This server is a minimal Zotero MCP bridge for finding academic papers, downloading full-text PDFs/XML through a multi-tier fallback cascade, and importing them into Zotero.
Search Zotero library by keyword, title fragment, or DOI, optionally limited to a collection
Discover papers across academic sources (OpenAlex, arXiv, Crossref, Semantic Scholar, Europe PMC, ADS, DOAJ, OpenAIRE) with configurable source subsets
Download papers via a 9-level waterfall: cache → Elsevier XML → Springer OA XML → Unpaywall → arXiv → Semantic Scholar → CORE → OpenAlex → optional Sci-Hub; structured failure with landing page and manual guidance
Import papers into Zotero as items with linked local PDF/XML attachments and optional collection assignment (reuses existing DOI entries)
List and create Zotero collections (with optional item counts)
Operates in local read-only mode or full read/write Web API mode depending on credentials
Enables paper discovery and direct PDF downloads from the arXiv preprint repository as part of the multi-source search and download waterfall.
Supports paper discovery and metadata lookup through NASA ADS (Astrophysics Data System) for astronomy, astrophysics, and space science queries.
Provides tools for searching a Zotero library, discovering papers, downloading PDFs, importing items with attachments, and managing collections within Zotero.
Click on "Deploy Server".
Wait a few minutes for the server to deploy. Once ready, it will show a "Started" state.
In the chat, type @ followed by the MCP server name and your instructions, e.g., "@zotero-brain-slim find papers on retrieval-augmented generation and add them to my Zotero"
That's it! The server will respond to your query, and you can continue using it as needed.
Here is a step-by-step guide with screenshots.
Minimal Zotero MCP server（stdio）：库检索、十源论文发现、全文证据语义检索（Sciverse）、多级全文获取瀑布（OA PDF / 出版社订阅 XML）、Zotero 导入。 不做解析与向量化——只负责「找到、下载、入库」。
工具 | 说明 |
| 检索 Zotero 库（关键词/标题/DOI） |
| 【事实问答首选】Sciverse 语义检索全文证据片段（OpenDataLab，4.5 亿记录 + 3000 万 AI-Ready 全文；返回可引用的原文 chunk + doc_id/偏移/页码， |
| 十源搜索（综合 5 + 分域 5），附在库标记 |
| 9 级双格式瀑布全文获取（XML 趟优先、PDF 趟补档）：缓存（任一格式命中即短路）→ XML 趟 Elsevier（订阅 XML，需 key）→ Springer（OA JATS XML，需 key）→ PDF 趟 Unpaywall → arXiv → S2 → CORE → OpenAlex → Sci-Hub（默认关闭；XML 已命中时 PDF 补档趟剔除该级）；全败返回结构化 |
| 建条目 + linked_file 附件（PDF/XML 均留本地）+ 入 Collection |
| 列 Collection（可选带条目数） |
| 创建 Collection（同名复用） |
先分流：日常问答 / 基于事实与原文证据的作答 → search_sciverse_evidence（直接拿全文证据片段）；发现文献 / 下载导入 → discover_papers（只回元数据/摘要）。
discover_papers 的 sources 参数按提问方向只选 2-3 个相关源，避免十源全量轮询：
提问方向 | 建议源 |
综合 / 材料 / 工程 / 计算机 |
|
电子 / 电气 / 计算机 · IEEE 系 |
|
物理 / 数学 预印本 |
|
天文 · 天体物理 · 空间科学 |
|
生物医学 · 生命科学 |
|
开放获取全文 |
|
欧盟项目 / 数据集关联 |
|
不传 sources 默认 sciverse/openalex/arxiv/crossref/semantic_scholar 五综合源（sciverse 未配 token 时自动降级跳过）。
Related MCP server: zotero-mcp
变量 | 必填 | 说明 |
| 否 |
|
| auto/web 模式需要 | Zotero Web API 凭据（本地模式可免） |
| 否 |
|
| 否 | 兼容旧配置： |
| 否 | Unpaywall 认证邮箱（unpaywall.org 免注册，填真实邮箱即可）。默认占位值（ |
| 否 | OpenAlex key（openalex.org 注册即得；不配走 mailto 礼貌池也能用） |
| 否 | CORE 下载级：core.ac.uk access API 申请（Academic key 免费；30 天轮换，到期 dashboard 点 Renew） |
| 否 | Elsevier ScienceDirect 全文 XML 级（级 7）：dev.elsevier.com 自助注册（TDM click-through）。个人 key 不进仓库不分发；机构订阅按来源 IP 判定——校园网 / 机构 VPN 环境下带机构权限可取订阅内容，无权限时该级优雅跳过（提示接入机构网络），不阻塞后续级 |
| 否 | Springer Nature OA 全文 XML 级（JATS，瀑布 XML 趟主力）：dev.springernature.com 自助申请（免费 key 即取 OA 全文，无订阅/IP 限制） |
| 否 | IEEE Xplore 检索源（十源之一，元数据级）：developer.ieee.org 申请（即时发 key，可能 waiting 审批 1-2 天） |
| 否 | NASA ADS 源（天文/天体物理）；免费申请 |
| 否 | Sciverse 证据检索与检索源（ |
| 否 | Sci-Hub 级开关（默认关闭；设 |
| 否 | 应用级 HTTP 代理（如 |
也支持同目录 .env 文件（本地调试用）。
Zotero 桌面端保持运行，并开启本地 API 开关（见下方「本地模式前置条件」）；
在 Better SageRead：AI 中心 → MCP 服务器 → 添加服务器，按下表填写：
表单字段 | 填什么 |
类型 | stdio（「请求头」是 HTTP 型服务器的字段，stdio 不需要也不会显示） |
名称 |
|
命令 |
|
参数（每行一个） |
|
环境变量 | 此步可全空 |
保存后卡片转绿即通。本地模式可搜库/查重/九源检索；写入类操作（导入条目、建 Collection）需要 Zotero Web key（zotero.org/settings/keys 创建，env 填 ZOTERO_USER_ID + ZOTERO_API_KEY）。
本地开发运行（不走 uvx 拉远端）：命令填 uv，参数三行 --directory ／ F:\...\zotero-brain-slim（仓库绝对路径）／ run mcp_server.py。
key | 申请入口 | 用途 | 备注 |
| SN OA 全文 JATS XML（双格式瀑布 XML 趟主力） | 自助即时；免费 key 即取 OA 全文 | |
| ScienceDirect 全文 XML（订阅刊） | 自助即时；订阅全文按来源 IP 判机构权限（校园网/VPN 才放行，元数据与 OA 不受限） | |
| IEEE 检索源（元数据级） | 审批可能 waiting 1-2 天 | |
| CORE OA 下载级 | 30 天轮换，到期点 Renew | |
| OpenAlex 检索/下载级 | 不配也能用（mailto 礼貌池） | |
| 无需申请 | Unpaywall 下载级 | env 填真实邮箱即可（占位值=该级静默失效） |
| 天文/天体物理检索源 | 免费即时 | |
| sciverse.space 控制台 | Sciverse 全文证据检索（问答首选）+ 综合检索源 | 免费 starter quota，超额 429 |
申请到的 key 逐条填进上一步表单的「环境变量」（或 .env 文件）。一个都不配也成立——瀑布只是少了对应级，OA 链路照常工作。
所有 key 均无 IP 锁，在哪都能调；唯一例外是 Elsevier 的订阅刊全文（按请求来源 IP 判定机构订阅，挂校园网/全隧道 VPN 后自动解锁）。
若配置了 PROXY_URL：zbs 全部出网流量走它，代理进程没开会整体假死（各端点报 404/401 假象）。排障口诀：先查代理，再怀疑 key。
「浏览市场」装的 npm 型 MCP（如 sageread-mcp）与本仓无关——zbs 是 Python 仓，经 uvx/本地 uv 运行。
本地模式免 key、不限流，适合只读场景（搜库/查重）；写入操作必须走 Web API。使用本地模式需同时满足：
Zotero 桌面端必须正在运行——本地 API 由 Zotero 进程内的 HTTP server 提供， 未启动时连接直接失败；
必须手动开启本地 API 开关：Zotero 菜单 编辑 → 设置 → 高级 → 杂项，
勾选 「允许其他应用程序通过本地 API 通信」（Allow other applications to
communicate with Zotero），否则请求返回 403 - Local API is not enabled。
重要：Zotero 本地 API 是只读的（POST/PATCH/DELETE 一律 400
"Endpoint does not support method"，Zotero 的硬性设计）。因此凡涉及写入
（建文件夹、导入条目、挂附件）必须走 Web API + key。
ZOTERO_MODE=auto（默认）的策略：配置了 Web 凭据则整体走 Web（读写全功能，
避免"本地读、Web 写"的数据不一致观感）；未配置凭据且本地 API 可用则回落本地
只读模式（搜库/查重可用，写入会报明确指引）。
# uv / uvx（推荐）
uvx --from git+https://github.com/Feplus2/zotero-brain-slim zotero-brain-slim
# 本地开发
pip install -r requirements.txt
python mcp_server.py作为 MCP server 注册（stdio，适用于 Claude Desktop 等通用 MCP 客户端）：
{
"command": "uvx",
"args": ["--from", "git+https://github.com/Feplus2/zotero-brain-slim", "zotero-brain-slim"],
"env": {
"ZOTERO_USER_ID": "…",
"ZOTERO_API_KEY": "…"
}
}本服务是 Better SageRead 文献工作流的一环：在 SageRead 的 MCP 管理器中注册为
stdio MCP server 即可。SageRead 的 env 支持 {{secret:NAME}} 占位符——spawn
进程前由 Rust 侧从系统凭据管理器取出同名条目并替换注入，凭据不写入配置文件：
{
"command": "uvx",
"args": ["--from", "git+https://github.com/Feplus2/zotero-brain-slim", "zotero-brain-slim"],
"env": {
"ZOTERO_USER_ID": "{{secret:ZOTERO_USER_ID}}",
"ZOTERO_API_KEY": "{{secret:ZOTERO_API_KEY}}",
"UNPAYWALL_EMAIL": "{{secret:UNPAYWALL_EMAIL}}"
}
}其余可选变量（ZOTERO_MODE、PROXY_URL、SCIHUB_ENABLED 等）按需添加，
明文值与 {{secret:...}} 占位符可混用。
本服务全部流量为 HTTPS API 请求，应用级 HTTP 代理即可，无需 TUN。代理选择优先级：
PROXY_URL 显式配置 > 宿主注入的 HTTP_PROXY/HTTPS_PROXY（httpx trust_env 自动遵循）
操作系统代理回退（Windows 注册表 / macOS 系统设置；兜底「宿主只注入
NO_PROXY导致 trust_env 读不到系统代理」的场景）> 直连。 境外源不可达时，下载瀑布会返回人工下载指引。
Sci-Hub 级默认关闭（作为下载瀑布最后一级，前面各级命中——含 XML 趟——时不会走到它）。需要时可设 SCIHUB_ENABLED=true 显式开启；开启前请了解你所在地区的法律法规，使用者自行承担责任
（Keep the laws of your locality in mind）。本项目仅提供检索/下载/入库的工程实现，
不对任何下载源的合法性背书。
出版社官方 API 级（Elsevier）走 TDM 政策 允许的正式接口，个人非商业研究用途；机构订阅按来源 IP 判定（校园网 / 学校 VPN）， key 个人持有不进仓库不分发。使用图书馆电子资源请遵守所在机构规定（禁止连续、 系统、过量下载；禁止凭证自动登录；禁止私设代理供校外访问）。
PR 欢迎：修 bug / 加下载源 / 改工具面。请保持「不做解析与向量化」的边界。
在 Zotero 创建 Collection（文件夹）；同名已存在时返回既有 key。
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| name | Yes | Collection 名称 | |
| parent | No | 父 Collection key（可选） |
在公开学术源搜索论文候选，返回元数据 + OA PDF 链接 + 是否已在 Zotero 库中。8 个源：openalex/arxiv/crossref/semantic_scholar（综合主力）/europepmc（生物医学·生命科学）/ads（天文·天体物理·空间科学，需 token）/doaj（开放获取期刊）/openaire（欧盟 OA 聚合）。按提问方向只选 2-3 个相关源（sources 参数），避免全量轮询：生物医学→europepmc+pubmed 语义的 openalex；天文物理→ads+arxiv；综合/材料/工程→openalex+semantic_scholar；期刊元数据核对→crossref；找 OA 全文→doaj+openalex。不传 sources 默认 openalex+arxiv+crossref+semantic_scholar。
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| limit | No | 每源条数，默认 10 | |
| query | Yes | 搜索关键词（英文效果更好） | |
| sources | No | 数据源子集：openalex/arxiv/crossref/semantic_scholar/europepmc/ads/doaj/openaire。按方向选 2-3 个（见工具描述的分域建议），默认前四个综合源 |
按 DOI/arXiv/OA 链接走多级瀑布下载 PDF 到本地（不导入 Zotero）。全部失败时返回人工下载指引。
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| doi | No | ||
| url | No | 论文页 URL（可选，用于兜底提取 arXiv id） | |
| title | No | 用于文件命名与 PDF 标题校验 | |
| arxiv_id | No | 如 2401.12345 | |
| open_access_pdf | No | 已知 OA PDF 直链（可选） |
把论文导入 Zotero：建条目 + linked_file 附件（PDF 保留本地）+ 归入 Collection。DOI 已在库时复用既有条目。
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| doi | No | ||
| url | No | ||
| year | No | ||
| issue | No | ||
| pages | No | ||
| title | Yes | ||
| volume | No | ||
| authors | No | ||
| journal | No | ||
| abstract | No | ||
| pdf_path | No | 本地 PDF 路径（可选，download_paper 的产物） | |
| collection_name | No | 目标 Collection 名（不存在自动创建） |
列出 Zotero 全部 Collection（文件夹），可附带条目数。
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| with_counts | No | 是否统计条目数（较慢），默认 false |
检索 Zotero 文献库：按关键词/标题/DOI 搜索已有条目，返回元数据列表。
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| limit | No | 最多返回条数，默认 20 | |
| query | Yes | 关键词、标题片段或 DOI（10.xxx/yyy） | |
| collection_key | No | 限定 Collection key（可选） |
Recent tool additions, removals, and schema changes observed during successful MCP inspections.
v0.1.0create_collectiondiscover_papersdownload_paperimport_to_zoterolist_collectionssearch_zotero_libraryScored across 6 tools
Each tool targets a distinct action and resource: listing collections, searching the local library, discovering external papers, downloading PDFs, importing into Zotero, and creating collections. There is no meaningful overlap, as search_zotero_library and discover_papers are clearly separated by local vs. external scope.
All tool names follow a clear verb-first pattern with snake_case: list_collections, search_zotero_library, discover_papers, download_paper, import_to_zotero, create_collection. The only slight deviation is import_to_zotero (verb + preposition) but it still fits the predictable action-oriented convention.
Six tools is well within the ideal 3-15 range and appropriately scoped for a focused Zotero paper management workflow. Each tool contributes a necessary step without redundancy or bloat.
The tool surface covers the core pipeline of discovery, download, and import, plus collection management. Minor gaps include lack of tools for updating or deleting entries/collections, and no direct listing of items within a collection, but these are workarounds via existing search functionality.
Zotero MCP server for Claude and ChatGPT: search, citations, safe writes, PDF passages and pages.
Remote MCP server for full read/write access to a Zotero library
Personal knowledge base MCP server with semantic search, auto-categorization, metadata extraction
MCP server for Altmetric APIs - track research attention across news, policy, social media, and more
