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Synapse MCP Server

by susheel
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Python
Hybrid

Synapse MCP サーバー

Synapse エンティティ (データセット、プロジェクト、フォルダー、ファイル、テーブル) を注釈とともに公開し、OAuth2 認証をサポートするモデル コンテキスト プロトコル (MCP) サーバー。

概要

このサーバーは、モデルコンテキストプロトコル（MCP）を介してSynapseエンティティとそのアノテーションにアクセスするためのRESTful APIを提供します。これにより、以下のことが可能になります。

  • Synapseで認証する

  • IDでエンティティを取得する

  • 名前でエンティティを取得する

  • エンティティの注釈を取得する

  • エンティティの子を取得する

  • さまざまな基準に基づいてエンティティをクエリする

  • Synapseテーブルのクエリ

  • Croissant メタデータ形式でデータセットを取得する

Related MCP server: SourceSync.ai MCP Server

インストール

# Clone the repository git clone https://github.com/SageBionetworks/synapse-mcp.git cd synapse-mcp # Create a virtual environment python -m venv .venv source .venv/bin/activate # On Windows: .venv\Scripts\activate # Install dependencies pip install -e .

PyPIからのインストール

# Install from PyPI pip install synapse-mcp

使用法

サーバーの起動

python server.py --host 127.0.0.1 --port 9000

これにより、デフォルトのポート (9000) で MCP サーバーが起動します。

CLIの使用

# Start the server using the CLI synapse-mcp --host 127.0.0.1 --port 9000 --debug

コマンドラインオプション

usage: server.py [-h] [--host HOST] [--port PORT] [--debug] Run the Synapse MCP server with OAuth2 support options: -h, --help show this help message and exit --host HOST Host to bind to --port PORT Port to listen on --debug Enable debug logging --server-url URL Public URL of the server (for OAuth2 redirect)

テストの実行

# Run all tests with coverage ./run_tests.sh # Or run pytest directly python -m pytest

サーバーのテスト

python examples/client_example.py

認証方法

環境変数

サーバーは次の環境変数をサポートしています。

  • HOST : バインドするホスト（デフォルト: 127.0.0.1）

  • PORT : リッスンするポート（デフォルト: 9000）

  • MCP_TRANSPORT : 使用するトランスポートプロトコル（デフォルト: stdio）

    • stdio : ローカル開発に標準入出力を使用する

    • sse : クラウド展開に Server-Sent Events を使用する

  • MCP_SERVER_URL : サーバーの公開URL (デフォルト: mcp://127.0.0.1:9000)

    • OAuth2リダイレクトとサーバー情報に使用されます

サーバーは次の 2 つの認証方法をサポートしています。

  1. 認証トークン: Synapse認証トークンを使用して認証する

  2. OAuth2 : SynapseのOAuth2サーバーを使用して認証する

APIエンドポイント

サーバー情報

  • GET /info - サーバー情報を取得する

ツール

  • GET /tools - 利用可能なツールの一覧

  • POST /tools/authenticate - Synapseで認証する

  • POST /tools/get_oauth_url - OAuth2認証URLを取得する

  • POST /tools/get_entity - IDまたは名前でエンティティを取得する

  • POST /tools/get_entity_annotations - エンティティの注釈を取得する

  • POST /tools/get_entity_children - コンテナエンティティの子エンティティを取得します

  • POST /tools/query_entities - さまざまな基準に基づいてエンティティをクエリする

  • POST /tools/query_table - Synapse テーブルをクエリする

リソース

  • GET /resources - 利用可能なリソースを一覧表示する

  • GET /resources/entity/{id} - IDでエンティティを取得する

  • GET /resources/entity/{id}/annotations - エンティティのアノテーションを取得する

  • GET /resources/entity/{id}/children - エンティティの子を取得する

  • GET /resources/query/entities/{entity_type} - タイプ別にエンティティをクエリする

  • GET /resources/query/entities/parent/{parent_id} - 親IDでエンティティをクエリする

  • GET /resources/query/entities/name/{name} - 名前でエンティティをクエリする

  • GET /resources/query/table/{id}/{query} - SQLのような構文でテーブルをクエリする

OAuth2エンドポイント

  • GET /oauth/login - Synapse OAuth2 ログインページにリダイレクトします

  • GET /oauth/callback - Synapse からの OAuth2 コールバックを処理する

例

認証

サーバーを使用するには、実際の Synapse 資格情報で認証する必要があります。

import requests # Authenticate with Synapse response = requests.post("http://127.0.0.1:9000/tools/authenticate", json={ "email": "your-synapse-email@example.com", "password": "your-synapse-password" }) result = response.json() print(result) # Alternatively, you can authenticate with an API key response = requests.post("http://127.0.0.1:9000/tools/authenticate", json={ "api_key": "your-synapse-api-key" })

OAuth2認証

1. リダイレクトフロー（ブラウザベース）

ユーザーを OAuth ログイン URL に誘導します。

http://127.0.0.1:9000/oauth/login?client_id=YOUR_CLIENT_ID&redirect_uri=YOUR_REDIRECT_URI

2. APIベースのフロー

プログラムで使用する場合は、まず認証 URL を取得します。

import requests # Get OAuth2 authorization URL response = requests.post("http://127.0.0.1:9000/tools/get_oauth_url", json={ "client_id": "YOUR_CLIENT_ID", "redirect_uri": "YOUR_REDIRECT_URI" }) auth_url = response.json()["auth_url"] # Redirect user to auth_url

エンティティの取得

import requests # Get an entity by ID response = requests.get("http://127.0.0.1:9000/resources/entity/syn123456") # Replace with a real Synapse ID entity = response.json() print(entity)

エンティティアノテーションの取得

import requests # Get annotations for an entity response = requests.get("http://127.0.0.1:9000/resources/entity/syn123456/annotations") # Replace with a real Synapse ID annotations = response.json() print(annotations)

エンティティのクエリ

import requests # Query for files in a project response = requests.get("http://127.0.0.1:9000/resources/query/entities/parent/syn123456", params={ # Replace with a real Synapse ID "entity_type": "file" }) files = response.json() print(files)

テーブルのクエリ

import requests # Query a table table_id = "syn123456" # Replace with a real Synapse table ID query = "SELECT * FROM syn123456 LIMIT 10" # Replace with a real Synapse table ID response = requests.get(f"http://127.0.0.1:9000/resources/query/table/{table_id}/{query}") table_data = response.json() print(table_data)

Croissant形式でデータセットを取得する

import requests import json # Get public datasets in Croissant format response = requests.get("http://127.0.0.1:9000/resources/croissant/datasets") croissant_data = response.json() # Save to file with open("croissant_metadata.json", "w") as f: json.dump(croissant_data, f, indent=2)

展開

ドッカー

Docker を使用してサーバーを構築および実行できます。

# Build the Docker image docker build -t synapse-mcp . # Run the container docker run -p 9000:9000 -e SYNAPSE_OAUTH_CLIENT_ID=your_client_id -e SYNAPSE_OAUTH_CLIENT_SECRET=your_client_secret -e SYNAPSE_OAUTH_REDIRECT_URI=your_redirect_uri synapse-mcp docker run -p 9000:9000 -e MCP_TRANSPORT=sse -e MCP_SERVER_URL=mcp://your-domain:9000 synapse-mcp

フライアイオー

fly.io にデプロイします。

# Install flyctl curl -L https://fly.io/install.sh | sh # Login to fly.io flyctl auth login # Launch the app flyctl launch # Set OAuth2 secrets flyctl secrets set SYNAPSE_OAUTH_CLIENT_ID=your_client_id flyctl secrets set SYNAPSE_OAUTH_CLIENT_SECRET=your_client_secret flyctl secrets set SYNAPSE_OAUTH_REDIRECT_URI=https://your-app-name.fly.dev/oauth/callback flyctl secrets set MCP_TRANSPORT=sse flyctl secrets set MCP_SERVER_URL=mcp://your-app-name.fly.dev:9000 # Deploy flyctl deploy

Claude Desktopとの統合

この Synapse MCP サーバーを Claude Desktop と統合すると、Claude が会話の中で Synapse データに直接アクセスして操作できるようになります。

セットアップ手順

  1. まず、リポジトリのクローンを作成し、要件をインストールします。

# Clone the repository git clone https://github.com/susheel/synapse-mcp.git cd synapse-mcp # Create a virtual environment python -m venv .venv source .venv/bin/activate # On Windows: .venv\Scripts\activate # Install dependencies pip install -e .

  1. Synapse MCP サーバーを使用するように Claude Desktop を構成します。

    • クロードデスクトップを開く

    • Claude メニューをクリックし、「設定...」を選択します。

    • 左側のバーにある「開発者」をクリックします

    • 「設定の編集」をクリックします

    • mcpServersセクションに次の構成を追加します。

"synapse-mcp": { "command": "python", "args": [ "/path/to/synapse-mcp/server.py", "--host", "127.0.0.1", "--port", "9000" ] }

  1. 設定ファイルを保存し、Claude Desktopを再起動します。

  2. クロードとの会話でSynapseデータを使用できるようになりました。例えば：

    • 「SynapseからID syn123456のエンティティを取得する」

    • 「Synapse プロジェクト syn123456 内のすべてのファイルをクエリする」

    • 「Synapseエンティティsyn123456の注釈を取得する」

貢献

貢献を歓迎します！お気軽にプルリクエストを送信してください。

ライセンス

マサチューセッツ工科大学

One-click Deploy
A
security – no known vulnerabilities
A
license - permissive license
A
quality - confirmed to work

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