atlas-mcp-server

# atlas-mcp-server - Directory Structure Generated on: 2025-06-05 18:11:37 ``` atlas-mcp-server ├── .github │ └── workflows │ └── publish.yml ├── atlas-backups ├── automated-tests │ └── AGENT_TEST_05282025.md ├── docs │ └── tree.md ├── examples │ ├── backup-example │ │ ├── knowledges.json │ │ ├── projects.json │ │ ├── relationships.json │ │ └── tasks.json │ ├── deep-research-example │ │ ├── covington_community_grant_research.md │ │ └── full-export.json │ ├── README.md │ └── webui-example.png ├── ideas ├── scripts │ ├── clean.ts │ ├── fetch-openapi-spec.ts │ ├── make-executable.ts │ └── tree.ts ├── src │ ├── config │ │ └── index.ts │ ├── mcp │ │ ├── resources │ │ │ ├── knowledge │ │ │ │ └── knowledgeResources.ts │ │ │ ├── projects │ │ │ │ └── projectResources.ts │ │ │ ├── tasks │ │ │ │ └── taskResources.ts │ │ │ ├── index.ts │ │ │ └── types.ts │ │ ├── tools │ │ │ ├── atlas_database_clean │ │ │ │ ├── cleanDatabase.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── responseFormat.ts │ │ │ │ └── types.ts │ │ │ ├── atlas_deep_research │ │ │ │ ├── deepResearch.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── responseFormat.ts │ │ │ │ └── types.ts │ │ │ ├── atlas_knowledge_add │ │ │ │ ├── addKnowledge.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── responseFormat.ts │ │ │ │ └── types.ts │ │ │ ├── atlas_knowledge_delete │ │ │ │ ├── deleteKnowledge.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── responseFormat.ts │ │ │ │ └── types.ts │ │ │ ├── atlas_knowledge_list │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── listKnowledge.ts │ │ │ │ ├── responseFormat.ts │ │ │ │ └── types.ts │ │ │ ├── atlas_project_create │ │ │ │ ├── createProject.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── responseFormat.ts │ │ │ │ └── types.ts │ │ │ ├── atlas_project_delete │ │ │ │ ├── deleteProject.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── responseFormat.ts │ │ │ │ └── types.ts │ │ │ ├── atlas_project_list │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── listProjects.ts │ │ │ │ ├── responseFormat.ts │ │ │ │ └── types.ts │ │ │ ├── atlas_project_update │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── responseFormat.ts │ │ │ │ ├── types.ts │ │ │ │ └── updateProject.ts │ │ │ ├── atlas_task_create │ │ │ │ ├── createTask.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── responseFormat.ts │ │ │ │ └── types.ts │ │ │ ├── atlas_task_delete │ │ │ │ ├── deleteTask.ts │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── responseFormat.ts │ │ │ │ └── types.ts │ │ │ ├── atlas_task_list │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── listTasks.ts │ │ │ │ ├── responseFormat.ts │ │ │ │ └── types.ts │ │ │ ├── atlas_task_update │ │ │ │ ├── index.ts │ │ │ │ ├── responseFormat.ts │ │ │ │ ├── types.ts │ │ │ │ └── updateTask.ts │ │ │ └── atlas_unified_search │ │ │ ├── index.ts │ │ │ ├── responseFormat.ts │ │ │ ├── types.ts │ │ │ └── unifiedSearch.ts │ │ ├── transports │ │ │ ├── authentication │ │ │ │ └── authMiddleware.ts │ │ │ ├── httpTransport.ts │ │ │ └── stdioTransport.ts │ │ └── server.ts │ ├── services │ │ └── neo4j │ │ ├── backupRestoreService │ │ │ ├── scripts │ │ │ │ ├── db-backup.ts │ │ │ │ └── db-import.ts │ │ │ ├── backupRestoreTypes.ts │ │ │ ├── backupUtils.ts │ │ │ ├── exportLogic.ts │ │ │ ├── importLogic.ts │ │ │ └── index.ts │ │ ├── searchService │ │ │ ├── fullTextSearchLogic.ts │ │ │ ├── index.ts │ │ │ ├── searchTypes.ts │ │ │ └── unifiedSearchLogic.ts │ │ ├── driver.ts │ │ ├── events.ts │ │ ├── helpers.ts │ │ ├── index.ts │ │ ├── knowledgeService.ts │ │ ├── projectService.ts │ │ ├── taskService.ts │ │ ├── types.ts │ │ └── utils.ts │ ├── types │ │ ├── errors.ts │ │ ├── mcp.ts │ │ └── tool.ts │ ├── utils │ │ ├── internal │ │ │ ├── errorHandler.ts │ │ │ ├── index.ts │ │ │ ├── logger.ts │ │ │ └── requestContext.ts │ │ ├── metrics │ │ │ ├── index.ts │ │ │ └── tokenCounter.ts │ │ ├── parsing │ │ │ ├── dateParser.ts │ │ │ ├── index.ts │ │ │ └── jsonParser.ts │ │ ├── security │ │ │ ├── idGenerator.ts │ │ │ ├── index.ts │ │ │ ├── rateLimiter.ts │ │ │ └── sanitization.ts │ │ └── index.ts │ ├── webui │ │ ├── logic │ │ │ ├── api-service.js │ │ │ ├── app-state.js │ │ │ ├── config.js │ │ │ ├── dom-elements.js │ │ │ ├── main.js │ │ │ └── ui-service.js │ │ ├── styling │ │ │ ├── base.css │ │ │ ├── components.css │ │ │ ├── layout.css │ │ │ └── theme.css │ │ └── index.html │ └── index.ts ├── .clinerules ├── .env.example ├── .gitignore ├── .ncurc.json ├── .repomixignore ├── CHANGELOG.md ├── CLAUDE.md ├── docker-compose.yml ├── LICENSE ├── mcp.json ├── package-lock.json ├── package.json ├── README.md ├── repomix.config.json ├── smithery.yaml ├── tsconfig.json ├── tsconfig.typedoc.json └── typedoc.json ``` _Note: This tree excludes files and directories matched by .gitignore and default patterns._