Zotero MCP

面向 Windows 与 WSL 的本地 Zotero MCP。读取走 Zotero Local API；需要修改 Zotero 时，先生成计划，再通过 Zotero Web API 执行并回读核验。

交给 Codex 配置

clone 仓库后，在仓库目录对 Codex 发送：

读取 AGENTS.md，按首次配置流程检查我的 Codex 与 Zotero 分别运行在 Windows 还是 WSL。账号注册、浏览器设置和密钥输入由我完成；你负责其余检测、配置与验证。

Codex 会先做只读检查。缺少 Zotero Web API、MinerU 或 SciVerse 账号时，会给出官方入口并暂停；不会索要或显示密钥。完整配置还会检查可选的 paper-lookup skill，并在安装前等待批准。

Related MCP server: zotero-mcp

安装

需要 Python 3.11 或更新版本。

git clone <repository-url> zotero-mcp
cd zotero-mcp
python -m venv .venv

Windows PowerShell 安装：

.\.venv\Scripts\Activate.ps1
python -m pip install .

WSL/Linux 安装：

source .venv/bin/activate
python -m pip install .

运行首次检查：

zotero-mcp setup plan --profile core

core 只要求 Zotero 读取链路。需要 Web API 写入、MinerU、QMD 与 SciVerse 时使用：

zotero-mcp setup plan --profile full

完整步骤见 docs/SETUP.md，账号边界见 docs/ACCOUNTS.md。

功能

• 检索、读取、匹配 Zotero 条目

• 按 key、唯一名称或完整路径解析 collection

• 读取批注、笔记、PDF 全文、页面与 Better BibTeX citation key

• 通过 plan/apply 两阶段工具导入论文、调整 collection、删除 PDF 附件

• 为缺少英文正文的条目发现并受控导入公开正式出版版 PDF；拒绝作者手稿、接受稿和预校样

• 可选使用 MinerU 批量解析 PDF，并用 QMD 建立全文检索

• 用本地 SQLite 记录重点 collection 的翻译、MinerU、QMD 和运行健康状态，供不同对话共享

• 在用户现有 collection 标准下，用 QMD 全文证据协同规划和执行文献整理

• 调用官方 PDF2zh Server 批量翻译全文，按用户配置自动命名、下载并导入译文附件；默认标题为 CN，文件名为“英文原文件名的全文翻译.pdf”

• 按 toolset 控制暴露给 Agent 的工具

所有 apply 工具要求精确 key 和明确的 confirm=true。Web API 写入前会重新读取云端状态，写后回读核验。

Toolsets

• literature：检索、条目读取、collection 与论文导入

• review：批注、笔记、全文、MinerU 与页面工具

• maintenance：collection 调整与 PDF 附件删除

• all：全部公共工具

默认只启用 literature。生成 Codex 配置：

zotero-mcp setup print-codex-config --toolsets literature,review,maintenance

命令只输出配置块，不修改 Codex 配置文件，不包含密钥。

可用 MCP 工具：

• zotero_ping

• zotero_search

• zotero_match

• zotero_item

• zotero_children

• zotero_get_annotations

• zotero_get_notes

• zotero_get_citation_key

• zotero_collections

• zotero_resolve_collection

• zotero_item_collections

• zotero_collection_items

• zotero_web_api_status

• zotero_plan_paper_import

• zotero_apply_paper_import

• zotero_plan_pdf_acquisition

• zotero_apply_pdf_acquisition

• zotero_plan_collection_reconcile

• zotero_apply_collection_reconcile

• zotero_plan_pdf_attachment_delete

• zotero_apply_pdf_attachment_delete

• zotero_plan_manual_translation_rename

• zotero_apply_manual_translation_rename

• zotero_extract_text

• zotero_mineru_submit

• zotero_mineru_result

• zotero_render_pages

• zotero_find_figure_pages

可选集成

• Zotero Web API：只在写入时需要。

• MinerU：外部 PDF 解析服务，需要账号与 Token，存在调用额度限制。

• QMD：本地检索工具，无账号要求。

• SciVerse：外部文献检索服务和独立 MCP，需要账号与 Token，存在调用额度限制。

• paper-lookup：可选 Codex skill，使用多种开放学术 API；推荐与 SciVerse 互补使用。

• WebDAV：仅用于 Zotero 附件同步，不是 MCP 依赖。

• PDF2zh：独立第三方全文翻译工具；本项目提供无人值守队列和 Zotero 回写。

完整文献工作流保持四段独立边界：SciVerse 与 paper-lookup 互补检索候选，Zotero 查重并经 plan/apply 导入，MinerU 解析已确认的 PDF，QMD 更新索引并回读核验。任何外部上传或 Zotero 写入都需要单独批准。

Zotero 工作流状态库

SQLite 是跨对话共享的工作流状态库，不是 Zotero 数据库，也不替代翻译队列或 QMD。它同时保存当前状态快照、MinerU 解析来源和可恢复批次回执。跟踪范围由用户初始化时指定，可同时跟踪多个递归 collection；每次 next-batch 或实际处理仍只针对一个明确 collection。

唯一运行状态文件：~/.local/state/zotero-mcp/zotero_workflow.sqlite3。CSV 不是运行状态；只有显式执行 export-csv 时才生成平面视图。

首次初始化时显式指定全部需要跟踪的 collection：

python -m zotero_mcp.zotero_workflow sync \
  --collection Senescence \
  --collection "Journal Club" \
  --collection Glioma

之后状态变化后可无参数复用已保存的跟踪范围：

python -m zotero_mcp.zotero_workflow sync

只处理一个 collection：

python -m zotero_mcp.zotero_workflow next-batch --collection Senescence --limit 5

查询汇总或单条论文：

python -m zotero_mcp.zotero_workflow status
python -m zotero_mcp.zotero_workflow status --item ITEMKEY
python -m zotero_mcp.zotero_workflow export-csv

同步只写入上述本地 SQLite，不修改 Zotero、PDF、MinerU、QMD 或 PDF2zh，不提交翻译任务。export-csv 是显式的只读导出，不参与状态恢复。role=source_pdf、translated_pdf、supplementary_pdf 是工作流判断；is_primary 只表示 Zotero 的主附件提示，不能单独用来判断英文正文。

正式出版版 PDF 获取

先同步统一状态库，再只读扫描缺少英文正文的条目：

zotero-workflow sync
zotero-pdf scan --collection Senescence --recursive --missing-only
zotero-pdf status --item ITEMKEY

扫描会查询 Crossref、OpenAlex、PMC、可选 Unpaywall 和出版社文章页，将候选及拒绝原因写入统一 SQLite；不会下载 PDF 或修改 Zotero。只自动接受能够证明为公开 Version of Record 的期刊 PDF，正式期刊条目的作者手稿、接受稿、投稿稿、预校样和旧预印本全部失败关闭。

Unpaywall 需要联系邮箱时，在用户配置中设置：

[pdf_acquisition]
unpaywall_email = "name@example.org"

实际下载和附件导入要求精确条目 key 和明确确认。先预演：

zotero-pdf apply --item ITEMKEY --dry-run

确认后执行：

zotero-pdf apply --item ITEMKEY --confirm

MCP 对应入口是 zotero_apply_pdf_acquisition，同样要求精确 key 和 confirm=true。执行时重新核验来源，读取一次 Zotero 当前 attachmentRenameTemplate，附件标题固定为 PDF，文件名按模板生成。不会覆盖已有英文 PDF，也不会自动触发 MinerU、QMD 或 PDF2zh。

协同整理 collection

QMD 建立全文索引后，Codex 可以读取用户现有分类规则，逐篇回读全文，生成 collection 调整计划。用户审阅后，工具再通过 plan/apply 两阶段执行并回读。

同一连续审核对话内，已完成且仍有效的父条目、英文 PDF、MinerU 和 QMD 预检可以复用；不因用户批准或批次衔接再次逐篇实时复核。只有发现外部状态变化、附件更换、预检失效、计划与当前状态不一致或用户明确要求时，才重新扫描。plan/apply 自身的云端冲突检查和写后回读仍必须执行。

通用流程见 docs/COLLECTION_REVIEW.md，基础记录模板见 templates/collection_review.md。

PDF 全文翻译

用户先从官方项目安装并在 Zotero 图形界面配置 Zotero PDF2zh。本项目直接读取该图形界面保存的激活服务、模型和 Server 地址；API key 不进入命令行、队列、日志或仓库。

提交或检查翻译前先刷新状态库，确认目标条目没有活动任务或已有译文：

python -m zotero_mcp.zotero_workflow sync
python -m zotero_mcp.zotero_workflow status --item ITEMKEY

zotero-mcp setup save-secret webdav
zotero-translate doctor
zotero-translate enqueue --collection "Collection > Path" --recursive
zotero-translate run --qps 10 --pool-size 20 --max-items 3 --dry-run
zotero-translate schedule --at "2026-08-15 22:00" --qps 10 --pool-size 20 --max-items 3

QPS、poolSize、最多处理篇数和运行时间每批显式提供。正式运行去掉 --dry-run。完整配置、队列和失败恢复见 docs/TRANSLATION.md。

译文命名在用户配置中统一设置；未配置时保持当前默认行为：

[translation]
attachment_title = "CN"
filename_template = "{source_stem}的全文翻译.pdf"

filename_template 必须包含且只支持 {source_stem} 变量，并渲染为单个 .pdf 文件名。用户仍可在 Zotero 中手动提交单篇翻译。默认可通过 maintenance toolset 的 plan/apply 工具事后重命名；也可显式开启 translation.auto_rename_manual，由后台监视器按上述配置自动重命名新译文。首次启动只记录历史基线，不批量修改旧译文。旧标题 CN 继续被识别，避免改配置后重复导入。两种模式都不修改 PDF2zh 插件源码或 PDF 内容。

远程 WebDAV 和 PDF2zh Server 默认必须使用 HTTPS；同机 PDF2zh Server 仍可使用 localhost HTTP。doctor 只做无写入检查，正式批处理会先创建并删除一个临时 WebDAV 探针。

配置位置

• Windows：%APPDATA%\zotero-mcp\config.toml

• WSL/Linux：~/.config/zotero-mcp/config.toml

可用 ZOTERO_MCP_CONFIG 指定配置文件，或用 ZOTERO_MCP_CONFIG_DIR 指定配置目录。环境变量与完整配置项见 docs/SETUP.md。

Zotero Web API key 默认保存在 Zotero MCP 配置目录下的 zotero_web_api_key.secret；MinerU Token 独立保存在 ~/.config/mineru/mineru_api_token.secret。它们是仅含单行密钥的 UTF-8 纯文本文件，不是加密格式；WSL/Linux 下默认权限为 0600。使用 zotero-mcp setup save-secret zotero 或 zotero-mcp setup save-secret mineru 通过隐藏输入保存，不要把密钥写入仓库或提交到 Git。

MinerU 批处理

Zotero 批处理沿用官方 mineru-open-sdk 的 API 契约和错误映射，并通过统一的 NORMAL HTTP 路由访问 MinerU，同时保留可恢复上传、Zotero item-key 目录、产物验证和 QMD 流水线。通用文件解析应另行安装官方 mineru-open-mcp，作为独立 MCP 使用；它与下列 Zotero 专用命令互不替代。若不希望 MCP 启动时创建空的默认输出目录，可用 scripts/run_mineru_open_mcp_lazy.py 启动官方 MCP；它不修改官方安装包，显式传入 output_dir 的行为保持不变。

单批预检与提交：

zotero-mineru plan <collection-key> --recursive
zotero-mineru submit-batch <collection-key> --recursive --max-pages 1000 --max-files 20
zotero-mineru collect <batch-id>
zotero-mineru verify <batch-id>

MinerU 与 QMD 的有界流水线：

zotero-mineru-qmd <collection-key> --recursive --page-budget 1000 --max-files 20

MinerU 论文状态和批次回执保存在 ~/.local/state/zotero-mcp/zotero_workflow.sqlite3。不使用或生成 mineru_todo.csv、.jobs 或其他批次状态文件。替换旧解析结果时，下载内容临时放在 MinerU 输出目录的 .staging 中。

如果发现已有完整解析目录但 SQLite 没有记录，预检会将其标为 untracked_existing 并阻止重新上传。先核对当前英文附件，再显式认领：

zotero-mineru adopt-existing ITEMKEY --attachment-key ATTACHMENTKEY
zotero-mineru adopt-existing ITEMKEY --attachment-key ATTACHMENTKEY --confirm

认领只写入 SQLite，随后仍需正常 QMD 更新、嵌入和核验。

测试

python -m unittest discover -s tests -v

公开 Python 包位于 src/zotero_mcp，测试位于 tests；仓库根目录只保留项目元数据、文档和一级目录。

常见故障见 docs/TROUBLESHOOTING.md。