PubTator MCP サーバー
🔍 PubTator3 に基づく生物医学文献の注釈および関係マイニング サーバー。MCP インターフェイスを介して便利なアクセスを提供します。
PubTator MCPサーバーは、モデルコンテキストプロトコル（MCP）を介してAIアシスタントにPubTator3生物医学文献アノテーションシステムへのアクセスを提供します。これにより、AIモデルはプログラムによって科学文献を検索し、アノテーション情報を取得し、エンティティ関係を分析できるようになります。
🤝 貢献する • 📝 問題を報告する
✨ コア機能
🔎 文献注釈のエクスポート: PubTator 注釈の結果を複数の形式でエクスポートできるようになりました ✅
🚀 エンティティID検索: フリーテキストで生物学概念の標準識別子を検索 ✅
📊 関係性マイニング: エンティティ間の生物医学的関係性を発見する ✅
📄 文献検索: キーワードとエンティティIDによる文献検索をサポートします ✅
🧠 バッチ処理: 検索結果からの注釈情報のバッチエクスポートをサポート ✅
Related MCP server: PubMed MCP Server
🚀 クイックスタート
要件
Python 3.10以上
FastMCPライブラリ
インストール
スミザリー経由
Smitheryを使用して PubTator Server を自動的にインストールします。
クロード
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client claude --config "{}"カーソル
設定 → カーソル設定 → MCP → 新しいサーバーの追加を貼り付けます。
Mac/Linux
npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client cursor --config "{}" ウィンドサーフィン
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client windsurf --config "{}"Cライン
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client cline --config "{}"手動インストール
リポジトリをクローンします。
git clone https://github.com/JackKuo666/PubTator-MCP-Server.git cd PubTator-MCP-Server依存関係をインストールします:
pip install -r requirements.txt
📊 使用方法
サーバーを直接実行する
MCP サーバーを起動します。
python pubtator_server.pyサーバーはstdioとTCPの両方のトランスポートをサポートするようになりました。デフォルトではTCPトランスポートを使用します。以下の環境変数を設定できます。
MCP_TRANSPORT: TCPトランスポートの場合は「tcp」、stdioトランスポートの場合は「stdio」に設定します（デフォルトは「tcp」です）MCP_HOST: バインドするホスト（デフォルトは「0.0.0.0」）MCP_PORT: リッスンするポート（デフォルトは8080）
カスタム設定でサーバーを起動する例:
MCP_TRANSPORT=tcp MCP_HOST=127.0.0.1 MCP_PORT=8888 python pubtator_server.pyサーバーは遅延初期化と適切なエラー処理を実装しています。シャットダウンシグナル（SIGINTおよびSIGTERM）を適切に処理し、起動時または操作中に発生したエラーをすべてログに記録します。
Dockerの使用
簡単にデプロイできるよう、Dockerfileを提供しています。Dockerコンテナを使用するには、以下の手順に従ってください。
Docker イメージをビルドします。
docker build -t pubtator-mcp-server .Docker コンテナを実行します。
docker run -p 8080:8080 pubtator-mcp-server
これにより、Docker コンテナ内で PubTator MCP サーバーが起動し、ポート 8080 で公開されます。
トラブルシューティング
サーバーの起動中に問題が発生した場合:
コンソール出力でエラー メッセージを確認します。
必要な依存関係がすべてインストールされていることを確認します (要件セクションを参照)。
環境変数が正しく設定されていることを確認します。
サーバーの起動に失敗した場合は、詳細度を上げて実行してみてください。
python -v pubtator_server.pyこれにより、問題の原因を特定するために役立つ、より詳細なログ情報が提供されます。
Docker を使用する場合、次のコマンドでログを確認できます。
docker logs <container_id>構成
クロードデスクトップ構成
claude_desktop_config.jsonに追加:
（Mac OS）
{
"mcpServers": {
"pubtator": {
"command": "python",
"args": ["-m", "pubtator-mcp-server"]
}
}
}（ウィンドウズ）
{
"mcpServers": {
"pubtator": {
"command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
"args": [
"D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubTator-MCP-Server\\pubtator_server.py"
],
"env": {},
"disabled": false,
"autoApprove": []
}
}
}CLine構成
{
"mcpServers": {
"pubtator": {
"command": "bash",
"args": [
"-c",
"source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubtator/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubtator_server.py"
],
"env": {
"MCP_TRANSPORT": "stdio"
},
"disabled": false,
"autoApprove": []
}
}
}TCP トランスポートを使用するには、次のように構成を変更します。
{
"mcpServers": {
"pubtator": {
"command": "bash",
"args": [
"-c",
"source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubtator/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubtator_server.py"
],
"env": {
"MCP_TRANSPORT": "tcp",
"MCP_HOST": "127.0.0.1",
"MCP_PORT": "8888"
},
"disabled": false,
"autoApprove": []
}
}
}🛠 API 機能
PubTator MCP サーバーは、次のコア機能を提供します。
1. 出版物のエクスポート (export_publications)
指定された PMID 文献の PubTator 注釈結果をエクスポートします。
result = await export_publications(
ids=["32133824", "34170578"],
id_type="pmid",
format="biocjson", # Supported: pubtator, biocxml, biocjson
full_text=False # Whether to include full text
)2. エンティティID検索（find_entity_id）
自由テキストを通じて生物学概念の標準識別子を照会します。
result = await find_entity_id(
query="COVID-19",
concept="disease", # Optional: gene, disease, chemical, species, mutation
limit=5 # Optional: limit number of results
)3. 関係クエリ（find_related_entities）
指定したエンティティに関連する他のエンティティを検索します。
result = await find_related_entities(
entity_id="@DISEASE_COVID_19",
relation_type="treat", # Optional: treat, cause, interact, etc.
target_entity_type="chemical", # Optional: gene, disease, chemical
max_results=5 # Optional: limit number of results
)4. 文献検索（search_pubtator）
PubTator データベースを検索:
results = await search_pubtator(
query="COVID-19",
max_pages=1 # Optional: maximum number of pages to retrieve
)5. バッチエクスポート（batch_export_from_search）
文献注釈の検索と一括エクスポート:
results = await batch_export_from_search(
query="COVID-19",
format="biocjson",
max_pages=1,
full_text=False,
batch_size=5
)注: 実際の関数呼び出しは実装によって異なる場合があります。これらの例は最近のテストに基づいており、実際のAPIに合わせて調整する必要がある場合があります。
⚠️ 使用制限
API リクエストレート制限: 1 秒あたり最大 3 リクエスト
バッチエクスポートの場合は、リクエストのタイムアウトを回避するために適切なbatch_sizeを使用してください。
関係クエリの場合、エンティティ ID は「@」で始まる必要があります（例：「@DISEASE_COVID-19」）。
📄 ライセンス
このプロジェクトは MIT ライセンスに基づいてライセンスされています。
⚠️免責事項
このツールは研究目的のみにご使用ください。PubTatorの利用規約を遵守し、責任を持ってご利用ください。