fastmcp ase numpy psutil

git clone <repository-url>
cd abacus-mcp-server

pip install -r requirements.txt

abacus --version

mkdir pseudos
# 把赝势文件放到pseudos目录

python src/server.py

{
  "mcpServers": {
    "abacus-mcp-server": {
      "command": "python",
      "args": ["/path/to/abacus-mcp-server/src/server.py"],
      "env": {"PYTHONPATH": "/path/to/abacus-mcp-server"}
    }
  }
}

我想对硅晶体进行SCF计算，请帮我设置参数。

我有个钙钛矿结构需要优化几何并计算带隙。

计算石墨烯沿Γ-M-K-Γ路径的能带结构。

我的ABACUS计算不收敛，SCF一直振荡，帮我看看。

计算硅晶体的能带结构，晶格常数5.43 Å，沿Γ-X-L-Γ路径。

优化BaTiO3几何结构并计算电子性质。

我的MoS2计算不收敛，SCF在-150.5和-150.8 Ry间振荡，用的ecutwfc=80 Ry。

用PyABACUS分析原子轨道重叠，需要LCAO计算和重叠矩阵。

# 使用create_structure工具创建原子结构
structure = create_structure(
    formula_or_data="Si2",
    input_format="formula",
    crystalstructure="diamond",
    a=5.43
)

# 验证计算参数
validation = validate_input(
    input_params={
        "ecutwfc": 100,
        "scf_thr": 1e-6,
        "basis_type": "pw"
    },
    structure_dict=structure["data"]
)

# 执行SCF计算
scf_result = run_scf(
    structure_dict=structure["data"],
    input_params={
        "ecutwfc": 100,
        "scf_thr": 1e-6
    },
    kpoints_definition={
        "mode": "Monkhorst-Pack",
        "size": [4, 4, 4]
    },
    pseudo_potential_map={"Si": "Si.UPF"}
)

# 查看计算结果和建议
print(scf_result["data"]["interpretation"])
print(scf_result["data"]["recommendations"])

export ABACUS_COMMAND="/path/to/abacus"
export PSEUDO_DIR="/path/to/pseudos"
export ABACUS_WORK_DIR="/path/to/calculations"

{
  "abacus_command": "abacus",
  "pseudo_base_path": "./pseudos",
  "work_directory": "./calculations"
}

which abacus
abacus --version

ls -la pseudos/

export LOG_LEVEL="DEBUG"
python src/server.py

git clone https://github.com/deepmodeling/abacus-develop.git
cd abacus-develop/python
pip install .

import pyabacus as m
s = m.ModuleBase.Sphbes()
result = s.sphbesj(1, 0.0)