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Anubhab36

Healthcare Research MCP Server

by Anubhab36

Healthcare Research MCP Server

実在の生物医学研究ソースを使用した構造化ヘルスケアリサーチのためのModel Context Protocol(MCP)サーバー。

このサーバーは、PubMedとClinicalTrials.govを検索するためのMCPツール、構造化されたリサーチブリーフを生成するためのMCPプロンプト、および研究と安全に関するガイドラインを含むMCPリソースを提供します。


1. プロジェクト概要

Healthcare Research MCP Serverは、AIアシスタントとヘルスケア研究ソースの間の標準化されたインターフェースを提供します。

AIアプリケーションがすべての研究データベースに対して個別の統合を実装する代わりに、MCPサーバーはヘルスケア研究機能を再利用可能なMCPツールとして公開します。

現在の実装では、以下を統合しています:

  • PubMed

  • ClinicalTrials.gov

サーバーは、研究質問に対して両方のソースを検索し、統合されたエビデンスパッケージを返すことができます。


Related MCP server: PubMed MCP Server

2. 問題提起

ヘルスケア研究では、複数のソースからの情報が必要になることがよくあります。

研究者は以下のことを行う必要があるかもしれません:

  1. 生物医学文献を検索する。

  2. 個々の研究論文を取得する。

  3. 登録済みの臨床試験を検索する。

  4. ソース間でエビデンスを比較する。

  5. PMIDやNCT番号などの識別子を追跡する。

  6. 取得したエビデンスと解釈を区別する。

標準化されたインターフェースがなければ、各AIアプリケーションはこれらの統合を個別に実装する必要があります。

このプロジェクトは、MCPが再利用可能なヘルスケア研究インターフェースをどのように提供できるかを示しています。


3. なぜMCPなのか?

Model Context Protocolは、AIアプリケーションが外部ツール、リソース、プロンプトと対話するための標準化された方法を提供します。

このプロジェクトは、MCPの3つの主要なプリミティブを示しています:

ツール

ツールは、MCPクライアントまたはAIモデルがアクションを実行することを可能にします。

実装されたツール:

  • pubmed_search

  • pubmed_get_article

  • clinical_trials_search

  • healthcare_research

プロンプト

プロンプトは、特定のワークフローのための再利用可能な指示を提供します。

実装されたプロンプト:

  • research_brief

リソース

リソースは、MCPクライアントが取得できるコンテキスト情報を提供します。

実装されたリソース:

  • healthcare://research-guidelines


4. アーキテクチャ

                MCP CLIENT
                    |
                    v
          Healthcare Research
              MCP Server
                    |
    +---------------+---------------+
    |               |               |
    v               v               v
  Tools           Prompts        Resources
    |               |               |
    |               |               |
    |        research_brief   research-guidelines
    |

+----+---------------------+ | | v v PubMed ClinicalTrials.gov | | +------------+-------------+ | v Combined Evidence Package

サーバーは、エビデンスの取得と解釈を分離します。

MCPサーバーは研究情報を取得し構造化します。AIクライアントは、そのエビデンスを研究プロンプトとともに使用して、構造化されたリサーチブリーフを生成できます。


5. MCPツール

生物医学研究論文をPubMedで検索します。

クエリの例:

artificial intelligence ECG

返される内容:

  • PMID

  • タイトル

  • 著者

  • ジャーナル

  • 発行日


pubmed_get_article

PMIDを使用してPubMedの論文の詳細情報を取得します。

例:

PMID: 42642304

レスポンスには以下が含まれます:

  • PMID

  • タイトル

  • ジャーナル

  • 著者

  • 発行日

  • DOI

  • 利用可能な場合はアブストラクト


ClinicalTrials.govで臨床試験を検索します。

識別子や試験情報を含む、一致する試験の構造化情報を返します。


healthcare_research

複数ソースの研究検索を実行します。

ワークフローは以下のとおりです:

Research Question | +------> PubMed | +------> ClinicalTrials.gov | v Combined Evidence Package

このツールは、他のソースからの成功した結果を破棄せずに、ソースの失敗も報告します。


6. MCPプロンプト

research_brief

research_briefプロンプトは、取得したヘルスケア研究を統合するための構造化されたフレームワークを提供します。

以下の項目を求めます:

  1. 研究質問

  2. 主要な発見

  3. 関連するPubMedエビデンス

  4. 関連する臨床試験エビデンス

  5. 一致している領域

  6. 不確実性または矛盾するエビデンスの領域

  7. 限界

  8. さらなるレビューが必要なソース

また、このプロンプトはAIに以下を指示します:

  • 発見を捏造しないこと。

  • エビデンスと解釈を区別すること。

  • 裏付けのない因果関係の主張を避けること。

  • 利用できない情報を特定すること。

  • PMIDおよびNCT識別子を保持すること。

  • 個別化された医学的アドバイスを避けること。


7. MCPリソース

healthcare://research-guidelines

MCPクライアントに研究方法論と安全性のガイダンスを提供します。

このリソースは以下をカバーしています:

  • エビデンスの取り扱い

  • ソース識別子

  • 研究の限界

  • 不確実性

  • 臨床安全性の境界

  • 研究情報と専門的な医学的判断の区別


8. 複数ソースの研究ワークフロー

典型的なワークフローは以下のようになります:

User: "What is the current evidence for AI-assisted ECG interpretation?" | v MCP Client / AI | v healthcare_research | +----------+----------+ | | v v PubMed ClinicalTrials.gov | | +----------+----------+ | v Evidence Package | v research_brief | v Structured Research Brief

このアーキテクチャは、ソースの取得をAIの解釈から分離します。


9. 検証

外部リクエストが行われる前に、検索入力が検証されます。

現在の検証には以下が含まれます:

  • クエリは文字列である必要があります。

  • クエリを空にすることはできません。

  • max_resultsは整数である必要があります。

  • max_resultsは少なくとも1である必要があります。

  • max_results20を超えることはできません。

これにより、無効なリクエストが不必要に外部APIに到達するのを防ぎます。


10. エラーハンドリング

外部の研究APIは一時的に失敗したり、予期しないレスポンスを返したりすることがあります。

サーバーは、外部ソースの障害に対して制御されたResearchSourceError例外を使用します。

複数ソースの研究では、あるソースの失敗が別のソースの結果を自動的に破棄することはありません。

例:

PubMed -> SUCCESS ClinicalTrials.gov -> ERROR | v Partial Results + Source Error

これにより、クライアントは以下を区別できます:

  • エビデンスの取得成功。

  • 部分的な取得。

  • ソースの失敗。


11. テスト

このプロジェクトには、以下の自動テストが含まれています:

  • 入力検証。

  • 複合研究ワークフロー。

  • 部分的なソース障害。

  • MCPツールの検出。

  • MCPプロンプトの検出。

  • MCPリソースの検出。

  • MCPリソースの取得。

完全なテストスイートを実行するには:

python -m pytest -q

このプロジェクトでは、ユニットレベルのテストとMCP統合テストの両方を使用しています。


12. プロジェクト構造

healthcare-research-mcp/ | ├── server/ │ ├── init.py │ ├── server.py │ | │ ├── tools/ │ │ ├── init.py │ │ ├── pubmed.py │ │ ├── clinical_trials.py │ │ └── research.py │ | │ ├── prompts/ │ │ ├── init.py │ │ └── research.py │ | │ ├── resources/ │ │ ├── init.py │ │ └── guidelines.py │ | │ └── utils/ │ ├── errors.py │ └── validation.py | ├── tests/ │ ├── test_client.py │ ├── test_mcp_server.py │ ├── test_research.py │ └── test_validation.py | ├── .gitignore ├── requirements.txt └── README.md


13. インストール

リポジトリをクローンします:

git clone https://github.com/Anubhab36/healthcare-research-mcp.git cd healthcare-research-mcp

仮想環境を作成します:

python3 -m venv venv

アクティベートします:

source venv/bin/activate

依存関係をインストールします:

pip install -r requirements.txt

必要に応じてテスト用の依存関係をインストールします:

pip install pytest


14. MCPサーバーの実行

サーバーはMCP stdioトランスポートを介して通信します。

実行:

python -m server.server

このサーバーは、通常のブラウザからアクセスするのではなく、MCPクライアントによって起動されることを意図しています。


15. MCPテストクライアントの実行

リポジトリには、MCPサーバーを起動し、stdioを介して通信するテストクライアントが含まれています。

実行:

python tests/test_client.py

このクライアントは以下を示しています:

  • MCP初期化。

  • ツールの検出。

  • プロンプトの検出。

  • リソースの検出。

  • リソースの取得。

  • ヘルスケア研究ツールの呼び出し。


16. 研究クエリの例

例:

artificial intelligence ECG

その他のクエリ例:

AI assisted medical imaging

machine learning cardiac diagnosis

artificial intelligence radiology

deep learning ECG analysis

machine learning clinical decision support

これらのクエリは、複数ソースの研究ワークフローで使用できます。


17. ヘルスケアの安全性に関する考慮事項

このプロジェクトは、ヘルスケアの研究と情報検索を目的としています。

以下のことを意図していません:

  • 患者を診断すること。

  • 個別化された治療を推奨すること。

  • 医療専門家を置き換えること。

  • 自律的な臨床判断を行うこと。

取得した研究は、臨床、規制、その他の影響の大きい決定に使用される前に、独立してレビューされるべきです。

検索結果は不完全な場合があり、臨床試験の情報は時間の経過とともに変化する可能性があります。


18. 設計原則

このプロジェクトは、いくつかの設計原則に従っています。

解釈の前にエビデンス

サーバーは、AIによる統合が行われる前にソース情報を取得します。

ソースのトレーサビリティ

PMIDやNCT識別子などの研究識別子は、利用可能な場合は保持されます。

責任の分離

MCPサーバーは以下を処理します:

Data retrieval Validation Structuring Source error handling

消費側のAIアプリケーションは以下を処理できます:

Interpretation Comparison Summarization Research synthesis

グレースフルデグラデーション

ある研究ソースの失敗が、別のソースからの成功した結果を自動的に排除するべきではありません。


19. 使用技術

  • Python

  • Model Context Protocol (MCP)

  • FastMCP

  • PubMed / NCBI

  • ClinicalTrials.gov API

  • pytest

  • JSON

  • stdio transport


20. 今後の改善点

将来の改善点としては、以下が考えられます:

  • 追加の生物医学データベース。

  • ソース間の重複排除。

  • 引用ランキング。

  • 日付と発行のフィルター。

  • 研究タイプのフィルタリング。

  • エビデンスの品質スコアリング。

  • 利用可能な場合の全文記事の取得。

  • より高度な研究統合。

  • 永続的な研究セッション。

  • MCPクライアントの統合。

  • 追加の自動統合テスト。


21. プロジェクトの目標

このプロジェクトの主な目標は、Model Context Protocolを使用して、ヘルスケア研究のための再利用可能なAIインターフェースを構築する方法を示すことです。

単一目的のヘルスケアチャットボットを構築する代わりに、このプロジェクトはAIクライアントが必要に応じて発見して使用できる標準化されたMCP機能を提供します。

その結果、以下を分離するモジュール式のヘルスケア研究インフラストラクチャが実現します:

Research Sources | v MCP Tools | v Structured Evidence | v AI Interpretation


ライセンス

このプロジェクトは、教育および研究目的を意図しています。

F
license - not found
Not graded
quality - not tested
C
maintenance

Maintenance

Maintainers
Response time
Release cycle
Releases (12mo)
Commit activity

Resources

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