gemscli/
├── gems_cli/                    # Python 包
│   ├── engine.py                # GemsEngine 核心封装 + GemsExplorer
│   ├── cli.py                   # CLI 入口 (gems-cli)
│   ├── mcp_server.py            # MCP Server (gems-mcp)，4 个工具
│   ├── utils.py                 # 单位转换、路径解析
│   └── templates/               # JSON 模拟模板
├── data/systems/                # 7 个预导出的 GEMS3K 热力学系统
├── examples/                    # 使用示例 + 论文复现脚本
├── docs/                        # 技术文档
├── GEMS3.11.2/                  # GEM-Selektor 分发包（二进制 + 数据库）
└── pyproject.toml

conda config --add channels conda-forge
conda create -n gems python=3.11 -y
conda activate gems
conda install xgems -y
pip install mcp                    # MCP Server 依赖
pip install -e .                   # 开发模式安装

# 列出可用系统
gems-cli --list-systems

# 查看系统元数据
gems-cli --system-info calcite

# 运行平衡计算（内联参数）
gems-cli --system calcite --T 25 --P 1 \
  --bulk-composition '{"Ca":0.01,"C":0.01,"H":111,"O":55.5}'

# 运行平衡计算（JSON 文件）
gems-cli --input gems_cli/templates/aragonite_calcite.json

gems-mcp                                    # stdio 模式（默认）
gems-mcp --transport sse --port 8765        # SSE 模式