eim-scoping-mcp

Serveur MCP et application web locale pour mener une scoping review de façon traçable : recherche bibliographique, déduplication, tri à l'aveugle avec recommandations d'une IA, diagramme de flux, exports.

Le premier protocole fourni porte sur les erreurs innées du métabolisme (EIM) en Afrique. Le protocole est un fichier JSON : on peut l'adapter à un autre sujet sans toucher au code.

English summary: an MCP server and a local web app for running a traceable scoping review (PubMed and Europe PMC search, deduplication, blind screening with AI recommendations kept separate from human decisions, flow-diagram counts, CSV/RIS export). The bundled protocol covers inborn errors of metabolism in Africa. The interface and documentation are in French for now.

État : prototype de recherche. Les recommandations de l'IA ne sont jamais des décisions : seules les décisions humaines entrent dans le diagramme de flux. Le protocole protocol-v2.json est une proposition non encore enregistrée ni relue par un spécialiste de l'information.

Installation

Python 3.10 ou plus récent.

git clone https://github.com/Jdk30/eim-scoping-mcp.git
cd eim-scoping-mcp
pip install -r requirements.txt

Aucune clé d'API n'est nécessaire.

Related MCP server: citlens-agent

Application web

python webapp.py

Puis ouvrir http://127.0.0.1:8765. L'application propose :

• un tableau de bord avec le diagramme de flux et les recherches exécutées ;

• le tri référence par référence (raccourcis I inclure, U incertain, E exclure, N suivante) ;

• la liste des références, filtrable ;

• l'accord entre vos décisions et les recommandations de l'IA (rappel, kappa de Cohen) ;

• le protocole et les exports CSV et RIS.

Le tri se fait à l'aveugle : la recommandation de l'IA ne s'affiche qu'après votre décision.

L'application n'écoute que sur la machine locale et n'a pas d'authentification. Ne l'exposez pas telle quelle sur Internet.

Serveur MCP

Avec Claude Code :

claude mcp add eim-scoping -- python "/chemin/vers/eim-scoping-mcp/server.py"

Avec Claude Desktop, dans claude_desktop_config.json :

{
  "mcpServers": {
    "eim-scoping": {
      "command": "python",
      "args": ["/chemin/vers/eim-scoping-mcp/server.py"]
    }
  }
}

Ressource : protocol://eim-afrique.

Premier usage

1. Demander à l'assistant connecté au serveur MCP d'exécuter run_search sur pubmed puis europepmc, puis deduplicate.

2. Lancer l'application web et trier.

Protocoles

• protocol-v2.json (0.2, amélioré) : actif par défaut.

• protocol.json (0.1) : transcription fidèle du protocole d'origine. Pour l'utiliser, définir la variable d'environnement EIM_PROTOCOL=protocol.json.

Chaque version écrit dans son propre dossier, pour ne jamais mélanger les résultats.

Données

Par défaut dans data/<version du protocole>/ : review.db (SQLite), raw/ (réponses brutes des API), exports/. La variable d'environnement EIM_DATA_DIR permet de les placer ailleurs.

Le dossier data/ n'est pas versionné : il contient les résumés des articles, soumis au droit d'auteur de leurs éditeurs, et vos décisions de tri. Chaque utilisateur reconstitue sa base en relançant les recherches.

Limites connues

• Seules PubMed/MEDLINE et Europe PMC sont automatisées. Les autres sources (AJOL, African Index Medicus, Google Scholar, bases sous licence) passent par import_records.

• Un seul relecteur à la fois ; pas encore d'arbitrage entre deux relecteurs.

• Pas encore d'extraction de données.

• Les chapitres de livres indexés dans PubMed ne sont pas récupérés.

Licence

Code sous licence MIT (voir LICENSE).