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# pubmed-mcp-server - Directory Structure Generated on: 2025-08-08 19:58:30 ``` pubmed-mcp-server ├── .clinerules │ └── clinerules.md ├── .github │ ├── workflows │ │ └── publish.yml │ └── FUNDING.yml ├── docs │ ├── api-references │ │ └── typedoc-reference.md │ ├── project-spec.md │ └── tree.md ├── examples │ ├── generate_pubmed_chart │ │ ├── bar_chart.png │ │ ├── doughnut_chart.png │ │ ├── line_chart.png │ │ ├── pie_chart.png │ │ ├── polar_chart.png │ │ ├── radar_chart.png │ │ └── scatter_plot.png │ ├── pubmed_article_connections_1.md │ ├── pubmed_article_connections_2.md │ ├── pubmed_fetch_contents_example.md │ ├── pubmed_research_agent_example.md │ └── pubmed_search_articles_example.md ├── scripts │ ├── clean.ts │ ├── fetch-openapi-spec.ts │ ├── make-executable.ts │ └── tree.ts ├── src │ ├── config │ │ └── index.ts │ ├── mcp-server │ │ ├── tools │ │ │ ├── pubmedArticleConnections │ │ │ │ ├── logic │ │ │ │ │ ├── citationFormatter.ts │ │ │ │ │ ├── elinkHandler.ts │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ └── types.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ └── registration.ts │ │ │ ├── pubmedFetchContents │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── logic.ts │ │ │ │ └── registration.ts │ │ │ ├── pubmedGenerateChart │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── logic.ts │ │ │ │ └── registration.ts │ │ │ ├── pubmedResearchAgent │ │ │ │ ├── logic │ │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ │ ├── inputSchema.ts │ │ │ │ │ ├── outputTypes.ts │ │ │ │ │ └── planOrchestrator.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── logic.ts │ │ │ │ └── registration.ts │ │ │ └── pubmedSearchArticles │ │ │ ├── index.ts │ │ │ ├── logic.ts │ │ │ └── registration.ts │ │ ├── transports │ │ │ ├── auth │ │ │ │ ├── lib │ │ │ │ │ ├── authContext.ts │ │ │ │ │ ├── authTypes.ts │ │ │ │ │ └── authUtils.ts │ │ │ │ ├── strategies │ │ │ │ │ ├── authStrategy.ts │ │ │ │ │ ├── jwtStrategy.ts │ │ │ │ │ └── oauthStrategy.ts │ │ │ │ ├── authFactory.ts │ │ │ │ ├── authMiddleware.ts │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ ├── core │ │ │ │ ├── baseTransportManager.ts │ │ │ │ ├── headerUtils.ts │ │ │ │ ├── honoNodeBridge.ts │ │ │ │ ├── statefulTransportManager.ts │ │ │ │ ├── statelessTransportManager.ts │ │ │ │ └── transportTypes.ts │ │ │ ├── http │ │ │ │ ├── httpErrorHandler.ts │ │ │ │ ├── httpTransport.ts │ │ │ │ ├── httpTypes.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ └── mcpTransportMiddleware.ts │ │ │ └── stdio │ │ │ ├── index.ts │ │ │ └── stdioTransport.ts │ │ └── server.ts │ ├── services │ │ └── NCBI │ │ ├── core │ │ │ ├── ncbiConstants.ts │ │ │ ├── ncbiCoreApiClient.ts │ │ │ ├── ncbiRequestQueueManager.ts │ │ │ ├── ncbiResponseHandler.ts │ │ │ └── ncbiService.ts │ │ └── parsing │ │ ├── eSummaryResultParser.ts │ │ ├── index.ts │ │ ├── pubmedArticleStructureParser.ts │ │ └── xmlGenericHelpers.ts │ ├── types-global │ │ ├── declarations.d.ts │ │ ├── errors.ts │ │ └── pubmedXml.ts │ ├── utils │ │ ├── internal │ │ │ ├── errorHandler.ts │ │ │ ├── index.ts │ │ │ ├── logger.ts │ │ │ ├── performance.ts │ │ │ └── requestContext.ts │ │ ├── metrics │ │ │ ├── index.ts │ │ │ └── tokenCounter.ts │ │ ├── network │ │ │ ├── fetchWithTimeout.ts │ │ │ └── index.ts │ │ ├── parsing │ │ │ ├── dateParser.ts │ │ │ ├── index.ts │ │ │ └── jsonParser.ts │ │ ├── scheduling │ │ │ ├── index.ts │ │ │ └── scheduler.ts │ │ ├── security │ │ │ ├── idGenerator.ts │ │ │ ├── index.ts │ │ │ ├── rateLimiter.ts │ │ │ └── sanitization.ts │ │ ├── telemetry │ │ │ ├── instrumentation.ts │ │ │ └── semconv.ts │ │ └── index.ts │ └── index.ts ├── .dockerignore ├── .gitignore ├── .ncurc.json ├── CHANGELOG.md ├── Dockerfile ├── eslint.config.js ├── LICENSE ├── mcp.json ├── package-lock.json ├── package.json ├── README.md ├── repomix.config.json ├── smithery.yaml ├── tsconfig.json ├── tsconfig.typedoc.json ├── tsdoc.json └── typedoc.json ``` _Note: This tree excludes files and directories matched by .gitignore and default patterns._

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