PubChem MCP Server

# pubchem-mcp-server - Directory Structure Generated on: 2025-06-30 03:10:22 ``` pubchem-mcp-server ├── .github │ ├── workflows │ │ └── publish.yml │ └── FUNDING.yml ├── docs │ ├── api-references │ │ ├── duckDB.md │ │ ├── jsdoc-standard-tags.md │ │ └── typedoc-reference.md │ ├── best-practices.md │ ├── project-spec.md │ └── tree.md ├── scripts │ ├── clean.ts │ ├── fetch-openapi-spec.ts │ ├── make-executable.ts │ ├── README.md │ └── tree.ts ├── src │ ├── config │ │ └── index.ts │ ├── mcp-server │ │ ├── tools │ │ │ ├── fetchAssaySummary │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── logic.ts │ │ │ │ └── registration.ts │ │ │ ├── fetchCompoundProperties │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── logic.ts │ │ │ │ └── registration.ts │ │ │ ├── fetchCompoundXrefs │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── logic.ts │ │ │ │ └── registration.ts │ │ │ ├── fetchSubstanceDetails │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── logic.ts │ │ │ │ └── registration.ts │ │ │ ├── getCompoundImageUrl │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── logic.ts │ │ │ │ └── registration.ts │ │ │ ├── searchAssaysByTarget │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── logic.ts │ │ │ │ └── registration.ts │ │ │ ├── searchCompoundByIdentifier │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── logic.ts │ │ │ │ └── registration.ts │ │ │ ├── searchCompoundsByFormula │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── logic.ts │ │ │ │ └── registration.ts │ │ │ ├── searchCompoundsBySimilarity │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── logic.ts │ │ │ │ └── registration.ts │ │ │ └── searchCompoundsByStructure │ │ │ ├── index.ts │ │ │ ├── logic.ts │ │ │ └── registration.ts │ │ ├── transports │ │ │ ├── auth │ │ │ │ ├── core │ │ │ │ │ ├── authContext.ts │ │ │ │ │ ├── authTypes.ts │ │ │ │ │ └── authUtils.ts │ │ │ │ ├── strategies │ │ │ │ │ ├── jwt │ │ │ │ │ │ └── jwtMiddleware.ts │ │ │ │ │ └── oauth │ │ │ │ │ └── oauthMiddleware.ts │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ ├── httpErrorHandler.ts │ │ │ ├── httpTransport.ts │ │ │ └── stdioTransport.ts │ │ ├── README.md │ │ └── server.ts │ ├── services │ │ └── pubchem │ │ └── pubchemApiClient.ts │ ├── types-global │ │ └── errors.ts │ ├── utils │ │ ├── internal │ │ │ ├── errorHandler.ts │ │ │ ├── index.ts │ │ │ ├── logger.ts │ │ │ └── requestContext.ts │ │ ├── metrics │ │ │ ├── index.ts │ │ │ └── tokenCounter.ts │ │ ├── network │ │ │ ├── fetchWithTimeout.ts │ │ │ └── index.ts │ │ ├── parsing │ │ │ ├── dateParser.ts │ │ │ ├── index.ts │ │ │ └── jsonParser.ts │ │ ├── scheduling │ │ │ ├── index.ts │ │ │ └── scheduler.ts │ │ ├── security │ │ │ ├── idGenerator.ts │ │ │ ├── index.ts │ │ │ ├── rateLimiter.ts │ │ │ └── sanitization.ts │ │ └── index.ts │ ├── index.ts │ └── README.md ├── .clinerules ├── .dockerignore ├── .env.example ├── .gitignore ├── .ncurc.json ├── CHANGELOG.md ├── CLAUDE.md ├── Dockerfile ├── LICENSE ├── mcp.json ├── package-lock.json ├── package.json ├── README.md ├── repomix.config.json ├── smithery.yaml ├── tsconfig.json ├── tsconfig.typedoc.json ├── tsdoc.json └── typedoc.json ``` _Note: This tree excludes files and directories matched by .gitignore and default patterns._