Сервер DICOM MCP

Сервер DICOM MCP для систем медицинской визуализации 🏥

Сервер dicom-mcp позволяет помощникам на базе искусственного интеллекта запрашивать, считывать и перемещать данные на серверах DICOM (PACS, VNA и т. д.).

🤝 Внести свой вклад • 📝 Сообщить об ошибке • 📝 Запись в блоге 1

---------------------------------------------------------------------
🧑‍⚕️ User: "Any significant findings in John Doe's previous CT report?"

🧠 LLM → ⚙️ Tools:
   query_patients → query_studies → query_series → extract_pdf_text_from_dicom

💬 LLM Response: "The report from 2025-03-26 mentions a history of splenomegaly (enlarged spleen)"

🧑‍⚕️ User: "What's the volume of his spleen at the last scan and the scan today?"

🧠 LLM → ⚙️ Tools:
   (query_studies → query_series → move_series → query_series → extract_pdf_text_from_dicom) x2
   (The move_series tool sends the latest CT to a DICOM segmentation node, which returns volume PDF report)

💬 LLM Response: "last year 2024-03-26: 412cm³, today 2025-04-10: 350cm³"
---------------------------------------------------------------------

✨ Основные возможности

dicom-mcp предоставляет инструменты для:

🔍 Запрос метаданных : поиск пациентов, исследований, серий и случаев с использованием различных критериев.
📄 Чтение отчетов DICOM (PDF) : извлечение экземпляров DICOM, содержащих инкапсулированные PDF-файлы (например, клинические отчеты), и извлечение текстового содержимого.
➡️ Отправка изображений DICOM : отправка серий или исследований в другие пункты назначения DICOM, например, в конечные точки ИИ для сегментации изображений, классификации и т. д.
⚙️ Утилиты : управление подключениями и понимание параметров запросов.

🚀 Быстрый старт

📥 Установка

Установка с помощью uv или pip:

uv tool install dicom-mcp

Или клонировав репозиторий:

# Clone and set up development environment
git clone https://github.com/ChristianHinge/dicom-mcp
cd dicom mcp

# Create and activate virtual environment
uv venv
source .venv/bin/activate

# Install with test dependencies
uv pip install -e ".[dev]"

⚙️ Конфигурация

dicom-mcp требует файл конфигурации YAML ( config.yaml или аналогичный), определяющий узлы DICOM и вызывающий заголовки AE. Адаптируйте конфигурацию или оставьте как есть для совместимости с образцом сервера ORTHANC.

nodes:
  main:
    host: "localhost"
    port: 4242 
    ae_title: "ORTHANC"
    description: "Local Orthanc DICOM server"

current_node: "main"
calling_aet: "MCPSCU" 

[!ВНИМАНИЕ] DICOM-MCP не предназначен для клинического использования и не должен быть связан с реальными больничными базами данных или базами данных с конфиденциальными данными пациентов. Это может привести как к потере данных пациентов, так и к утечке данных пациентов в Интернет. DICOM-MCP можно использовать с локально размещенными LLM с открытым весом для полной конфиденциальности данных.

(Необязательно) Пример сервера ORTHANC

Если у вас нет сервера DICOM, вы можете запустить локальный сервер ORTHANC с помощью Docker:

Клонируйте репозиторий и установите тестовые зависимости pip install -e ".[dev]

cd tests
docker ocmpose up -d
cd ..
pytest # uploads dummy pdf data to ORTHANC server

Пользовательский интерфейс по адресу http://localhost:8042

🔌 Интеграция MCP

Добавьте в конфигурацию вашего клиента (например, claude_desktop_config.json ):

{
  "mcpServers": {
    "dicom": {
      "command": "uv",
      "args": ["tool","dicom-mcp", "/path/to/your_config.yaml"]
    }
  }
}

Для разработки:

{
    "mcpServers": {
        "arxiv-mcp-server": {
            "command": "uv",
            "args": [
                "--directory",
                "path/to/cloned/dicom-mcp",
                "run",
                "dicom-mcp",
                "/path/to/your_config.yaml"
            ]
        }
    }
}

🛠️ Обзор инструментов

dicom-mcp предоставляет четыре категории инструментов для взаимодействия с серверами DICOM и данными DICOM.

🔍 Запрос метаданных

query_patients : Поиск пациентов по таким критериям, как имя, идентификатор или дата рождения.
query_studies : поиск исследований по идентификатору пациента, дате, модальности, описанию, номеру доступа или уникальному идентификатору исследования.
query_series : поиск серий в рамках определенного исследования с использованием модальности, номера/описания серии или уникального идентификатора серии.
query_instances : поиск отдельных экземпляров (изображений/объектов) в серии с использованием номера экземпляра или UID экземпляра SOP

📄 Читать отчеты DICOM (PDF)

extract_pdf_text_from_dicom : извлечение определенного экземпляра DICOM, содержащего инкапсулированный PDF-файл, и извлечение его текстового содержимого.

➡️ Отправка изображений DICOM

move_series : отправка определенной серии DICOM на другой настроенный узел DICOM с помощью C-MOVE.
move_study : отправка всего исследования DICOM на другой настроенный узел DICOM с помощью C-MOVE.

⚙️ Коммунальные услуги

list_dicom_nodes : Отображение текущего активного узла DICOM и списка всех настроенных узлов.
switch_dicom_node : изменение активного узла DICOM для последующих операций.
verify_connection : проверка сетевого подключения DICOM к текущему активному узлу с помощью C-ECHO.
get_attribute_presets : список доступных уровней детализации (минимальный, стандартный, расширенный) для результатов запроса метаданных.

Пример взаимодействия

Инструменты можно объединять в цепочку для ответа на сложные вопросы:

📈 Вклад

Проведение тестов

Для тестов требуется работающий сервер Orthanc DICOM. Вы можете использовать Docker:

# Navigate to the directory containing docker-compose.yml (e.g., tests/)
cd tests
docker-compose up -d

Запустите тесты с помощью pytest:

# From the project root directory
pytest

Остановите контейнер Orthanc:

cd tests
docker-compose down

Отладка

Используйте MCP Inspector для отладки связи с сервером:

npx @modelcontextprotocol/inspector uv run dicom-mcp /path/to/your_config.yaml --transport stdio

🙏 Благодарности

Создано с использованием pynetdicom
Использует PyPDF2 для извлечения текста из PDF-файлов

DICOM MCP Server

Integrations