Сервер UniProt MCP

Комплексный сервер Model Context Protocol (MCP), обеспечивающий расширенный доступ к базе данных белков UniProt. Этот сервер предлагает 26 специализированных инструментов биоинформатики, позволяющих помощникам ИИ и клиентам MCP выполнять сложные исследования белков, сравнительную геномику, структурный биологический анализ и системные биологические исследования непосредственно через REST API UniProt.

Разработано компанией

Функции

Анализ основного белка (5 инструментов)

Поиск белка : поиск в базе данных UniProt по названию белка, ключевым словам или организму.
Подробная информация о белке : получение полной информации о белке, включая функцию, структуру и аннотации.
Поиск на основе генов : поиск белков по названию гена или символу
Извлечение последовательности : получение аминокислотных последовательностей в формате FASTA или JSON.
Анализ характеристик : доступ к функциональным доменам, активным сайтам, сайтам связывания и другим характеристикам белка.

Сравнительный и эволюционный анализ (4 инструмента)

Сравнение белков : параллельное сравнение нескольких белков с анализом последовательностей и характеристик
Обнаружение гомологов : поиск гомологичных белков у разных видов
Идентификация ортологов : определение ортологичных белков для эволюционных исследований.
Филогенетический анализ : получение эволюционных связей и филогенетических данных.

Анализ структуры и функций (4 инструмента)

Информация о 3D-структуре : доступ к ссылкам PDB и структурным данным
Расширенный анализ домена : расширенный анализ домена с аннотациями InterPro, Pfam и SMART
Анализ вариантов : варианты и мутации, связанные с заболеваниями
Состав последовательности : аминокислотный состав, гидрофобность и другие свойства последовательности.

Анализ биологического контекста (4 инструмента)

Интеграция путей : связанные биологические пути из KEGG и Reactome
Взаимодействие белков : сети взаимодействия белок-белок
Функциональная классификация : поиск по терминам GO или функциональным аннотациям
Субклеточная локализация : поиск белков по субклеточной локализации.

Пакетная обработка и расширенный поиск (3 инструмента)

Пакетная обработка : эффективная обработка нескольких образцов белка
Расширенный поиск : сложные запросы с несколькими фильтрами (длина, масса, организм, функция)
Таксономическая классификация : Поиск по подробной таксономической классификации

Литература и перекрестные ссылки (3 инструмента)

Ссылки на внешние базы данных : ссылки на PDB, EMBL, RefSeq, Ensembl и другие базы данных.
Ссылки на литературу : связанные публикации и цитаты
Качество аннотаций : показатели качества и уровни достоверности для различных аннотаций.

Экспорт данных и утилиты (3 инструмента)

Специализированный экспорт : экспорт данных в форматах GFF, GenBank, EMBL и XML.
Проверка доступа : проверка действительности номера доступа UniProt
Таксономическая информация : подробная таксономическая классификация и данные о происхождении.

Шаблоны ресурсов

Прямой доступ к данным о белках через шаблоны URI для бесшовной интеграции

Related MCP server: MISP-MCP-SERVER

Установка

Предпосылки

Node.js (v16 или выше)
нпм или пряжа

Настраивать

Клонируйте репозиторий:

git clone <repository-url>
cd uniprot-server

Установить зависимости:

npm install

Создайте проект:

npm run build

Докер

Создание образа Docker

Создайте образ Docker:

docker build -t uniprot-mcp-server .

Работа с Docker

Запустите контейнер:

docker run -i uniprot-mcp-server

Для интеграции клиента MCP вы можете использовать контейнер напрямую:

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "docker",
      "args": ["run", "-i", "uniprot-mcp-server"],
      "env": {}
    }
  }
}

Docker Compose (необязательно)

Создайте docker-compose.yml для более удобного управления:

version: "3.8"
services:
  uniprot-mcp:
    build: .
    image: uniprot-mcp-server
    stdin_open: true
    tty: true

Запустить с:

docker-compose up

Использование

Как сервер MCP

Сервер предназначен для работы в качестве сервера MCP, который взаимодействует через stdio:

npm start

Добавление в конфигурацию клиента MCP

Добавьте сервер в конфигурацию вашего клиента MCP (например, Claude Desktop):

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/uniprot-server/build/index.js"],
      "env": {}
    }
  }
}

Доступные инструменты

1. поиск_белков

Поиск белков в базе данных UniProt по названию, ключевому слову или организму.

Параметры:

query (обязательно): Поисковый запрос (название белка, ключевое слово или сложный поиск)
organism (необязательно): название организма или идентификатор таксономии для фильтрации результатов
size (необязательно): Количество возвращаемых результатов (1-500, по умолчанию: 25)
format (необязательно): Формат вывода - json, tsv, fasta, xml (по умолчанию: json)

Пример:

{
  "query": "insulin",
  "organism": "human",
  "size": 5
}

2. получить_информацию_о_белке

Получите подробную информацию о конкретном белке с помощью доступа UniProt.

Параметры:

accession (обязательно): номер доступа UniProt (например, P04637)
format (необязательно): Формат вывода - json, tsv, fasta, xml (по умолчанию: json)

Пример:

{
  "accession": "P01308",
  "format": "json"
}

3. поиск_по_гену

Поиск белков по названию гена или символу.

Параметры:

gene (обязательно): название или символ гена (например, BRCA1, INS)
organism (необязательно): название организма или идентификатор таксономии для фильтрации результатов
size (необязательно): Количество возвращаемых результатов (1-500, по умолчанию: 25)

Пример:

{
  "gene": "BRCA1",
  "organism": "human"
}

4. получить_белковую_последовательность

Получите аминокислотную последовательность белка.

Параметры:

accession (обязательно): номер присоединения UniProt
format (необязательно): Формат вывода - fasta, json (по умолчанию: fasta)

Пример:

{
  "accession": "P01308",
  "format": "fasta"
}

5. получить_белковые_характеристики

Получите функциональные характеристики и домены для белка.

Параметры:

accession (обязательно): номер присоединения UniProt

Пример:

{
  "accession": "P01308"
}

Шаблоны ресурсов

Сервер обеспечивает прямой доступ к данным UniProt через шаблоны URI:

1. Информация о белках

URI : uniprot://protein/{accession}
Описание : Полная информация о белках для набора UniProt
Пример : uniprot://protein/P01308

2. Последовательность белка

URI : uniprot://sequence/{accession}
Описание : Последовательность белка в формате FASTA
Пример : uniprot://sequence/P01308

3. Результаты поиска

URI : uniprot://search/{query}
Описание : Результаты поиска белков, соответствующих запросу
Пример : uniprot://search/insulin

Примеры

Базовый поиск белка

Поиск белков инсулина у людей:

// Tool call
{
  "tool": "search_proteins",
  "arguments": {
    "query": "insulin",
    "organism": "human",
    "size": 10
  }
}

Получите подробную информацию о белке

Получите исчерпывающую информацию о человеческом инсулине:

// Tool call
{
  "tool": "get_protein_info",
  "arguments": {
    "accession": "P01308"
  }
}

Поиск на основе генов

Найдите белки, связанные с геном BRCA1:

// Tool call
{
  "tool": "search_by_gene",
  "arguments": {
    "gene": "BRCA1",
    "organism": "human"
  }
}

Получить последовательность белка

Получите аминокислотную последовательность человеческого инсулина:

// Tool call
{
  "tool": "get_protein_sequence",
  "arguments": {
    "accession": "P01308",
    "format": "fasta"
  }
}

Анализ свойств белка

Получите функциональные домены и характеристики человеческого инсулина:

// Tool call
{
  "tool": "get_protein_features",
  "arguments": {
    "accession": "P01308"
  }
}

API-интеграция

Этот сервер интегрируется с UniProt REST API для программного доступа к данным о белках. Для получения дополнительной информации о UniProt:

Веб-сайт UniProt : https://www.uniprot.org/
Документация API : https://www.uniprot.org/help/api
Руководство по REST API : https://www.uniprot.org/help/api\_queries

Все запросы API включают в себя:

User-Agent : UniProt-MCP-Server/1.0.0
Тайм-аут : 30 секунд
Базовый URL : https://rest.uniprot.org (только программный доступ)

Обработка ошибок

Сервер включает в себя комплексную обработку ошибок:

Проверка входных данных : все параметры проверяются с использованием защиты типов.
Ошибки API : ошибки сети и API обнаруживаются и возвращаются с описательными сообщениями.
Обработка тайм-аута : запрашивает тайм-аут через 30 секунд
Постепенная деградация : частичные отказы обрабатываются соответствующим образом.

Разработка

Построить проект

npm run build

Режим разработки

Запустите компилятор TypeScript в режиме наблюдения:

npm run dev

Структура проекта

uniprot-server/
├── src/
│   └── index.ts          # Main server implementation
├── build/                # Compiled JavaScript output
├── package.json          # Node.js dependencies and scripts
├── tsconfig.json         # TypeScript configuration
└── README.md            # This file

Зависимости

@modelcontextprotocol/sdk : Core MCP SDK для реализации сервера
axios : HTTP-клиент для запросов API UniProt
typescript : Компилятор TypeScript для разработки

Лицензия

Лицензия Массачусетского технологического института

Внося вклад

Форк репозитория
Создать ветку функций
Внесите изменения
Добавьте тесты, если применимо
Отправить запрос на извлечение

Поддерживать

По вопросам и проблемам:

Проверьте документацию API UniProt
Ознакомьтесь со спецификацией протокола контекста модели.
Открыть вопрос в репозитории

О дополненной природе

Этот комплексный сервер UniProt MCP разработан компанией Augmented Nature , ведущим новатором в области решений для биоинформатики и вычислительной биологии на базе ИИ. Augmented Nature специализируется на создании передовых инструментов, которые заполняют пробел между искусственным интеллектом и биологическими исследованиями, позволяя исследователям извлекать более глубокие идеи из биологических данных.

Полный справочник инструментов

Инструменты анализа основных белков

search_proteins — поиск в базе данных UniProt по имени, ключевому слову или организму
get_protein_info - Получить подробную информацию о белке по принадлежности
search_by_gene - Поиск белков по названию гена или символу
get_protein_sequence - Извлечение аминокислотных последовательностей
get_protein_features — доступ к функциональным функциям и доменам

Инструменты сравнительного и эволюционного анализа

compare_proteins - Сравнение нескольких белков бок о бок
get_protein_homologs — поиск гомологичных белков у разных видов
get_protein_orthologs - Определить ортологичные белки
get_phylogenetic_info - Получить эволюционные связи

Инструменты анализа структуры и функций

get_protein_structure — доступ к информации о трехмерной структуре из PDB
get_protein_domains_detailed — расширенный анализ домена (InterPro, Pfam, SMART)
get_protein_variants - Варианты и мутации, связанные с заболеваниями
analyze_sequence_composition - Анализ аминокислотного состава

Биологические контекстные инструменты

get_protein_pathways - Ассоциированные биологические пути (KEGG, Reactome)
get_protein_interactions - Сети белок-белкового взаимодействия
search_by_function — поиск по терминам GO или функциональным аннотациям
search_by_localization - Поиск белков по субклеточной локализации

Пакетная обработка и расширенные инструменты поиска

batch_protein_lookup — эффективная обработка множественных присоединений
advanced_search - Сложные запросы с несколькими фильтрами
search_by_taxonomy - Поиск по таксономической классификации

Литература и инструменты перекрестных ссылок

get_external_references — Ссылки на другие базы данных (PDB, EMBL, RefSeq и т. д.)
get_literature_references - Связанные публикации и цитаты
get_annotation_confidence — показатели качества аннотаций

Экспорт данных и утилиты

export_protein_data - Экспорт в специализированные форматы (GFF, GenBank, EMBL, XML)
validate_accession - Проверка действительности инвентарного номера
get_taxonomy_info - Подробная таксономическая информация

Журнал изменений

v1.0.0 — комплексная биоинформатическая платформа

Значительное расширение : добавлено 21 новый специализированный инструмент (всего: 26 инструментов)
Сравнительный анализ : сравнение белков, идентификация гомологов/ортологов, филогенетический анализ
Структурная биология : интеграция трехмерных структур, подробный анализ доменов, анализ вариантов
Системная биология : интеграция путей, взаимодействие белков, функциональная классификация
Расширенный поиск : пакетная обработка, сложная фильтрация, таксономический поиск
Интеграция литературы : внешние ссылки на базы данных, цитаты, достоверность аннотаций
Экспорт данных : несколько специализированных форматов (GFF, GenBank, EMBL, XML)
Расширенная поддержка Docker : многоэтапные сборки с лучшими практиками безопасности
Подробная документация : полный справочник инструментов и примеры
Разработано Augmented Nature : Профессиональная биоинформатическая платформа

Сервер UniProt MCP

Функции

Анализ основного белка (5 инструментов)

Сравнительный и эволюционный анализ (4 инструмента)

Анализ структуры и функций (4 инструмента)

Анализ биологического контекста (4 инструмента)

Пакетная обработка и расширенный поиск (3 инструмента)

Литература и перекрестные ссылки (3 инструмента)

Экспорт данных и утилиты (3 инструмента)

Шаблоны ресурсов

Установка

Предпосылки

Настраивать

Докер

Создание образа Docker

Работа с Docker

Docker Compose (необязательно)

Использование

Как сервер MCP

Добавление в конфигурацию клиента MCP

Доступные инструменты

1. поиск_белков

2. получить_информацию_о_белке

3. поиск_по_гену

4. получить_белковую_последовательность

5. получить_белковые_характеристики

Шаблоны ресурсов

1. Информация о белках

2. Последовательность белка

3. Результаты поиска

Примеры

Базовый поиск белка

Получите подробную информацию о белке

Поиск на основе генов

Получить последовательность белка

Анализ свойств белка

API-интеграция

Обработка ошибок

Разработка

Построить проект

Режим разработки

Структура проекта

Зависимости

Лицензия

Внося вклад

Поддерживать

О дополненной природе

Полный справочник инструментов

Инструменты анализа основных белков

Инструменты сравнительного и эволюционного анализа

Инструменты анализа структуры и функций

Биологические контекстные инструменты

Пакетная обработка и расширенные инструменты поиска

Литература и инструменты перекрестных ссылок

Экспорт данных и утилиты

Журнал изменений

v1.0.0 — комплексная биоинформатическая платформа

Resources

Tools

Latest Blog Posts

MCP directory API