🔍 PubTator3 に基づく生物医学文献の注釈および関係マイニング サーバー。MCP インターフェイスを介して便利なアクセスを提供します。
PubTator MCPサーバーは、モデルコンテキストプロトコル（MCP）を介してAIアシスタントにPubTator3生物医学文献アノテーションシステムへのアクセスを提供します。これにより、AIモデルはプログラムによって科学文献を検索し、アノテーション情報を取得し、エンティティ関係を分析できるようになります。
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🔎 文献注釈のエクスポート: PubTator 注釈の結果を複数の形式でエクスポートできるようになりました ✅
🚀 エンティティID検索: フリーテキストで生物学概念の標準識別子を検索 ✅
📊 関係性マイニング: エンティティ間の生物医学的関係性を発見する ✅
📄 文献検索: キーワードとエンティティIDによる文献検索をサポートします ✅
🧠 バッチ処理: 検索結果からの注釈情報のバッチエクスポートをサポート ✅
Related MCP server: mcp-pubmed
Python 3.10以上
FastMCPライブラリ
Smitheryを使用して PubTator Server を自動的にインストールします。
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client claude --config "{}"設定 → カーソル設定 → MCP → 新しいサーバーの追加を貼り付けます。
Mac/Linux
npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client cursor --config "{}" npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client windsurf --config "{}"npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client cline --config "{}"リポジトリをクローンします。
git clone https://github.com/JackKuo666/PubTator-MCP-Server.git
cd PubTator-MCP-Server依存関係をインストールします:
pip install -r requirements.txtMCP サーバーを起動します。
python pubtator_server.pyサーバーはstdioとTCPの両方のトランスポートをサポートするようになりました。デフォルトではTCPトランスポートを使用します。以下の環境変数を設定できます。
MCP_TRANSPORT : TCPトランスポートの場合は「tcp」、stdioトランスポートの場合は「stdio」に設定します（デフォルトは「tcp」です）
MCP_HOST : バインドするホスト（デフォルトは「0.0.0.0」）
MCP_PORT : リッスンするポート（デフォルトは8080）
カスタム設定でサーバーを起動する例:
MCP_TRANSPORT=tcp MCP_HOST=127.0.0.1 MCP_PORT=8888 python pubtator_server.pyサーバーは遅延初期化と適切なエラー処理を実装しています。シャットダウンシグナル（SIGINTおよびSIGTERM）を適切に処理し、起動時または操作中に発生したエラーをすべてログに記録します。
簡単にデプロイできるよう、Dockerfileを提供しています。Dockerコンテナを使用するには、以下の手順に従ってください。
Docker イメージをビルドします。
docker build -t pubtator-mcp-server .Docker コンテナを実行します。
docker run -p 8080:8080 pubtator-mcp-serverこれにより、Docker コンテナ内で PubTator MCP サーバーが起動し、ポート 8080 で公開されます。
サーバーの起動中に問題が発生した場合:
コンソール出力でエラー メッセージを確認します。
必要な依存関係がすべてインストールされていることを確認します (要件セクションを参照)。
環境変数が正しく設定されていることを確認します。
サーバーの起動に失敗した場合は、詳細度を上げて実行してみてください。
python -v pubtator_server.pyこれにより、問題の原因を特定するために役立つ、より詳細なログ情報が提供されます。
Docker を使用する場合、次のコマンドでログを確認できます。
docker logs <container_id>claude_desktop_config.jsonに追加:
（Mac OS）
{
"mcpServers": {
"pubtator": {
"command": "python",
"args": ["-m", "pubtator-mcp-server"]
}
}
}（ウィンドウズ）
{
"mcpServers": {
"pubtator": {
"command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
"args": [
"D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubTator-MCP-Server\\pubtator_server.py"
],
"env": {},
"disabled": false,
"autoApprove": []
}
}
}{
"mcpServers": {
"pubtator": {
"command": "bash",
"args": [
"-c",
"source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubtator/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubtator_server.py"
],
"env": {
"MCP_TRANSPORT": "stdio"
},
"disabled": false,
"autoApprove": []
}
}
}TCP トランスポートを使用するには、次のように構成を変更します。
{
"mcpServers": {
"pubtator": {
"command": "bash",
"args": [
"-c",
"source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubtator/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubtator_server.py"
],
"env": {
"MCP_TRANSPORT": "tcp",
"MCP_HOST": "127.0.0.1",
"MCP_PORT": "8888"
},
"disabled": false,
"autoApprove": []
}
}
}PubTator MCP サーバーは、次のコア機能を提供します。
指定された PMID 文献の PubTator 注釈結果をエクスポートします。
result = await export_publications(
ids=["32133824", "34170578"],
id_type="pmid",
format="biocjson", # Supported: pubtator, biocxml, biocjson
full_text=False # Whether to include full text
)自由テキストを通じて生物学概念の標準識別子を照会します。
result = await find_entity_id(
query="COVID-19",
concept="disease", # Optional: gene, disease, chemical, species, mutation
limit=5 # Optional: limit number of results
)指定したエンティティに関連する他のエンティティを検索します。
result = await find_related_entities(
entity_id="@DISEASE_COVID_19",
relation_type="treat", # Optional: treat, cause, interact, etc.
target_entity_type="chemical", # Optional: gene, disease, chemical
max_results=5 # Optional: limit number of results
)PubTator データベースを検索:
results = await search_pubtator(
query="COVID-19",
max_pages=1 # Optional: maximum number of pages to retrieve
)文献注釈の検索と一括エクスポート:
results = await batch_export_from_search(
query="COVID-19",
format="biocjson",
max_pages=1,
full_text=False,
batch_size=5
)注: 実際の関数呼び出しは実装によって異なる場合があります。これらの例は最近のテストに基づいており、実際のAPIに合わせて調整する必要がある場合があります。
API リクエストレート制限: 1 秒あたり最大 3 リクエスト
バッチエクスポートの場合は、リクエストのタイムアウトを回避するために適切なbatch_sizeを使用してください。
関係クエリの場合、エンティティ ID は「@」で始まる必要があります（例：「@DISEASE_COVID-19」）。
このプロジェクトは MIT ライセンスに基づいてライセンスされています。
このツールは研究目的のみにご使用ください。PubTatorの利用規約を遵守し、責任を持ってご利用ください。
This server cannot be installed
Unclaimed servers have limited discoverability.
If you are the server author, to access and configure the admin panel.
Auditable MCP server for PubMed, Europe PMC, ClinicalTrials.gov, and bioRxiv/medRxiv queries
MCP gateway federating 21 biomedical MCP servers behind one endpoint: gnomAD, ClinVar, HPO, VEP.
PubMed MCP — wraps the NCBI E-utilities API (biomedical literature, free, no auth)
We provide all the information about MCP servers via our MCP API.
curl -X GET 'https://glama.ai/api/mcp/v1/servers/JackKuo666/PubTator-MCP-Server'
If you have feedback or need assistance with the MCP directory API, please join our Discord server