ClinicalTrials.gov MCP Server

# clinicaltrialsgov-mcp-server - Directory Structure Generated on: 2025-10-15 16:55:49 ``` clinicaltrialsgov-mcp-server ├── .clinerules │ └── AGENTS.md ├── .github │ ├── workflows │ │ └── publish.yml │ └── FUNDING.yml ├── .husky │ └── pre-commit ├── docs │ ├── best-practices.md │ └── tree.md ├── examples │ ├── clinicaltrials_analyze_trends.md │ ├── clinicaltrials_get_study.md │ ├── clinicaltrials_search_studies.md │ ├── clinicaltrials-compare-studies.md │ └── clinicaltrials-find-eligible-studies.md ├── scripts │ ├── clean.ts │ ├── devcheck.ts │ ├── devdocs.ts │ ├── make-executable.ts │ ├── tree.ts │ └── update-coverage.ts ├── src │ ├── config │ │ └── index.ts │ ├── container │ │ ├── registrations │ │ │ ├── core.ts │ │ │ └── mcp.ts │ │ ├── index.ts │ │ └── tokens.ts │ ├── mcp-server │ │ ├── resources │ │ │ ├── definitions │ │ │ │ ├── echo.resource.ts │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ ├── utils │ │ │ │ ├── resourceDefinition.ts │ │ │ │ └── resourceHandlerFactory.ts │ │ │ └── resource-registration.ts │ │ ├── tools │ │ │ ├── definitions │ │ │ │ ├── clinicaltrials-analyze-trends.tool.ts │ │ │ │ ├── clinicaltrials-compare-studies.tool.ts │ │ │ │ ├── clinicaltrials-find-eligible-studies.tool.ts │ │ │ │ ├── clinicaltrials-get-study.tool.ts │ │ │ │ ├── clinicaltrials-search-studies.tool.ts │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ ├── utils │ │ │ │ ├── ageParser.ts │ │ │ │ ├── eligibilityCheckers.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── studyExtractors.ts │ │ │ │ ├── studyRanking.ts │ │ │ │ ├── toolDefinition.ts │ │ │ │ └── toolHandlerFactory.ts │ │ │ └── tool-registration.ts │ │ ├── transports │ │ │ ├── auth │ │ │ │ ├── lib │ │ │ │ │ ├── authContext.ts │ │ │ │ │ ├── authTypes.ts │ │ │ │ │ ├── authUtils.ts │ │ │ │ │ └── withAuth.ts │ │ │ │ ├── strategies │ │ │ │ │ ├── authStrategy.ts │ │ │ │ │ ├── jwtStrategy.ts │ │ │ │ │ └── oauthStrategy.ts │ │ │ │ ├── authFactory.ts │ │ │ │ ├── authMiddleware.ts │ │ │ │ └── index.ts │ │ │ ├── http │ │ │ │ ├── httpErrorHandler.ts │ │ │ │ ├── httpTransport.ts │ │ │ │ ├── httpTypes.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── sessionIdUtils.ts │ │ │ │ └── sessionStore.ts │ │ │ ├── stdio │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ └── stdioTransport.ts │ │ │ ├── ITransport.ts │ │ │ └── manager.ts │ │ └── server.ts │ ├── services │ │ ├── clinical-trials-gov │ │ │ ├── core │ │ │ │ └── IClinicalTrialsProvider.ts │ │ │ ├── providers │ │ │ │ └── clinicaltrials-gov.provider.ts │ │ │ ├── index.ts │ │ │ └── types.ts │ │ ├── llm │ │ │ ├── core │ │ │ │ └── ILlmProvider.ts │ │ │ ├── providers │ │ │ │ └── openrouter.provider.ts │ │ │ ├── index.ts │ │ │ └── types.ts │ │ └── speech │ │ ├── core │ │ │ ├── ISpeechProvider.ts │ │ │ └── SpeechService.ts │ │ ├── providers │ │ │ ├── elevenlabs.provider.ts │ │ │ └── whisper.provider.ts │ │ ├── index.ts │ │ └── types.ts │ ├── storage │ │ ├── core │ │ │ ├── IStorageProvider.ts │ │ │ ├── storageFactory.ts │ │ │ ├── StorageService.ts │ │ │ └── storageValidation.ts │ │ ├── providers │ │ │ ├── cloudflare │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── kvProvider.ts │ │ │ │ └── r2Provider.ts │ │ │ ├── fileSystem │ │ │ │ └── fileSystemProvider.ts │ │ │ ├── inMemory │ │ │ │ └── inMemoryProvider.ts │ │ │ └── supabase │ │ │ ├── supabase.types.ts │ │ │ └── supabaseProvider.ts │ │ └── index.ts │ ├── types-global │ │ └── errors.ts │ ├── utils │ │ ├── formatting │ │ │ ├── index.ts │ │ │ └── markdownBuilder.ts │ │ ├── internal │ │ │ ├── error-handler │ │ │ │ ├── errorHandler.ts │ │ │ │ ├── helpers.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── mappings.ts │ │ │ │ └── types.ts │ │ │ ├── encoding.ts │ │ │ ├── health.ts │ │ │ ├── index.ts │ │ │ ├── logger.ts │ │ │ ├── performance.ts │ │ │ ├── requestContext.ts │ │ │ ├── runtime.ts │ │ │ └── startupBanner.ts │ │ ├── metrics │ │ │ ├── index.ts │ │ │ ├── registry.ts │ │ │ └── tokenCounter.ts │ │ ├── network │ │ │ ├── fetchWithTimeout.ts │ │ │ └── index.ts │ │ ├── pagination │ │ │ └── index.ts │ │ ├── parsing │ │ │ ├── csvParser.ts │ │ │ ├── dateParser.ts │ │ │ ├── index.ts │ │ │ ├── jsonParser.ts │ │ │ ├── pdfParser.ts │ │ │ ├── xmlParser.ts │ │ │ └── yamlParser.ts │ │ ├── scheduling │ │ │ ├── index.ts │ │ │ └── scheduler.ts │ │ ├── security │ │ │ ├── idGenerator.ts │ │ │ ├── index.ts │ │ │ ├── rateLimiter.ts │ │ │ └── sanitization.ts │ │ ├── telemetry │ │ │ ├── index.ts │ │ │ ├── instrumentation.ts │ │ │ ├── metrics.ts │ │ │ ├── semconv.ts │ │ │ └── trace.ts │ │ └── index.ts │ ├── index.ts │ └── worker.ts ├── tests │ ├── config │ │ ├── index.int.test.ts │ │ └── index.test.ts │ ├── container │ │ ├── registrations │ │ │ ├── core.test.ts │ │ │ └── mcp.test.ts │ │ ├── index.test.ts │ │ └── tokens.test.ts │ ├── mcp-server │ │ ├── resources │ │ │ ├── definitions │ │ │ ├── utils │ │ │ │ ├── resourceDefinition.test.ts │ │ │ │ └── resourceHandlerFactory.test.ts │ │ │ └── resource-registration.test.ts │ │ ├── tools │ │ │ ├── definitions │ │ │ │ ├── clinicaltrials-analyze-trends.tool.test.ts │ │ │ │ ├── clinicaltrials-compare-studies.tool.test.ts │ │ │ │ ├── clinicaltrials-get-study.tool.test.ts │ │ │ │ └── clinicaltrials-search-studies.tool.test.ts │ │ │ ├── utils │ │ │ │ ├── core │ │ │ │ ├── index.test.ts │ │ │ │ ├── toolDefinition.test.ts │ │ │ │ └── toolHandlerFactory.test.ts │ │ │ └── tool-registration.test.ts │ │ ├── transports │ │ │ ├── auth │ │ │ │ ├── lib │ │ │ │ │ ├── authContext.test.ts │ │ │ │ │ ├── authTypes.test.ts │ │ │ │ │ ├── authUtils.test.ts │ │ │ │ │ └── withAuth.test.ts │ │ │ │ ├── strategies │ │ │ │ │ ├── authStrategy.test.ts │ │ │ │ │ ├── jwtStrategy.test.ts │ │ │ │ │ └── oauthStrategy.test.ts │ │ │ │ ├── authFactory.test.ts │ │ │ │ ├── authMiddleware.test.ts │ │ │ │ └── index.test.ts │ │ │ ├── http │ │ │ │ ├── httpErrorHandler.test.ts │ │ │ │ ├── httpTransport.test.ts │ │ │ │ ├── httpTypes.test.ts │ │ │ │ ├── index.test.ts │ │ │ │ ├── sessionIdUtils.test.ts │ │ │ │ └── sessionStore.test.ts │ │ │ ├── stdio │ │ │ │ ├── index.test.ts │ │ │ │ └── stdioTransport.test.ts │ │ │ ├── ITransport.test.ts │ │ │ └── manager.test.ts │ │ └── server.test.ts.disabled │ ├── mocks │ │ ├── handlers.ts │ │ └── server.ts │ ├── scripts │ │ └── devdocs.test.ts │ ├── services │ │ ├── llm │ │ │ ├── core │ │ │ │ └── ILlmProvider.test.ts │ │ │ ├── providers │ │ │ │ ├── openrouter.provider.test.ts │ │ │ │ └── openrouter.provider.test.ts.disabled │ │ │ ├── index.test.ts │ │ │ └── types.test.ts │ │ └── speech │ │ ├── core │ │ │ ├── ISpeechProvider.test.ts │ │ │ └── SpeechService.test.ts │ │ ├── providers │ │ │ ├── elevenlabs.provider.test.ts │ │ │ └── whisper.provider.test.ts │ │ ├── index.test.ts │ │ └── types.test.ts │ ├── storage │ │ ├── core │ │ │ ├── IStorageProvider.test.ts │ │ │ ├── storageFactory.test.ts │ │ │ └── storageValidation.test.ts │ │ ├── providers │ │ │ ├── cloudflare │ │ │ │ ├── kvProvider.test.ts │ │ │ │ └── r2Provider.test.ts │ │ │ ├── fileSystem │ │ │ │ └── fileSystemProvider.test.ts │ │ │ ├── inMemory │ │ │ │ └── inMemoryProvider.test.ts │ │ │ └── supabase │ │ │ ├── supabase.types.test.ts │ │ │ └── supabaseProvider.test.ts │ │ ├── index.test.ts │ │ ├── storageProviderCompliance.test.ts │ │ └── StorageService.test.ts │ ├── types-global │ │ └── errors.test.ts │ ├── utils │ │ ├── formatting │ │ │ ├── index.test.ts │ │ │ └── markdownBuilder.test.ts │ │ ├── internal │ │ │ ├── error-handler │ │ │ │ ├── errorHandler.test.ts │ │ │ │ ├── helpers.test.ts │ │ │ │ ├── index.test.ts │ │ │ │ ├── mappings.test.ts │ │ │ │ └── types.test.ts │ │ │ ├── encoding.test.ts │ │ │ ├── errorHandler.int.test.ts │ │ │ ├── errorHandler.unit.test.ts │ │ │ ├── health.test.ts │ │ │ ├── logger.int.test.ts │ │ │ ├── performance.init.test.ts │ │ │ ├── performance.test.ts │ │ │ ├── requestContext.test.ts │ │ │ ├── runtime.test.ts │ │ │ └── startupBanner.test.ts │ │ ├── metrics │ │ │ ├── index.test.ts │ │ │ ├── registry.test.ts │ │ │ └── tokenCounter.test.ts │ │ ├── network │ │ │ ├── fetchWithTimeout.test.ts │ │ │ └── index.test.ts │ │ ├── pagination │ │ │ └── index.test.ts │ │ ├── parsing │ │ │ ├── csvParser.test.ts │ │ │ ├── dateParser.test.ts │ │ │ ├── index.test.ts │ │ │ ├── jsonParser.test.ts │ │ │ ├── pdfParser.test.ts │ │ │ ├── xmlParser.test.ts │ │ │ └── yamlParser.test.ts │ │ ├── scheduling │ │ │ ├── index.test.ts │ │ │ └── scheduler.test.ts │ │ ├── security │ │ │ ├── idGenerator.test.ts │ │ │ ├── index.test.ts │ │ │ ├── rateLimiter.test.ts │ │ │ └── sanitization.test.ts │ │ ├── telemetry │ │ │ ├── index.test.ts │ │ │ ├── instrumentation.test.ts │ │ │ ├── metrics.test.ts │ │ │ ├── semconv.test.ts │ │ │ └── trace.test.ts │ │ └── index.test.ts │ ├── index.test.ts │ ├── setup.ts │ └── worker.test.ts ├── .dockerignore ├── .env.example ├── .gitattributes ├── .gitignore ├── .prettierignore ├── .prettierrc.json ├── AGENTS.md ├── bun.lock ├── bunfig.toml ├── CHANGELOG.md ├── CLAUDE.md ├── Dockerfile ├── eslint.config.js ├── LICENSE ├── mcp.json ├── package.json ├── README.md ├── repomix.config.json ├── server.json ├── smithery.yaml ├── tsconfig.json ├── tsconfig.typedoc.json ├── 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