Click on "Deploy Server".
Wait a few minutes for the server to deploy. Once ready, it will show a "Started" state.
In the chat, type @ followed by the MCP server name and your instructions, e.g., "@gephi-3d Generate a 60-node, 3-community network, run 3D layout, and focus node 12."
That's it! The server will respond to your query, and you can continue using it as needed.
Here is a step-by-step guide with screenshots.
v0.1.0-alpha · Windows · Gephi 0.11.3
在 Gephi 内旋转、分层和探索三维网络，也可让 Codex 用中文控制同一个视图。此仓库包含 Gephi 插件、独立 MCP 服务和 gephi-3d Skill，三者配合使用。
English: An experimental dockable 3D network explorer for Gephi 0.11.3 on Windows, controlled through mouse interaction or Codex MCP tools. Includes a Gephi module, a Python MCP bridge and an Agent Skill. This is an Alpha release; the example network is synthetic. See English quick start.
Gephi 0.11.3 Windows 版。
Python 3.12；安装时包含 Python Launcher。
已安装 Codex。此插件本身不需要 OpenAI API Key；Codex 按其自身登录和使用规则运行。
普通使用优先使用 Gephi 自带 Java 17，无需另装 JDK 或 Maven。只有重新编译源码才需要 JDK 17。
下载后请先把整个 ZIP 解压到准备长期保留的位置。不要在压缩包内部启动；安装后移动目录需要重新建立 Python 环境并更新 MCP 路径。
Related MCP server: code-grapher
在解压目录中打开 PowerShell，先预览：
py -3.12 scripts/setup.py --install-skill --configure-codex --dry-run确认后安装：
py -3.12 scripts/setup.py --install-skill --configure-codex安装会建立本项目的 .venv、安装依赖、安装个人技能并新增 gephi-3d MCP 配置。已有同名但内容不同的技能或连接会报告冲突，不会直接覆盖。修改配置前会备份到 Codex 用户目录的 backups 中，其他配置保留。
Gephi 不在默认位置时指定安装目录；目录应包含 gephi 和 platform 子目录：
py -3.12 scripts/setup.py --gephi "D:\Apps\Gephi-0.11.3" --install-skill --configure-codex也可设置 GEPHI_HOME。只准备运行环境、不修改个人 Codex：运行不带 --install-skill --configure-codex 的安装命令。
安装成功后重新打开 Codex。Skill 的安装与 MCP/Gephi 的安装是不同步骤；仅从 GitHub 安装 Skill 不能获得完整运行环境。Codex 技能 · MCP 配置
双击根目录 Start-Gephi-3D.cmd。启动程序会从附带的 NBM 中安装本模块到独立配置，并打开真正的 Gephi。原来的 Gephi 配置不变。
默认本地服务为 127.0.0.1:8184，运行数据和日志在 %LOCALAPPDATA%\Gephi3DExplorer。同一实例已运行时复用其窗口；端口被其他实例占用时报告冲突，不关闭其他进程。正常关闭 Gephi 窗口即可退出。
如面板未显示，进入 窗口 → 3D Explorer · 三维探索。
鼠标 | 行为 |
左键拖动 | 旋转 |
右键或中键拖动 | 平移 |
滚轮 | 缩放 |
点击 / Ctrl 点击 | 单选 / 增减选区 |
双击节点 | 聚焦 |
Shift 拖动 | 按屏幕矩形框选；Ctrl 可追加 |
悬停 | 查看节点简要属性 |
在 Codex 中输入：
使用 gephi-3d，生成一个 60 节点、3 社区的合成网络，按社区配色并运行三维布局。找到节点 12，聚焦它，高亮两阶邻居；把社区分层，保存观察视角。
也可以直接点击面板的“生成示例网络”和“三维布局”。已有 GEXF 使用 Gephi 菜单导入，随后点击“读取当前图”。示例与数据格式
向 Codex 明确指定可写文件夹的完整路径。保存 .gephi 以保留网络、三维坐标、相机和书签；导出默认 6000×4000 PNG，也可生成嵌入该图和中文说明的 PDF。导出附带场景 JSON。
现有文件不会被覆盖，请使用新文件名。目录权限失败时应选择可写位置或自行授权；管理员安装目录不适合作为结果目录。
三维坐标与 Gephi 原来的二维坐标分开保存。原有 Gephi-AI 若连接另一个实例，不能用它保存或修改当前三维实例中的图。
这是可运行原型，尚缺方向箭头、完整筛选面板、层隐藏控件、任意属性配色和完整论文图例编辑；当前以 MCP 完成筛选与部分样式调整。框选暂不显示拖拽矩形，标签数量有限。无时间动画、SVG 或三轴拖拽编辑，JSON 快照暂不能导回。
只验证 Windows＋Gephi 0.11.3。9,000 节点 / 36,000 边曾在 Intel 集成显卡、1920×1080 短时离屏旋转中约为 62 FPS；这不是持续交互性能承诺，也未验证独立显卡。保存恢复、布局取消、数据转换和工具调用的记录见 验收说明。
开发、测试与构建 · 版本说明 · 第三方组件 · MIT 许可证
仓库不附带 Gephi、JDK、Python 安装程序或任何本机访问 token。release-files.json 是发布文件清单，打包脚本只读取清单内文件。
This server cannot be deployed
Use your Mac, Windows or Linux computer from ChatGPT, Claude or Codex: files, commands, documents.
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Knowledge graph ingestion, entity search, ontology analysis, and CoSync scoring.
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