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PubChem Chemical Safety MCP Server

by liueic
GitHub
Python
MIT License
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PubChem Chemical Safety MCP Server

一个基于 Model Context Protocol (MCP) 的化学安全信息服务器，用于从化合物名称或 CID 自动获取毒理、GHS 安全分类、化学性质等信息。

功能特性

  • 获取化合物基础属性信息（分子式、分子量、IUPAC名称等）

  • 获取 GHS 安全分类信息（信号词、象形图、危害声明）

  • 获取毒性实验数据（LD50、LC50等）

  • 支持批量查询和缓存机制

  • 基于 MCP 协议，可与 Claude Desktop 等 AI 客户端集成

  • 支持代理访问，解决网络连接问题

技术栈

  • 协议: Model Context Protocol (MCP)

  • 语言: Python 3.10+

  • 依赖管理: uv

  • 数据源: PubChem REST API

  • 缓存: 本地文件缓存

  • HTTP客户端: aiohttp (支持代理和重试机制)

安装与运行

1. 安装依赖

uv sync

2. 运行 MCP 服务器

uv run python -m pubchem_mcp.mcp_server

3. 测试服务器

uv run verify_mcp.py

MCP 工具

服务器提供以下 3 个 MCP 工具：

1. get_compound_info

获取化合物基础信息

  • 参数: name (化合物名称)

  • 返回: CID、分子式、分子量、IUPAC名称、SMILES等

  • 示例: get_compound_info("aspirin") 或 get_compound_info("阿司匹林")

2. get_safety_info

获取 GHS 安全分类信息

  • 参数: cid (PubChem化合物ID)

  • 返回: 信号词、GHS象形图、危害声明、预防措施等

  • 示例: get_safety_info(2244) (阿司匹林的CID)

3. get_toxicity_data

获取毒性实验数据

  • 参数: cid (PubChem化合物ID)

  • 返回: 急性毒性、生态毒性、致癌性、生殖毒性等详细数据

  • 示例: get_toxicity_data(2244) (阿司匹林的CID)

使用示例

Python 客户端示例

import asyncio from mcp.client.stdio import stdio_client from mcp import ClientSession, StdioServerParameters async def main(): server_params = StdioServerParameters( command='uv', args=['--directory', '/path/to/project', 'run', 'python', '-m', 'pubchem_mcp.mcp_server'] ) async with stdio_client(server_params) as (stdio, write): async with ClientSession(stdio, write) as session: await session.initialize() # 获取化合物信息 result = await session.call_tool('get_compound_info', { 'name': 'aspirin' }) print(result.content[0].text) asyncio.run(main())

Claude Desktop 中使用

在 Claude Desktop 中可以直接使用自然语言查询：

请查询阿司匹林的安全信息
获取咖啡因的毒性数据

调试工具

使用 MCP Inspector 进行调试：

npx -y @modelcontextprotocol/inspector uv run python -m pubchem_mcp.mcp_server

项目结构

pubchem_mcp/ ├── mcp_server.py # MCP 服务器主文件 ├── services/ │ ├── pubchem_client.py # PubChem API 客户端（支持代理和重试） │ ├── cache_service.py # 缓存服务 │ └── pubchem_service.py # PubChem 服务层 ├── models/ │ └── schemas.py # 数据模型定义 └── api/ └── routes.py # API 路由（可选） tests/ # 测试文件 manage_cache.py # 缓存管理工具 verify_mcp.py # MCP 验证工具 claude_desktop_config.json # Claude Desktop 配置示例

配置选项

  • CACHE_DIR: 缓存目录路径（默认 .cache）

  • PUBCHEM_RATE_LIMIT: API 请求限制（默认 5 req/s）

  • https_proxy: HTTPS 代理设置

  • http_proxy: HTTP 代理设置

缓存管理

服务器使用本地文件缓存来提高性能：

  • 缓存位置: .cache/ 目录

  • 缓存策略:

    • 化合物信息缓存2小时

    • 安全信息和毒性数据缓存1小时

    • 过期文件自动删除

  • 缓存管理: 运行 uv run manage_cache.py 查看缓存统计

网络配置

代理设置

项目支持通过环境变量设置代理：

export https_proxy=http://127.0.0.1:10808 export http_proxy=http://127.0.0.1:10808

重试机制

  • 自动重试503错误（服务器繁忙）

  • 递增等待时间避免过于频繁的请求

  • 最多重试3次

请求头优化

  • 使用完整的浏览器User-Agent

  • 添加必要的HTTP请求头（Accept、Referer等）

  • 支持gzip压缩

测试化合物

以下化合物已测试可用：

  • aspirin (阿司匹林) - CID: 2244

  • caffeine (咖啡因) - CID: 2519

  • water (水) - CID: 962

  • ethanol (乙醇) - CID: 702

  • benzene (苯) - CID: 241

故障排除

常见问题

  1. 503 错误: 服务器繁忙，会自动重试

  2. 网络连接失败: 检查代理设置是否正确

  3. 化合物未找到: 尝试使用英文名称或化学式

日志查看

服务器会输出详细的日志信息，包括：

  • 请求状态

  • 重试信息

  • 错误详情

开发

运行测试

uv run pytest tests/

代码格式化

uv run black . uv run isort .

类型检查

uv run mypy pubchem_mcp/

许可证

MIT License

贡献

欢迎提交 Issue 和 Pull Request！

This server cannot be installed

-
security - not tested
A
license - permissive license
-
quality - not tested

How are these scores calculated?

hybrid server

The server is able to function both locally and remotely, depending on the configuration or use case.

Enables users to retrieve chemical safety information including compound properties, GHS safety classifications, and toxicity data from PubChem database using compound names or CIDs. Supports batch queries with caching for efficient chemical safety research and analysis.

  1. 功能特性
    1. 技术栈
      1. 安装与运行
        1. 1. 安装依赖
        2. 2. 运行 MCP 服务器
        3. 3. 测试服务器
      2. MCP 工具
        1. 1. get_compound_info
        2. 2. get_safety_info
        3. 3. get_toxicity_data
      3. 使用示例
        1. Python 客户端示例
        2. Claude Desktop 中使用
      4. 调试工具
        1. 项目结构
          1. 配置选项
            1. 缓存管理
              1. 网络配置
                1. 代理设置
                2. 重试机制
                3. 请求头优化
              2. 测试化合物
                1. 故障排除
                  1. 常见问题
                  2. 日志查看
                2. 开发
                  1. 运行测试
                  2. 代码格式化
                  3. 类型检查
                3. 许可证
                  1. 贡献

                    New MCP Servers

                    MCP directory API

                    We provide all the information about MCP servers via our MCP API.

                    curl -X GET 'https://glama.ai/api/mcp/v1/servers/liueic/PubChem-MCP-Server'

                    If you have feedback or need assistance with the MCP directory API, please join our Discord server